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- PDB-7n41: Crystal structure of TagA with UDP-ManNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n41
タイトルCrystal structure of TagA with UDP-ManNAc
要素N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / WALL TEICHOIC ACID ENZYME / BETA-N-2 ACETYLMANNOSAMINYLTRANSFERASE / UDP-N-ACETYLMANNOSAMINE
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase WecG/TagA/CpsF / N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / Glycosyl transferase WecG/TagA/CpsF family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UD9 / N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter italicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Martinez, O.E. / Cascio, D. / Clubb, R.T.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI52217
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Insight into the molecular basis of substrate recognition by the wall teichoic acid glycosyltransferase TagA.
著者: Martinez, O.E. / Mahoney, B.J. / Goring, A.K. / Yi, S.W. / Tran, D.P. / Cascio, D. / Phillips, M.L. / Muthana, M.M. / Chen, X. / Jung, M.E. / Loo, J.A. / Clubb, R.T.
履歴
登録2021年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
B: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
C: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5426
ポリマ－83,7203
非ポリマー1,8223
水00
1
A: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Sedimentation equilibrium experiments fit a monomer-dimer equilibrium best for the protein construct. Additionally, EPPIC predicts the protein structure is a biological monomer.
  • 28.5 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5142
ポリマ－27,9071
非ポリマー6071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5142
ポリマ－27,9071
非ポリマー6071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5142
ポリマ－27,9071
非ポリマー6071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.640, 113.640, 118.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 28 or (resid 29...
21(chain B and (resid 2 through 28 or (resid 29...
31(chain C and ((resid 2 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLNGLN(chain A and (resid 2 through 28 or (resid 29...AA2 - 282 - 28
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 2 through 28 or (resid 29...AA2929
13GLUGLUVALVAL(chain A and (resid 2 through 28 or (resid 29...AA2 - 1972 - 197
14GLUGLUVALVAL(chain A and (resid 2 through 28 or (resid 29...AA2 - 1972 - 197
15GLUGLUVALVAL(chain A and (resid 2 through 28 or (resid 29...AA2 - 1972 - 197
21GLUGLUGLNGLN(chain B and (resid 2 through 28 or (resid 29...BB2 - 282 - 28
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 2 through 28 or (resid 29...BB2929
23GLUGLUARGARG(chain B and (resid 2 through 28 or (resid 29...BB2 - 1992 - 199
31GLUGLUGLUGLU(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC22
32METMETGLYGLY(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC1 - 1951 - 195
33METMETGLYGLY(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC1 - 1951 - 195
34METMETGLYGLY(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC1 - 1951 - 195
35METMETGLYGLY(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC1 - 1951 - 195

-
要素

#1: タンパク質 N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / N-acetylmannosaminyltransferase / UDP-N-acetylmannosamine transferase / UDP-N-acetylmannosamine:N- ...N-acetylmannosaminyltransferase / UDP-N-acetylmannosamine transferase / UDP-N-acetylmannosamine:N-acetylglucosaminyl pyrophosphorylundecaprenol N-acetylmannosaminyltransferase


分子量: 27906.801 Da / 分子数: 3 / 断片: TagA / 変異: C111A, I203E, L209Q, L212K, I216E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter italicus (strain DSM 9252 / Ab9) (バクテリア)
株: DSM 9252 / Ab9 / 遺伝子: Thit_1850 / プラスミド: pMAPLe4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D3T4E0, N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-UD9 / (2R,3S,4R,5S,6R)-3-acetamido-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) / UDP-N-acetyl-alpha-D-mannosamine / UDP-ManNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG-8000, 20% ethylene glycol, 0.05M Tris, 0.04 Potassium phosphate monobasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→98.42 Å / Num. obs: 13697 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.366 % / Biso Wilson estimate: 84.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 14.74 / Num. measured all: 100887 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.3-3.397.2271.1961.477227100210000.6481.28899.8
3.39-3.487.370.8582.1971129669650.7680.92399.9
3.48-3.586.7380.612.9864019529500.8470.66299.8
3.58-3.696.5120.493.5759069089070.9030.53499.9
3.69-3.817.6130.3415.6469059079070.9580.365100
3.81-3.947.9980.2597.769028638630.9760.277100
3.94-4.098.0080.1919.9766078258250.9870.204100
4.09-4.267.9690.13713.3763758008000.9930.147100
4.26-4.457.8520.1215.9560857767750.9940.12899.9
4.45-4.677.6420.09719.3156637417410.9950.104100
4.67-4.927.4820.08821.1553127107100.9950.095100
4.92-5.227.5860.08721.851436786780.9960.093100
5.22-5.587.4930.08421.546986276270.9950.09100
5.58-6.037.3320.07522.7743705975960.9970.08199.8
6.03-6.66.8480.06324.9337805525520.9960.068100
6.6-7.386.0430.05227.9529194904830.9970.05798.6
7.38-8.527.4360.04536.0933464504500.9980.048100
8.52-10.447.4620.0439.8728433813810.9990.042100
10.44-14.766.9570.03739.9221223053050.9990.04100
14.76-98.426.4340.03339.1111711841820.9980.03798.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.82 Å98.42 Å
Translation5.82 Å98.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7MPK

