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Yorodumi- PDB-7n2w: The crystal structure of an FMN-dependent NADH-azoreductase, AzoA... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n2w | ||||||
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Title | The crystal structure of an FMN-dependent NADH-azoreductase, AzoA in complex with Red 40 | ||||||
Components | FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / FMN / NADH / Azoreductase / AzoA | ||||||
Function / homology | Function and homology information Oxidoreductases; Acting on NADH or NADPH; With a quinone or similar compound as acceptor / FMN-dependent NADH-azoreductase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, NAD(P) as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | ||||||
Authors | Arcinas, A.J. / Fedorov, E. / Kelly, L. / Almo, S.C. / Ghosh, A. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Uncovering a novel mechanism of enzyme activation in multimeric azoreductases Authors: Hitchings, R. / Ryan, A. / Arcinas, A.J. / Ghosh, A. / Almo, S.C. / Kelly, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7n2w.cif.gz | 312.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7n2w.ent.gz | 255 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7n2w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/7n2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/7n2w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7n2xC 6dxpS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24257.512 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (strain ATCC 700721 / MGH 78578) (bacteria) Strain: ATCC 700721 / MGH 78578 / Gene: acpD, azoR, KPN_02994 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A6TCS9, Oxidoreductases; Acting on NADH or NADPH; With a quinone or similar compound as acceptor, FMN-dependent NADH-azoreductase #2: Chemical | ChemComp-FMN / #3: Chemical | ChemComp-05G / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 Details: 1.26 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl and 0.1 M CHES pH 9.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 16, 2018 / Details: KB MIRRORS |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→19.96 Å / Num. obs: 23952 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 5.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.78 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.703 / % possible all: 81.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6DXP Resolution: 2.65→19.96 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 33.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→19.96 Å
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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