PDB-7n43: Alpha-conotoxin OmIA with unusual pharmacological properties at a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n43

タイトル

Alpha-conotoxin OmIA with unusual pharmacological properties at alpha7 nicotinic receptors

要素

Acetylcholine-binding protein
Alpha-conotoxin OmIA

キーワード

CHOLINE-BINDING PROTEIN / Alpha-conotoxin / Acetylcholine-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / synapse / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

Conus omaria (ミナミアジロイモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Ho, T.N.T. / Abraham, N. / Lewis, R.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2021
タイトル: Unique Pharmacological Properties of alpha-Conotoxin OmIA at alpha 7 nAChRs.
著者: Ho, T.N.T. / Abraham, N. / Lewis, R.J.

履歴

登録	2021年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n43.cif.gz	444.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n43.ent.gz	372.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n43.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7n43_validation.pdf.gz	500.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n43_full_validation.pdf.gz	516.7 KB	表示
XML形式データ	7n43_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	7n43_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n43	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t90S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6m4z-d 2byp-d 7n0w-d 5ouh-d 5t90-d 1uv6-2 5co5-d 5oui-d 3u8j-1 5afk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

F: Alpha-conotoxin OmIA

G: Alpha-conotoxin OmIA

H: Alpha-conotoxin OmIA

I: Alpha-conotoxin OmIA

J: Alpha-conotoxin OmIA

128 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.363, 169.363, 124.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Acetylcholine-binding protein / AchBP 分子量: 23862.523 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58154
#2: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin OmIA 分子量: 1725.974 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus omaria (ミナミアジロイモ) / 参照: UniProt: P0C1R7
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 5% PEG4000 and 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→49.24 Å / Num. obs: 65087 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 26.85 % / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 2.47→2.53 Å / Num. unique obs: 4285 / R_sym value: 1.153

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5T90

5t90

解像度: 2.47→49.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 14.552 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21242	2000	3.1 %	RANDOM
R_work	0.18668	-	-	-
obs	0.18748	63054	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.052 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→49.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8717	0	5	146	8868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.017	8934
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.019	8127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.685	1.842	12192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.102	2.667	18735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.351	5	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.759	22.378	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.839	15	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.672	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.564	2.853	4408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.533	2.852	4405
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.154	4.263	5481
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.155	4.263	5481
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.756	3.311	4526
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.756	3.311	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.854	4.769	6712
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.358	34.353	9672
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.363	34.318	9664
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.47→2.533 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	138	-
R_work	0.302	4369	-
obs	-	-	94.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6598	0.0927	-0.3799	1.6445	0.2409	1.8427	0.0688	-0.2191	0.1756	0.1458	-0.0754	-0.1316	-0.1802	0.1682	0.0066	0.3689	-0.0824	-0.0537	0.3451	-0.0215	0.0395	28.869	-33.857	45.858
2	2.3354	-0.2281	-0.0645	2.1107	0.2724	2.8346	0.0302	0.1695	-0.0783	-0.1219	-0.0228	0.0157	0.0304	-0.2188	-0.0073	0.1977	-0.0599	0.0074	0.2766	-0.0429	0.0875	-7.77	-48.959	27.679
3	1.6234	-0.1532	0.0866	2.9751	0.5911	2.0419	-0.0455	0.0125	0.1559	0.0445	0.0294	-0.2204	-0.2917	0.2439	0.0162	0.2431	-0.0849	0.0045	0.2495	0.0335	0.0377	33.35	-36.068	19.287
4	3.0222	0.0663	0.4303	1.0198	-0.0243	1.6768	0.0088	-0.4634	0.0334	0.2462	-0.0533	0.2556	-0.0849	-0.2051	0.0444	0.3336	-0.03	0.0107	0.3173	-0.0614	0.0834	3.347	-41.618	51.241
5	3.185	0.5912	-0.691	1.3945	0.12	1.9003	-0.0489	0.4218	0.0274	-0.2573	-0.0109	0.2095	-0.0355	-0.1546	0.0598	0.2339	-0.032	-0.0311	0.3037	0.0192	0.0382	10.533	-45.543	8.201
6	5.2624	-3.0531	-0.0176	8.9943	1.0861	5.5797	0.1315	-0.3779	-0.1124	0.4204	-0.1926	0.6168	0.1483	-0.0668	0.061	0.3902	-0.0658	-0.0044	0.3913	-0.0611	0.0539	13.145	-39.484	61.974
7	9.972	-2.4006	2.8065	3.0595	4.0119	9.7037	0.1836	0.3069	0.4043	-0.1662	-0.2869	-0.044	-0.0883	-0.2463	0.1033	0.3841	-0.0196	-0.0396	0.4561	-0.0144	0.3974	-1.337	-52.9	5.249
8	5.5335	1.67	0.8665	5.2053	0.9873	2.5874	-0.0136	-0.3948	0.6422	0.0615	-0.2057	0.0821	0.0445	0.2716	0.2193	0.3076	-0.0652	-0.0293	0.3684	-0.0294	0.2697	42.58	-32.733	40.478
9	6.4932	-4.6759	-4.1951	8.2379	2.6852	3.3571	0.1465	0.5317	0.0993	-0.168	-0.2808	0.5436	0.1965	-0.7022	0.1343	0.3191	-0.0533	0.0534	0.4979	-0.0029	0.2708	-14.646	-52.15	40.446
10	0.8273	0.1449	-2.2797	5.0331	1.9088	7.3989	-0.0603	0.0071	-0.0176	-0.2282	0.1747	-0.2404	0.0431	0.1584	-0.1143	0.2876	-0.0222	0.0175	0.2735	-0.0256	0.116	33.092	-41.186	5.283

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 205
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	1 - 205
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	1 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 17
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	1 - 17
8	X-RAY DIFFRACTION	8	J	1 - 17
9	X-RAY DIFFRACTION	9	G	1 - 17
10	X-RAY DIFFRACTION	10	I	1 - 17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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