PDB-7n56: Crystal Structure of deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n56

タイトル

Crystal Structure of deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Rickettsia prowazekii str. Madrid E

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dut / Rickettsia prowazekii / nucleotide metabolism / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rickettsia prowazekii (発疹チフスリケッチア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Rickettsia prowazekii str. Madrid E
著者: Abendroth, J. / Weiss, M.J. / Calhoun, B. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n56.cif.gz	767.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n56.ent.gz	524.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n56.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7n56_validation.pdf.gz	522.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n56_full_validation.pdf.gz	532.9 KB	表示
XML形式データ	7n56_validation.xml.gz	67.2 KB	表示
CIF形式データ	7n56_validation.cif.gz	95.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/7n56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/7n56	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3mdxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7n56-4 5fld-1 6fib-d 6mge-d 7n56-3 4cbc-1 4ooq-d 2x64-3 3hhq-1 7n56-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

D: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

E: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

F: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

G: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

H: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

I: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

J: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

K: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

L: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

197 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

I: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.2 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

D: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

J: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.2 kDa, 3 ポリマー
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3

E: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

G: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

K: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

登録者が定義した集合体
49.2 kDa, 3 ポリマー
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4

F: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

H: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

L: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.2 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.370, 97.390, 100.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.597, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_2	ens_1	(chain "B" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_3	ens_1	(chain "C" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_4	ens_1	(chain "D" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_5	ens_1	(chain "E" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_6	ens_1	(chain "F" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_7	ens_1	(chain "G" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_8	ens_1	(chain "H" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_9	ens_1	(chain "I" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_10	ens_1	(chain "J" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_11	ens_1	(chain "K" and ((resid 2 through 3 and (name N...
d_12	ens_1	(chain "L" and ((resid 2 through 3 and (name N...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	THR	VAL	A	1 - 5
d_1	2	ens_1	ILE	GLN	A	7 - 36
d_1	3	ens_1	ILE	GLY	A	38 - 43
d_1	4	ens_1	ILE	ILE	A	45
d_1	5	ens_1	ILE	GLU	A	48 - 58
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d_1	11	ens_1	GLY	GLY	A	91 - 101
