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- PDB-7n7h: X-ray crystal structure of Viperin-like enzyme from Nematostella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n7h
タイトルX-ray crystal structure of Viperin-like enzyme from Nematostella vectensis
要素VIPERIN-LIKE ENZYME
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / radical SAM protein / metalloprotein / antiviral / ddh-synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Predicted protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nematostella vectensis (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Grove, T.L. / Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Lachowicz, J.C. / Gizzi, A.G.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21-AI133329 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01-GM118303-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM093342 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM094662 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM007491
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural Insight into the Substrate Scope of Viperin and Viperin-like Enzymes from Three Domains of Life.
著者: Lachowicz, J.C. / Gizzi, A.S. / Almo, S.C. / Grove, T.L.
履歴
登録2021年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIPERIN-LIKE ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9375
ポリマ－33,6811
非ポリマー1,2564
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.875, 50.533, 137.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 VIPERIN-LIKE ENZYME


分子量: 33680.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク)
遺伝子: v1g87644 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7RNF3

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非ポリマー , 5種, 343分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7, 20% (w/v) PEG 2000-MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9893 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→29.11 Å / Num. obs: 49635 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.42-1.4410.10.5212401023810.9170.170.5483.8100
7.78-29.1110.50.04538913700.9990.0140.04837.198.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VSL

5vsl


解像度: 1.42→29.11 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 15.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1723 4703 5.02 %
Rwork0.1516 --
obs0.1526 49633 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.07 Å2 / Biso mean: 20.2997 Å2 / Biso min: 7.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.42→29.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2316 0 65 339 2720
Biso mean--11.11 30.94 -
残基数----289
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72130.1778-0.25621.5078-0.77731.20850.04020.3429-0.0617-0.4392-0.00910.26820.3225-0.2522-0.01690.2178-0.0024-0.04480.2383-0.02460.19687.312841.1669144.4238
20.35860.04110.04531.4164-0.23561.0589-0.0140.003-0.01780.1027-0.0059-0.1016-0.01930.06980.01670.077-0.0024-0.02130.09980.00750.090315.689747.2727159.1264
30.69710.0393-0.01791.0669-0.23520.8243-0.0170.09620.0495-0.0588-0.0077-0.0061-0.1628-0.00620.02850.13160.0019-0.01780.1270.01290.110910.287958.8896148.7912
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 104 through 145 )A104 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 146 through 288 )A146 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 0 through 103 )A0 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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