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- PDB-7n2x: The crystal structure of an FMN-dependent NADH:quinone oxidoreduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n2x
タイトルThe crystal structure of an FMN-dependent NADH:quinone oxidoreductase, AzoR from Escherichia coli
要素FMN-dependent NADH:quinone oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FMN / NADH / Azoreductase / AzoR
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
: / NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-ACRYLIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / FMN-dependent NADH:quinone oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Arcinas, A.J. / Fedorov, E. / Kelly, L. / Almo, S.C. / Ghosh, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Uncovering a novel mechanism of enzyme activation in multimeric azoreductases
著者: Hitchings, R. / Ryan, A. / Arcinas, A.J. / Ghosh, A. / Almo, S.C. / Kelly, L.
履歴
登録2021年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN-dependent NADH:quinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1177
ポリマ－24,2251
非ポリマー8926
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Superdex S200
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.355, 94.355, 53.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

DHA

21A-495-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FMN-dependent NADH:quinone oxidoreductase / Azo-dye reductase / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase / FMN-dependent NADH-azoreductase


分子量: 24225.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: azoR, Z2315, ECs2014 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8X9S9, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体, FMN-dependent NADH-azoreductase

-
非ポリマー , 5種, 180分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DHA / 2-AMINO-ACRYLIC ACID / 2,3-DIDEHYDROALANINE / デヒドロアラニン


タイプ: peptide linking / 分子量: 87.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5NO2
#5: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M Magnesium Chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 22 %(w/v) Polyacrylic Acid 5100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月7日 / 詳細: KB MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.83 Å / Num. obs: 26943 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 23.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.19.1_4122精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V4B

1v4b


解像度: 1.7→19.83 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 1360 5.05 %
Rwork0.165 --
obs0.167 26916 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1527 0 60 174 1761
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.760.2631430.20792509X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.830.21831390.17822506X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.910.20221320.16592498X-RAY DIFFRACTION100
1.91-2.020.21051390.16752518X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.140.20551460.16562505X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.310.18951370.15632562X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.540.17051260.15882547X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.90.20041250.1772574X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.660.18841340.17292600X-RAY DIFFRACTION100
3.66-19.830.17431390.15472737X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35470.07191.10543.0325-0.75792.20660.19610.24310.1277-0.5112-0.21840.4461-0.3349-0.2371-0.03050.27190.1096-0.03570.19930.00180.234114.484940.360715.8583
25.24222.3189-0.13363.8648-0.66669.13330.21670.33250.4155-0.5-0.53591.3676-0.5088-0.94830.01340.8730.2805-0.1540.54080.03280.43412.242144.64623.0222
33.0044-2.27281.43615.2933-1.87342.55340.25410.1737-0.2939-0.4653-0.15580.31490.1998-0.1821-0.09770.16090.021-0.03740.1876-0.04170.172520.408222.589917.3597
47.00444.9599-4.15084.5509-3.34762.601-0.87970.7645-0.9823-0.88340.3748-2.26030.62430.95610.38240.6610.19520.19710.8112-0.04890.650731.69668.50489.8914
51.6704-1.2569-0.12253.08530.8412.96870.25870.3627-0.087-0.4071-0.211-0.02970.05160.2445-0.05230.1510.0693-0.01080.2041-0.01670.121927.107625.633713.7367
61.8104-1.3824-0.14422.6510.83641.01940.25130.19370.3461-0.3555-0.1392-0.2209-0.42610.0917-0.06540.2502-0.00490.05790.15390.05120.197325.802143.804520.0396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:29)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 30:37)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 38:59)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 60:65)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 66:127)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 128:201)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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