7mpk


解像度: 3.3→98.42 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 681 4.97 %
Rwork0.1946 13013 -
obs0.1976 13694 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 187.3 Å2 / Biso mean: 87.8769 Å2 / Biso min: 26.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→98.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4456 0 156 0 4612
Biso mean--101.72 --
残基数----589
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1749X-RAY DIFFRACTION3.838TORSIONAL
12B1749X-RAY DIFFRACTION3.838TORSIONAL
13C1749X-RAY DIFFRACTION3.838TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.3-3.560.31781470.25525522699
3.56-3.910.26991410.212625522693
3.91-4.480.27591180.178225852703
4.48-5.640.2651230.186526282751
5.64-98.420.21471520.183926962848
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03240.0141-0.00030.02410.02640.02160.2788-0.2613-0.37750.18480.136-0.125-0.08570.23110.00081.1018-0.19930.11190.47550.01310.855410.4758-72.8188-8.3731
20.5734-0.1741-0.15890.05260.04970.0460.43670.0411-0.4289-0.0349-0.0831-0.40090.4228-0.071-0.04441.695-0.56170.20240.836-0.22620.966-1.0374-80.8107-4.7286
30.514-0.1635-0.00530.1155-0.09980.29020.1390.0381-0.33390.5053-0.40240.27440.3004-0.1147-0.01631.2617-0.30360.08550.5149-0.05280.68047.5773-67.3318-5.8784
40.10270.05720.12660.04320.05610.21620.0732-0.30270.3404-0.0205-0.16180.4875-0.1609-0.56540.0081.691-0.89950.32391.5038-0.55351.6992-12.6784-75.5237-2.8306
50.00190.00330.00710.00710.0190.05420.0937-0.0157-0.03020.13580.0099-0.0113-0.08040.0427-0.00061.4274-0.62830.04362.4598-0.43331.5074-21.0186-71.1031-0.72
60.7032-0.7372-0.02751.02730.18720.1123-0.3176-0.2314-0.15510.6287-0.16130.03270.4889-0.1241-0.11531.9258-1.0560.5551.7522-0.44351.2194-11.9669-75.713310.7921
70.0392-0.02880.00760.06620.01660.0145-0.3559-0.0756-0.43310.1569-0.0324-0.09120.3460.1624-0.0021.511-0.45610.40090.99480.02480.6414-0.9051-74.74969.2508
80.0176-0.01780.00230.0165-0.00490.0136-0.1494-0.0702-0.0139-0.1757-0.3101-0.0568-0.0948-0.52240.00171.6571-0.4472-0.0351.1259-0.36391.0536-10.4508-68.6967-0.5384
90.00310.0079-0.00570.02170.00710.0422-0.1949-0.0046-0.3195-0.04780.01720.1340.1382-0.46670.00030.8961-0.1945-0.06310.62560.00350.61287.3458-48.4693-2.7318
100.59860.27780.71460.70760.71181.1236-0.27060.0445-0.0753-1.0278-0.04720.3168-0.1496-0.62390.04130.9377-0.0254-0.10390.45130.03150.50236.5177-33.82350.2602
111.8386-0.4003-0.48310.1340.05560.2505-0.105-0.37130.2809-0.41090.6313-0.37740.3853-0.00980.11190.9487-0.05980.05530.42280.05430.702317.205-46.98250.958
120.0506-0.0090.01620.01480.00860.0574-0.07150.05940.4644-0.39730.046-0.3173-0.4638-0.56640.00011.4339-0.11820.05130.5432-0.02920.60037.5791-49.1937-11.9195
130.06870.02960.01380.51240.23380.141-0.15670.30230.1017-0.75720.04570.1259-0.2786-0.0310.07281.3726-0.36090.359-0.38550.16850.509715.4556-25.6856-5.0595
140.00990.0821-0.02620.7509-0.26410.0919-0.10570.08530.02530.0490.0639-0.1893-0.30190.09420.0742.0152-0.48480.54950.8466-0.08720.872222.1845-20.2601-9.2131
150.33570.1971-0.44910.1324-0.24850.60080.04150.0538-0.358-0.81420.138-0.6923-0.25150.33680.27061.0911-0.10520.22470.2153-0.05460.865722.8179-23.07-0.798
160.0590.07760.01430.1437-0.03950.12350.0175-0.26830.10670.31570.0069-0.5286-0.0972-0.0675-0.00070.7245-0.0994-0.00790.3843-0.03440.639422.5566-26.76387.2646
170.0075-0.0136-0.00250.03490.01450.00730.1847-0.2124-0.47560.0067-0.0436-0.30360.1535-0.0862-00.4891-0.1836-0.02790.4943-0.13020.801221.2351-37.41017.5567
181.30030.25940.06080.532-0.18791.56930.2387-0.10130.0312-0.34650.3184-0.77790.1365-0.10780.19350.7373-0.09720.13350.26830.03820.480219.516-30.2631-0.9036
190.09520.0015-0.06840.09410.06740.80940.3635-0.02970.37150.19090.053-0.7078-1.140.52650.30911.2024-0.37650.30860.6032-0.01720.970831.8399-62.4347-15.1666
200.8163-0.24830.65350.82910.44611.13980.23670.40780.36060.37970.1742-1.01250.10430.89521.40050.5408-0.31990.04570.6034-0.11130.740340.7572-78.9242-16.5438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 1 through 15 )C1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 16 through 39 )C16 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 40 through 85 )C40 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 86 through 112 )C86 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 113 through 124 )C113 - 124
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 125 through 161 )C125 - 161
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 162 through 181 )C162 - 181
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 182 through 195 )C182 - 195
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 2 through 15 )A2 - 15
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 16 through 39 )A16 - 39
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 40 through 66 )A40 - 66
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 67 through 85 )A67 - 85
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 86 through 112 )A86 - 112
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 113 through 124 )A113 - 124
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 125 through 139 )A125 - 139
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 140 through 165 )A140 - 165
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 166 through 175 )A166 - 175
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 176 through 197 )A176 - 197
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 2 through 97 )B2 - 97
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 98 through 199 )B98 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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