PDB-7n6s: Crystal Structure of deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n6s

タイトル

Crystal Structure of deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Rickettsia prowazekii str. Madrid E in complex with 2'-deoxyuridine 5'-monophoephate (dUMP)

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dut / Rickettsia prowazekii / nucleotide metabolism / 2'-deoxyuridine 5'-monophoephate / dUMP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rickettsia prowazekii (発疹チフスリケッチア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Rickettsia prowazekii str. Madrid E in complex with 2'-deoxyuridine 5'-monophoephate (dUMP)
著者: Abendroth, J. / deBouver, N.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n6s.cif.gz	420.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n6s.ent.gz	285 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n6s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/7n6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/7n6s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n56S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4f4f-2 7n6s-2 2x64-1 6whq-2 3qsp-1 4ef3-d 4f4f-1 4kdy-d 6wi3-1 4gsn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

D: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

E: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

F: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

100 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

D: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

E: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

F: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.720, 87.000, 183.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 16383.980 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia prowazekii (strain Madrid E) (発疹チフスリケッチア) 株: Madrid E / 遺伝子: dut, RP399 / プラスミド: RiprA.10050.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZDD2, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.3 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Anatrace / Calibre MCSG1 screen, condition H9: 100mM BisTris /HCl pH 5.5, 25% (w/V) PEG 3350: RiprA.10050.a.A1.PS00480 at 24mg/ml + 5mM dUMP / MgCl2: tray 320891 h9: cryo: 20% glycerol + compounds: puck bqq7-7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月9日

放射

モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 82624 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.073 % / B_iso Wilson estimate: 32.944 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_rim(I) all: 0.039 / Χ²: 0.941 / Net I/σ(I): 30.17

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	5.944	0.485	3.23	6008	0.881	0.533	99.9
1.8-1.84	6.655	0.355	4.68	5878	0.948	0.386	100
1.84-1.9	7.185	0.278	6.39	5740	0.972	0.3	100
1.9-1.96	7.017	0.259	7.72	5568	0.975	0.28	99.3
1.96-2.02	7.125	0.171	10.28	5400	0.988	0.185	99.9
2.02-2.09	7.301	0.153	12.61	5212	0.991	0.165	99.8
2.09-2.17	7.349	0.111	16.31	5026	0.995	0.12	100
2.17-2.26	7.268	0.098	20.05	4828	0.996	0.105	99
2.26-2.36	7.379	0.075	23.87	4699	0.998	0.081	99.8
2.36-2.47	7.272	0.062	28.07	4477	0.998	0.067	100
2.47-2.61	7.275	0.052	34	4267	0.999	0.056	100
2.61-2.77	7.492	0.044	40.78	4034	0.999	0.047	100
2.77-2.96	7.393	0.034	50.21	3849	0.999	0.037	100
2.96-3.2	7.065	0.027	58.86	3560	1	0.03	99.9
3.2-3.5	7.036	0.024	67.3	3285	1	0.026	99.8
3.5-3.91	7.245	0.021	77.08	3006	1	0.023	99.7
3.91-4.52	6.946	0.019	83.1	2649	1	0.02	99.9
4.52-5.53	7.043	0.017	86.73	2280	1	0.018	100
5.53-7.83	6.989	0.017	84.54	1801	1	0.019	99.9
7.83-50	6.324	0.015	88.05	1057	1	0.016	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19 dev 4224	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 7n56, apo structure

7n56

解像度: 1.75→45.83 Å / SU ML: 0.1974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3886
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2053	2043	2.47 %	0
R_work	0.1717	80568	-	-
obs	0.1725	82611	99.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6384	0	120	664	7168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	6670
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9051	9073
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0642	1097
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0087	1187
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7667	2493

