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- PDB-7n2n: TCR-antigen complex AS4.2-PRPF3-HLA*B27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n2n
タイトルTCR-antigen complex AS4.2-PRPF3-HLA*B27
要素
  • (T cell receptor ...T細胞受容体) x 2
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • Human leukocyte antigen (HLA) B27
  • Pre-MRNA Processing Factor 3
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / TCR MHC HLA-B27
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yang, X. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI103867 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Autoimmunity-associated T cell receptors recognize HLA-B*27-bound peptides.
著者: Yang, X. / Garner, L.I. / Zvyagin, I.V. / Paley, M.A. / Komech, E.A. / Jude, K.M. / Zhao, X. / Fernandes, R.A. / Hassman, L.M. / Paley, G.L. / Savvides, C.S. / Brackenridge, S. / Quastel, M.N. ...著者: Yang, X. / Garner, L.I. / Zvyagin, I.V. / Paley, M.A. / Komech, E.A. / Jude, K.M. / Zhao, X. / Fernandes, R.A. / Hassman, L.M. / Paley, G.L. / Savvides, C.S. / Brackenridge, S. / Quastel, M.N. / Chudakov, D.M. / Bowness, P. / Yokoyama, W.M. / McMichael, A.J. / Gillespie, G.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2021年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Pre-MRNA Processing Factor 3
A: Human leukocyte antigen (HLA) B27
B: Beta-2-microglobulin
D: T cell receptor alpha chain
F: T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,25813
ポリマ－95,1305
非ポリマー1,1288
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.109, 53.154, 106.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.485, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#2: タンパク質 Human leukocyte antigen (HLA) B27 / HLA-B27


分子量: 32086.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3F718
#3: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
T cell receptor ... , 2種, 2分子 DF

#4: タンパク質 T cell receptor alpha chain


分子量: 22869.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: タンパク質 T cell receptor beta chain


分子量: 27311.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 C

#1: タンパク質・ペプチド Pre-MRNA Processing Factor 3


分子量: 984.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 71分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 with 0.2M Potassium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.76 Å / Num. obs: 59379 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 38.13 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 3273 / CC1/2: 0.23

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122+SVN精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KSB 1JGE