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d_1	15	ens_1	ARG	GLU	A	123 - 128
d_1	16	ens_1	SER	SER	A	130
d_2	1	ens_1	THR	VAL	C	1 - 5
d_2	2	ens_1	ILE	GLN	C	7 - 36
d_2	3	ens_1	ILE	GLY	C	38 - 43
d_2	4	ens_1	ILE	ILE	C	45
d_2	5	ens_1	ILE	GLU	C	48 - 58
d_2	6	ens_1	PHE	PRO	C	60 - 66
d_2	7	ens_1	SER	GLY	C	68 - 69
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d_2	9	ens_1	THR	THR	C	77 - 84
d_2	10	ens_1	ASP	TYR	C	86 - 89
d_2	11	ens_1	GLY	GLY	C	91 - 101
d_2	12	ens_1	LYS	GLY	C	103 - 110
d_2	13	ens_1	ARG	ALA	C	112 - 114
d_2	14	ens_1	MET	TYR	C	116 - 121
d_2	15	ens_1	ARG	GLU	C	123 - 128
d_2	16	ens_1	SER	SER	C	130
d_3	1	ens_1	THR	VAL	E	4 - 8
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d_3	3	ens_1	ILE	GLY	E	41 - 46
d_3	4	ens_1	ILE	ILE	E	48
d_3	5	ens_1	ILE	GLU	E	51 - 61
d_3	6	ens_1	PHE	PRO	E	63 - 69
d_3	7	ens_1	SER	GLY	E	71 - 72
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d_3	9	ens_1	THR	THR	E	80 - 87
d_3	10	ens_1	ASP	TYR	E	89 - 92
d_3	11	ens_1	GLY	GLY	E	94 - 104
d_3	12	ens_1	LYS	GLY	E	106 - 113
d_3	13	ens_1	ARG	ALA	E	115 - 117
d_3	14	ens_1	MET	TYR	E	119 - 124
d_3	15	ens_1	ARG	GLU	E	126 - 131
d_3	16	ens_1	SER	SER	E	133
d_4	1	ens_1	THR	VAL	F	1 - 5
d_4	2	ens_1	ILE	GLN	F	7 - 36
d_4	3	ens_1	ILE	GLY	F	38 - 43
d_4	4	ens_1	ILE	ILE	F	45
d_4	5	ens_1	ILE	GLU	F	48 - 58
d_4	6	ens_1	PHE	PRO	F	60 - 66
d_4	7	ens_1	SER	GLY	F	68 - 69
d_4	8	ens_1	ALA	GLY	F	71 - 75
d_4	9	ens_1	THR	THR	F	77 - 84
d_4	10	ens_1	ASP	TYR	F	86 - 89
d_4	11	ens_1	GLY	GLY	F	91 - 101
d_4	12	ens_1	LYS	GLY	F	103 - 110
d_4	13	ens_1	ARG	ALA	F	112 - 114
d_4	14	ens_1	MET	TYR	F	116 - 121
d_4	15	ens_1	ARG	GLU	F	123 - 128
d_4	16	ens_1	SER	SER	F	130
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d_5	3	ens_1	ILE	GLY	G	38 - 43
d_5	4	ens_1	ILE	ILE	G	45
d_5	5	ens_1	ILE	GLU	G	48 - 58
d_5	6	ens_1	PHE	PRO	G	60 - 66
d_5	7	ens_1	SER	GLY	G	68 - 69
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d_5	9	ens_1	THR	THR	G	77 - 84
d_5	10	ens_1	ASP	TYR	G	86 - 89
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d_5	12	ens_1	LYS	GLY	G	103 - 110
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d_5	14	ens_1	MET	TYR	G	116 - 121
d_5	15	ens_1	ARG	GLU	G	123 - 128
d_5	16	ens_1	SER	SER	G	130
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d_6	4	ens_1	ILE	ILE	H	45
d_6	5	ens_1	ILE	GLU	H	48 - 58
d_6	6	ens_1	PHE	PRO	H	60 - 66
d_6	7	ens_1	SER	GLY	H	68 - 69
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d_6	9	ens_1	THR	THR	H	77 - 84
d_6	10	ens_1	ASP	TYR	H	86 - 89
d_6	11	ens_1	GLY	GLY	H	91 - 101
d_6	12	ens_1	LYS	GLY	H	103 - 110
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d_9	11	ens_1	GLY	GLY	L	95 - 105
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d_9	14	ens_1	MET	TYR	L	120 - 125
d_9	15	ens_1	ARG	GLU	L	127 - 132
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d_10	4	ens_1	ILE	ILE	M	49
d_10	5	ens_1	ILE	GLU	M	52 - 62
d_10	6	ens_1	PHE	PRO	M	64 - 70
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d_10	15	ens_1	ARG	GLU	M	127 - 132
d_10	16	ens_1	SER	SER	M	134
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d_11	10	ens_1	ASP	TYR	N	90 - 93
d_11	11	ens_1	GLY	GLY	N	95 - 105
d_11	12	ens_1	LYS	GLY	N	107 - 114
d_11	13	ens_1	ARG	ALA	N	116 - 118
d_11	14	ens_1	MET	TYR	N	120 - 125
d_11	15	ens_1	ARG	GLU	N	127 - 132
d_11	16	ens_1	SER	SER	N	134
d_12	1	ens_1	THR	VAL	O	4 - 8
d_12	2	ens_1	ILE	GLN	O	10 - 39
d_12	3	ens_1	ILE	GLY	O	41 - 46
d_12	4	ens_1	ILE	ILE	O	48
d_12	5	ens_1	ILE	GLU	O	51 - 61
d_12	6	ens_1	PHE	PRO	O	63 - 69
d_12	7	ens_1	SER	GLY	O	71 - 72
d_12	8	ens_1	ALA	GLY	O	74 - 78
d_12	9	ens_1	THR	THR	O	80 - 87
d_12	10	ens_1	ASP	TYR	O	89 - 92
d_12	11	ens_1	GLY	GLY	O	94 - 104
d_12	12	ens_1	LYS	GLY	O	106 - 113
d_12	13	ens_1	ARG	ALA	O	115 - 117
d_12	14	ens_1	MET	TYR	O	119 - 124
d_12	15	ens_1	ARG	GLU	O	126 - 131
d_12	16	ens_1	SER	SER	O	133