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.3071	140	0.2594	5259	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.79-1.84	0.2546	151	0.2127	5290	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.84-1.89	0.2429	126	0.1871	5352	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.89-1.94	0.265	134	0.2231	5277	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.94-2	0.2233	131	0.1987	5272	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2-2.07	0.2386	131	0.1976	5319	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.07-2.16	0.2677	133	0.1816	5359	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.16-2.26	0.2291	141	0.189	5291	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.26-2.38	0.2381	137	0.1867	5350	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.38-2.52	0.2405	140	0.1862	5371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.72	0.2437	126	0.1869	5387	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.72-2.99	0.2214	149	0.1787	5408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.43	0.1692	117	0.168	5433	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.43-4.31	0.1828	162	0.1415	5458	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.31-45.83	0.1498	125	0.1495	5742	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.32620772358	-0.0843112137873	0.552310783808	1.19350666766	0.130908910258	1.77288206411	0.036075593556	0.0180363341118	0.000230263155602	-0.0359136731693	-0.00710373022844	0.152125520993	-0.00728896122161	-0.20011271035	0.0113123776947	0.099362206879	0.00276411342427	0.0248113199647	0.145342285477	0.0297827602298	0.192508754798	20.3132169484	12.6032725435	20.8641618836
2	0.824919871544	-0.622409182307	0.0760503974356	1.58985868843	0.108537805813	1.16572854986	0.0468908787769	0.0711455627198	-0.0225298447399	-0.0676729028788	-0.0284148304392	-0.0375376152329	0.179398860948	0.191182696717	-0.00233469886067	0.101803338841	0.0102437420569	0.00384510088135	0.217930553213	-0.000971496943339	0.192206158616	36.1894225133	6.03413055509	19.7229378655
3	1.49201444891	0.0914683441235	0.306734701186	2.18782329465	-0.297870721526	2.58035295351	-0.0303718782891	0.0644576834791	-0.0877602407404	0.12894425768	-0.0334698570851	0.0212485254508	-0.222730827013	0.0913999358411	0.0160285869547	0.147127284851	-0.0247476112413	-0.000998482036184	0.120317474403	0.00934177244668	0.140202230525	34.1540033131	5.79720835175	62.2390295233
4	1.73238812701	0.744240677371	-0.210580597482	1.68856638394	-0.41078807621	1.5195812102	0.0030704495925	-0.0182259995057	-0.0238850942253	0.0163828069574	-0.0575008910024	-0.168746132685	-0.180249566045	0.26061161894	0.0402494827446	0.130061346154	0.0110383356684	0.0170153554121	0.158666872686	0.0325011807356	0.185161210038	35.1006662101	21.3950969598	17.477899114
5	1.25784901246	0.0269442485801	-0.17035263511	2.05994268255	-0.261164400775	2.3335242548	-0.0226182134092	0.106387157106	0.178728500971	0.0508342024769	-0.0259913261512	-0.00241023250587	-0.698375753996	0.140179638873	0.0404666478509	0.373962241714	-0.07744383453	-0.0393422489046	0.200853698296	0.0260888590613	0.179837275523	35.1476604026	19.7322561783	60.8020932834
6	1.63294404327	0.345561508673	0.338546304176	2.54063201914	-0.108545395376	2.21840074662	-0.0515810314624	-0.113596412298	0.0340857675511	0.547409726826	-0.0300605090395	0.15370484575	-0.546274497636	-0.0600894993947	0.0270186529261	0.423013678063	-0.0172855788674	0.0243718196429	0.154543669283	-0.00357713853542	0.180950584895	31.2625158724	14.3885330419	73.3221702601

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 0 through 201)	A	A - B	0 - 201
2	2	(chain 'B' and resid 1 through 201)	B	C - D	1 - 201
3	3	(chain 'C' and resid 2 through 201)	C	E - F	2 - 201
4	4	(chain 'D' and resid 2 through 201)	D	G - H	2 - 201
5	5	(chain 'E' and resid 2 through 201)	E	I - J	2 - 201
6	6	(chain 'F' and resid 3 through 201)	F	K - L	3 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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