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- PDB-7n52: Structure of a bacterial gasdermin from Runella zeae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n52
タイトルStructure of a bacterial gasdermin from Runella zeae
要素Gasdermin
キーワードIMMUNE SYSTEM / gasdermin / immunity / membrane / pore-forming protein / lipid binding protein / palmitoylation
生物種Runella zeae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Johnson, A.G. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32CA207021 米国
引用
ジャーナル: Science / : 2022
タイトル: Bacterial gasdermins reveal an ancient mechanism of cell death.
著者: Johnson, A.G. / Wein, T. / Mayer, M.L. / Duncan-Lowey, B. / Yirmiya, E. / Oppenheimer-Shaanan, Y. / Amitai, G. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / : 2021
タイトル: Bacterial gasdermins reveal and ancient mechanism of cell death
著者: Johnson, A.G. / Wein, T. / Mayer, M.L. / Duncan-Lowey, B. / Yirmiya, E. / Oppenheimer-Shaanan, Y. / Amitai, G. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gasdermin
B: Gasdermin
C: Gasdermin
D: Gasdermin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,8104
ポリマ-122,8104
非ポリマー00
00
1
A: Gasdermin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7021
ポリマ-30,7021
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Gasdermin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7021
ポリマ-30,7021
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Gasdermin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7021
ポリマ-30,7021
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Gasdermin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7021
ポリマ-30,7021
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.290, 103.852, 78.992
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.544, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Gasdermin


分子量: 30702.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Runella zeae (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 150 mM DL-malic acid (pH 7.6), 16% PEG-3350, and 10% Silver Bullets A1 solution (1,5-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 2,5-Pyridinedicarboxylic acid, 3,5-Dinitrosalicylic acid, HEPES- ...詳細: 150 mM DL-malic acid (pH 7.6), 16% PEG-3350, and 10% Silver Bullets A1 solution (1,5-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 2,5-Pyridinedicarboxylic acid, 3,5-Dinitrosalicylic acid, HEPES-NaOH pH 6.8) (Hampton)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→42.4 Å / Num. obs: 23133 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 26.5 % / Biso Wilson estimate: 56.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 3645 / CC1/2: 0.941 / Rpim(I) all: 0.431

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→42.4 Å / SU ML: 0.4082 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.5326
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2795 2003 8.69 %
Rwork0.237 21041 -
obs0.2407 23004 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7994 0 0 0 7994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00288119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.580910888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04541230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411370
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.46533051
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.38061370.3191417X-RAY DIFFRACTION95.45
2.97-3.050.39481350.30741509X-RAY DIFFRACTION98.86
3.05-3.140.35461460.30411483X-RAY DIFFRACTION98.85
3.14-3.240.3511490.30221471X-RAY DIFFRACTION99.39
3.24-3.360.31981260.27821531X-RAY DIFFRACTION99.22
3.36-3.490.32231520.26511496X-RAY DIFFRACTION99.34
3.49-3.650.34411520.2491501X-RAY DIFFRACTION99.34
3.65-3.840.25941440.24931501X-RAY DIFFRACTION99.4
3.84-4.080.21711280.2241507X-RAY DIFFRACTION99.57
4.08-4.40.25781470.20291518X-RAY DIFFRACTION99.7
4.4-4.840.25831470.17921500X-RAY DIFFRACTION99.76
4.84-5.540.21121440.21771527X-RAY DIFFRACTION99.7
5.54-6.970.30571470.23931533X-RAY DIFFRACTION99.7
6.97-42.40.24861490.22281547X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.15842188353-2.411502029392.002265544523.751762238-0.4473434767831.886456748450.1991175862750.7242268871170.678173481412-0.273288987064-0.2804137202430.1296196229720.03904193711670.3014410102510.1437483634480.5230058934210.05503151617610.07877406160140.4340942995070.00858211592390.463689326474-11.66596849950.577635397517.06471787
22.73984635524-0.9796196361240.4943400733371.683125617980.2587780801890.7877073279850.041769990362-0.3651708556260.0454359640627-0.06078622218580.0843898262712-0.0921921459139-0.05009763688380.397465970490.01930060921390.286578225694-0.050172689151-0.005046647025810.41568487964-0.03709514834150.462252953726-3.3097117621948.307156572320.5743455852
33.751534291491.29103083289-0.4654170309512.82981729181-0.9820915761163.88886506750.3587824818140.1970142563110.535682914497-0.202735484986-0.14887314364-0.00633586502027-0.2762999466-0.430733824995-0.1326723809470.3354112976280.1143068438660.01494782037640.5010522737270.0102304766250.390794314161-6.4882481312330.743738358239.4399963766