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.998845526259, 0.039040139466, -0.0279907517297), (0.0387199679581, 0.999179348924, 0.011890868986), (0.0284320022727, 0.0107933402799, -0.999537455553)	27.5995047482, -26.4813534392, 43.3204229597
2	given	(-0.498148816211, -0.854772316457, -0.14564355093), (0.852784909116, -0.452582511037, -0.260628028975), (0.156861900065, -0.254034166449, 0.954390374315)	55.4336930645, 0.0106542013709, -0.0584689508323
3	given	(0.528879538896, 0.843005741019, 0.0981211187515), (0.832557957864, -0.492903768394, -0.252770888158), (-0.164723040688, 0.215376869027, -0.962537855959)	-27.4046509257, -24.2855372508, 45.3060509438
4	given	(0.49085322167, 0.352820769047, 0.796605686463), (0.35821522718, -0.915202880681, 0.18462269148), (0.794194539009, 0.194733644043, -0.575616054402)	4.17662498422, 2.10056472527, -6.86296823848
5	given	(-0.462175912315, -0.394396112692, -0.794257598245), (0.399939863161, -0.892098845853, 0.21025640319), (-0.791480594791, -0.220479830192, 0.570041325298)	70.1097529952, -25.4517143652, -36.7729447274
6	given	(-0.181263542648, 0.769456144832, -0.612438379992), (-0.925956839672, 0.0762475295764, 0.369851653095), (0.331281540643, 0.634132127726, 0.698662282806)	69.7926273824, -27.2539821434, -37.0126694954
7	given	(-0.22502044033, 0.763784604759, -0.604978411984), (-0.921577705964, 0.0347387097943, 0.386636462213), (0.316323146963, 0.644535724048, 0.69606994413)	45.2364063277, -4.10515461286, -80.7028723118
8	given	(-0.489986029447, 0.858947129886, 0.14873976942), (-0.860707035926, -0.449646976504, -0.238748811158), (-0.138192218502, -0.245004948076, 0.959622574851)	27.7352245121, 46.8135540747, 7.89876753041
9	given	(0.46789157989, -0.864063341618, -0.185666397444), (-0.876568871882, -0.426921814327, -0.222181856369), (0.112714162005, 0.266706404354, -0.957164150791)	1.3193073846, 21.5808115708, 37.0017703306
10	given	(0.643825806439, -0.0534468083679, -0.763303196403), (0.585008905434, 0.677377649881, 0.446009080629), (0.493206763464, -0.733691323457, 0.467380070561)	60.3359030487, -78.038451275, -19.770087172
11	given	(0.661915057417, -0.0109744909918, -0.749498510547), (0.54511484384, 0.693369824899, 0.471262233735), (0.514507787881, -0.720498332036, 0.464934285402)	33.3620043486, -54.565849472, -64.4785622552

#1: タンパク質	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 16383.980 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia prowazekii (strain Madrid E) (発疹チフスリケッチア) 株: Madrid E / 遺伝子: dut, RP399 / プラスミド: RiprA.10050.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZDD2, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition H7: 25% (w/V) PEG 3350, 100mM BisTris / HCl pH 6.5, 200mM ammonium sulfate: RiprA.10050.a.A1.PW00480 at 48mg/ml: tray 320497 h7: cryo: 15% EG: puck: lrw3-2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月8日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 91387 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.629 % / B_iso Wilson estimate: 35.916 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 0.955 / Net I/σ(I): 18.57

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21	2.607	0.215	4.31	6188	0.952	0.27	91.6
2.21-2.27	3.017	0.185	5.8	6475	0.968	0.225	97.1
2.27-2.33	3.589	0.183	6.82	6495	0.977	0.216	99.6
2.33-2.4	3.794	0.165	7.88	6211	0.984	0.193	99.7
2.4-2.48	3.808	0.145	8.87	6055	0.985	0.168	99.7
2.48-2.57	3.802	0.124	10.13	5908	0.989	0.145	99.7
2.57-2.67	3.809	0.104	11.87	5644	0.991	0.121	99.6
2.67-2.78	3.814	0.084	14.33	5463	0.994	0.098	99.6
2.78-2.9	3.804	0.066	17.05	5211	0.996	0.077	99.6
2.9-3.04	3.805	0.055	20.12	5064	0.997	0.065	99.6
3.04-3.21	3.789	0.045	24.22	4733	0.998	0.053	99.7
3.21-3.4	3.785	0.039	27.35	4488	0.998	0.046	99.4
3.4-3.63	3.773	0.033	31.17	4231	0.999	0.038	99.4
3.63-3.93	3.752	0.031	33.67	3963	0.999	0.036	99.3
3.93-4.3	3.738	0.028	36.72	3641	0.999	0.033	99.2
4.3-4.81	3.729	0.026	39.64	3300	0.999	0.031	99.4
4.81-5.55	3.718	0.027	38.42	2896	0.999	0.032	99.1
5.55-6.8	3.699	0.027	37.92	2465	0.999	0.031	98.8
6.8-9.62	3.665	0.026	38.93	1912	0.999	0.031	98.3
9.62-50	3.441	0.026	41.43	1044	0.999	0.03	94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18 4224	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3mdx as per MoRDa

3mdx

解像度: 2.15→48.69 Å / SU ML: 0.2195 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.9003
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2006	1866	2.04 %	0
R_work	0.1587	89457	-	-
obs	0.1595	91323	98.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12059	0	15	1111	13185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	12458
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8468	16935
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	2068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	2137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2088	4656

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.425419292246
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.328708173383
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.416493310717
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.34473272847
ens_1	d_6	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.396036493481
ens_1	d_7	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.436606208045
ens_1	d_8	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.445515146629
ens_1	d_9	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.407346989803
ens_1	d_10	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.706104951161
ens_1	d_11	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.348135334286
ens_1	d_12	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.397782322749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.21	0.2981	166	0.206	6291	X-RAY DIFFRACTION	91.72
2.21-2.27	0.247	120	0.1886	6783	X-RAY DIFFRACTION	97.57
2.27-2.35	0.2387	152	0.1852	6911	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.35-2.43	0.2181	149	0.1744	6906	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.43-2.53	0.2316	114	0.181	6967	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.53-2.64	0.2535	140	0.1721	6974	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.64-2.78	0.2289	178	0.1735	6870	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.78-2.96	0.2045	127	0.1692	6950	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.96-3.18	0.1937	168	0.1703	6894	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.18-3.5	0.2162	133	0.1631	6967	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.5-4.01	0.176	160	0.147	6964	X-RAY DIFFRACTION	99.64
4.01-5.05	0.1571	156	0.1239	6956	X-RAY DIFFRACTION	99.55
5.05-48.69	0.1676	103	0.1469	7024	X-RAY DIFFRACTION	98.21