43.891855271620.308067862883-0.4231149959593.789402505321.967239376183.10383086105-0.2593343033340.079927015970.005828955440730.1893974097210.324101577941-0.4253325902310.009498094436110.2841552103630.005033626483870.370983872986-0.02428275517140.0701984546810.5036177677820.1299238135340.401522307804-0.48887165292226.898874707837.6680247966
50.7531512584880.222319181311.113644921040.9483694500410.8538000897640.7915609233960.232901063188-0.586038600186-0.9915980098590.0405987329096-0.3672602229840.4995191358380.0855039890025-0.2186431294810.211381879750.5771044496150.09445065859810.0971251168561.015858605980.1439940613410.944889393847-17.342857577228.377653050340.5618077255
61.94980584227-0.890755431243-0.1018595590671.043262954-0.4490331826832.876851312130.0270048489745-0.06570339832060.0106146551225-0.05797754696190.02435611759440.0501810070905-0.140115403595-0.069346146904-0.1545111773330.2947614577840.1062371112260.1217792778840.43644667485-0.03013543949520.399456002711-6.2474424170530.187550984737.2547871155
72.8947680471.208928331120.07008849895610.908189747081.804242375553.586230045020.541334986591-0.8760684665911.274368546840.0356541713128-1.378105036270.483192975177-0.200421979678-1.390473475670.141870496550.3930542825020.001536683152860.01487776321220.318738087624-0.1813751041650.817865076726-6.2987146924624.4449954628-6.01267720669
87.759008099610.8552653651972.117447372691.93649029260.8588411008451.915573655061.15159146235-3.233716752593.700882890051.15025467034-0.401752989086-0.761047469389-1.40318579211-0.339452981920.3358066535690.537589043529-0.06758273104790.1445428753430.230656582369-0.3724850877660.99579739895.6988026612932.1179041652.6835230738
93.44521197914-1.199292471921.372383205682.632089983211.363884149330.4320219051620.02443517365940.2460650131320.2922804460610.142691752136-0.03424493432520.1991728858560.0699527560996-0.2965226206760.04076315366540.409851438968-0.0182500841788-0.03046886290120.484253284725-0.0548946486880.528697182718-9.3270889010828.1057865881-3.04204896836
105.077523386810.143066471835-3.071931647832.747305567450.6441622664611.65833249155-0.2011333031910.1195578032560.952555443369-0.09926499004070.29765831042-0.139546139983-0.3340350078220.185390138872-0.1283346028860.4811122574330.03806182423470.03827713017160.263921116387-0.006667613473140.5064845490415.6882599113928.6384279987-7.31386343149
111.706080576320.182434244626-0.9744786080782.32640448166-1.296813077751.48896227869-0.6174672881030.02255224605490.0614691159105-0.4435091874250.2863043034610.3448252177090.776433877455-0.178968638582-1.041017598430.372871335677-0.00826717370618-0.02551089980861.11482712634-0.1943098647671.03075806661-29.452297235326.2782768169-6.38641888194
123.20886698683-0.174049589642-1.395821571050.633859692320.03520784883842.191922400330.08470931221980.1541372907650.093563396009-0.127319445582-0.0430897637958-0.134562285870.130425228682-0.2245236862342.317618539730.442731285069-0.0745612071487-0.02558113849830.231993037613-0.1491168088070.552210757271-3.3239262539123.7916496682-5.42944172994
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163.717506431911.19168290189-0.6459565869423.159103662931.336804497152.065480148930.138142880176-1.355925750990.00153777099790.42612692458-0.4698757156730.6698295553090.37751285738-0.08186959940670.3089194764080.47316601983-0.0361392435920.08987360598050.6388813431120.09491724270141.13836700748-13.20059866345.865605638216.4007091413
172.69572147440.948042760513-0.2873282308711.94818425050.728911552141.300762711040.139293261789-0.4021054062740.001291951336350.138577576289-0.2519828014880.04159843085870.0509582265472-0.100960370980.02046383747790.450491919886-0.04477613755340.02588009161140.446179373555-0.0387913918390.610423669544-3.581913561957.1774082741413.3810592053
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 110 through 174 )CC110 - 174110 - 174
22chain 'C' and (resid 175 through 268 )CC175 - 268175 - 255
33chain 'D' and (resid 2 through 30 )DD2 - 301 - 29
44chain 'D' and (resid 31 through 156 )DD31 - 15630 - 147
55chain 'D' and (resid 157 through 182 )DD157 - 182148 - 171
66chain 'D' and (resid 183 through 268 )DD183 - 268172 - 246
77chain 'A' and (resid 2 through 30 )AA2 - 301 - 29
88chain 'A' and (resid 31 through 56 )AA31 - 5630 - 51
99chain 'A' and (resid 57 through 112 )AA57 - 11252 - 100
1010chain 'A' and (resid 113 through 166 )AA113 - 166101 - 154
1111chain 'A' and (resid 167 through 184 )AA167 - 184155 - 172
1212chain 'A' and (resid 185 through 268 )AA185 - 268173 - 250
1313chain 'B' and (resid 1 through 30 )BB1 - 301 - 30
1414chain 'B' and (resid 31 through 55 )BB31 - 5531 - 55
1515chain 'B' and (resid 56 through 99 )BB56 - 9956 - 92
1616chain 'B' and (resid 100 through 154 )BB100 - 15493 - 142
1717chain 'B' and (resid 155 through 268 )BB155 - 268143 - 236
1818chain 'C' and (resid 1 through 109 )CC1 - 1091 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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