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.642775630645	-0.240531572	-0.102561555115	1.29945651341	0.521455794614	2.4564203047	0.0074417070279	0.0323747151635	0.0676554770804	-0.0684765442402	0.0084723539872	0.0852604471257	-0.260855555897	-0.17677201788	-0.00694966717539	0.138312360602	0.0229542461112	-0.00571502833621	0.117228704799	0.0142935324608	0.200468316948	19.7223813865	16.9890668491	41.0746491733
2	0.809250749859	0.249450098932	0.244116058016	1.41768683783	0.0934536983683	2.31842319873	0.00155033151681	-0.0130429626957	-0.000599227155994	0.102212947952	-0.0146326487243	-0.0771287212058	-0.263302345957	0.0985521011467	0.0245424039072	0.160895739668	-0.0175286723978	-0.0157751958876	0.123009436374	-0.00602566235463	0.172762813242	7.17900678511	-8.49884380814	2.85063726325
3	0.570703742037	0.366460139165	-0.214951488256	1.57861319618	-0.0389877452832	1.95461159099	-0.0469472769046	0.0148887158628	-0.0434635119845	-0.0859602559718	0.0278827861845	0.00939945098124	0.177051159554	-0.0731723485518	0.0238309709225	0.147694646655	0.0234617478265	-0.0106562326948	0.11037569365	-0.000108757700055	0.211449097007	24.8155080795	-1.69274929804	37.7721101607
4	1.11033476813	-0.358446338519	-0.176897988489	1.84055242405	-0.0391235652182	2.23362493031	-0.0439728692244	-0.0696387094802	-0.122866868247	0.143331944248	0.0274664857256	0.0524786609104	0.323762716746	-0.0340716539418	0.0296029265823	0.226494006855	-0.0494362634072	0.000259155538155	0.127159599844	-0.00487081726518	0.224023379291	1.35040389983	-26.6737201629	6.02883452695
5	1.04144235247	0.309648498241	-0.650798298245	2.05695587793	-0.128637533536	1.68579296384	-0.103395271657	-0.109822515051	-0.145907686821	0.0328853735556	0.0497018945707	-0.121801959535	0.319004138983	0.466139691622	0.103572043403	0.210820941733	0.0500738868264	-0.0215013061959	0.288421646256	0.00649727884859	0.155149958142	47.5034227062	-47.4594728004	11.6719908054
6	1.52177382331	-0.303886841775	-0.882522261931	1.98707820271	0.280615851353	2.06459585685	-0.0802295774938	-0.0633833321329	-0.0827655313897	0.150394425578	0.0525694190639	-0.193493219738	0.335741481231	0.321930565787	0.0786570896247	0.220612108768	0.0475164764514	-0.0520487081174	0.221545510819	-0.00722216644035	0.175511731464	21.4724372109	-24.0120907235	-32.5039433303
7	0.751519037883	0.117767922196	-0.319063770161	1.30007025844	0.471704014848	1.62987440433	0.0406370017528	-0.0807761762324	0.0711104919937	-0.0553713626972	0.139882900035	-0.174096966301	-0.251433996002	0.684856876586	-0.147027532196	0.193427830162	-0.0785372287811	0.00529733179721	0.367000361895	-0.017375045011	0.220085117331	53.8922111086	-29.1154966389	9.09920366229
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10	2.15847593411	-0.0175725982935	-0.279252769978	0.785493785144	0.2219349011	2.32622995199	-0.00752720744568	0.0989291248011	-0.0894263249638	0.0623817298315	-0.080207844205	0.251198919217	0.0633045841154	-0.568694404153	0.105234070614	0.183879844382	-0.00189719859137	0.0177576922918	0.202715698278	0.00966667758235	0.239116631324	-12.1729265836	-12.1934215475	5.03749217059
11	1.10565600961	-0.203353051171	-0.372368626516	1.59383307864	0.355146277492	3.28957275419	-0.0236399916391	0.111294433401	0.0593127025068	-0.0671343888713	0.0138669196514	0.0777505137562	-0.0197689018414	-0.0850234189396	0.00685414722879	0.126492901202	-0.0214869927591	-0.0356022292499	0.215294372785	0.0228329245772	0.199387693545	41.6717094911	-36.9251032832	-3.56855173411
12	1.49263092818	-0.639763535836	0.162668472394	1.73485485981	-0.00473560165867	2.83136430983	0.0185034199874	0.238990017255	0.0547734321041	-0.0972459657606	-0.0669080957165	-0.0256624002528	-0.133409914745	-0.00272085780582	0.0505369407799	0.151709746089	-0.00298115645125	-0.0195825753284	0.173018973881	-0.01684031239	0.169874783226	16.564652601	-13.1277674138	-47.1893887916

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 2 through 133)	A	A	2 - 133	1 - 132
2	2	(chain 'B' and resid 2 through 201)	B	C - D	2 - 201	1
3	3	(chain 'C' and resid -1 through 133)	C	E	-1 - 133	1 - 135
4	4	(chain 'D' and resid 2 through 133)	D	F	2 - 133	1 - 132
5	5	(chain 'E' and resid 2 through 133)	E	G	2 - 133	1 - 132
6	6	(chain 'F' and resid 2 through 133)	F	H	2 - 133	1 - 132
7	7	(chain 'G' and resid 2 through 133)	G	J	2 - 133	1 - 132
8	8	(chain 'H' and resid 2 through 134)	H	K	2 - 134	1 - 133
9	9	(chain 'I' and resid -2 through 133)	I	L	-2 - 133	1 - 136
10	10	(chain 'J' and resid -2 through 131)	J	M	-2 - 131	1 - 134
11	11	(chain 'K' and resid -2 through 134)	K	N	-2 - 134	1 - 137
12	12	(chain 'L' and resid -1 through 137)	L	O	-1 - 137	1 - 139

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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