5ksb

1jge


解像度: 2.6→47.48 Å / SU ML: 0.4078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.5813
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2907 931 3.37 %
Rwork0.2481 26680 -
obs0.2495 27611 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6557 0 71 66 6694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00196788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44949222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0395998
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.97252493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.740.33941330.28483812X-RAY DIFFRACTION97.55
2.74-2.910.36451350.29713853X-RAY DIFFRACTION97.51
2.91-3.130.40631290.30213712X-RAY DIFFRACTION94.47
3.13-3.450.33751340.27763821X-RAY DIFFRACTION96.63
3.45-3.950.28591290.25193725X-RAY DIFFRACTION93.52
3.95-4.970.23691350.20843875X-RAY DIFFRACTION96.95
4.97-47.480.23431360.2163882X-RAY DIFFRACTION94.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.20990680852-1.10226264507-0.6989042180330.413454268034-0.1936449411755.196442225080.101542953913-0.128194663570.2768058111210.3069912186830.1724533338860.6825214174110.3836119601510.398542430698-0.06033470077510.193795453228-0.004947749054930.06914803180020.196150698983-0.002029597423440.24311371063229.193953895-9.269527055457.69106221004
23.429676056980.0805833593697-0.5785629854651.8613248731-1.229647033811.58001406611-0.0160132175797-0.0493590001088-0.1265224474450.2644256848880.05629072011140.496422290887-0.263947902897-0.192058893558-0.08615531935120.169202112805-0.002133738919540.09294337780140.263079455961-0.04403755913220.40375320101920.181452483-8.765760473723.42049272136
31.571711671840.172061826671-0.3626915988094.91384027565-5.913549590247.210415497680.3539436920570.409645368481-0.731578566026-0.892074269435-0.2917772542851.371781715150.9048496579920.744903009457-0.1296558441970.1756414505150.009234204529920.005952667814740.290043892281-0.0911918742740.533367023230.8261982809-21.7667155771-0.701036930819
43.132441017450.97692478979-1.193001152133.02210920293-0.593951601112.116955892490.0109772826667-0.252731544691-0.2510996256220.0735982420516-0.101086769617-0.234622996557-0.001264608414420.1709027934370.05526303139630.1244939419290.04925720856280.02865145979290.147564732772-0.01633923489490.16856878738234.1216397894-15.18589591972.89252839365
52.360424880331.048807439810.9324969433162.009810811460.01962554978024.811298931530.1181375468730.426496173965-0.492446458028-0.5693117153360.04910384221480.06826372360630.817766816950.248457943971-0.1416600261590.4552033821280.02359785697620.0113169727770.398871850225-0.1989213935870.6239853541128.6738552383-33.0279505001-20.1940092712
63.3937673453-0.3313630201410.5127622483312.8200147237-0.01044895019912.496389850590.2151251231410.07597239626890.385163710931-0.6913869432160.01098674751950.604645751336-0.4290872353010.138781700439-0.282496425019-0.35797869357-0.3181448511060.1817475417440.335140714887-0.1239600474970.3815204059685.46216773812-15.6893598302-14.4552261829
72.302471569880.7330679538250.9682257599771.9193560768-0.5356436567132.75718691634-0.3308616387810.0337166821630.0210017495768-0.06740017656860.1011858516890.413778558614-0.142035200118-0.4196344519970.16020041660.2364955446610.02445881415480.08427249354340.327563227353-0.05408594530390.3640084010174.36478190176-10.2529738968-11.2281584277
85.46807197961.08758182434-0.810538382240.872954195411-1.685038770833.315587799030.4562969717670.4938194704550.9951520274440.226423251849-0.1441237715090.705216359859-0.405105547369-0.09866635711980.09634965758770.150453586808-0.0375412114356-0.1470471997440.4022567781460.03197440318850.3973573043653.70472816405-9.39248094591-20.854896047
96.28749826439-2.400752511743.589567224022.86464489408-0.4222957065445.36180221225-0.549462140918-0.777952927266-0.7775691344040.9750345530560.711686108170.711229849862-0.12897810444-0.503142380480.02755262701830.382024633765-0.0159541868290.1779887617250.4258599504510.03673592993210.38885530826928.5491374649-10.309605567131.8694852733
100.508877908898-0.3001275973-0.4153428385510.4286841526550.562849477120.739247592552-0.0187995456596-0.255359141246-0.1471167428690.7594724989510.207944245124-0.2012310207110.1220501937370.2071846719780.1016310696830.9921683458730.127554258038-0.2642631241390.221646546501-0.0970147651014-0.10921634156947.8459798656-18.040864007640.5121551307
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 1 through 9 )CA1 - 91 - 9
22chain 'A' and (resid 1 through 103 )AB1 - 1031 - 103
33chain 'A' and (resid 104 through 118 )AB104 - 118104 - 118
44chain 'A' and (resid 119 through 174 )AB119 - 174119 - 174
55chain 'A' and (resid 175 through 275 )AB175 - 275175 - 275
66chain 'B' and (resid 0 through 30 )BC0 - 301 - 31
77chain 'B' and (resid 31 through 77 )BC31 - 7732 - 78
88chain 'B' and (resid 78 through 99 )BC78 - 9979 - 100
99chain 'D' and (resid 2 through 8 )DF2 - 81 - 7
1010chain 'D' and (resid 9 through 19 )DF9 - 198 - 18
1111chain 'D' and (resid 20 through 39 )DF20 - 3919 - 38
1212chain 'D' and (resid 40 through 44 )DF40 - 4439 - 43
1313chain 'D' and (resid 45 through 52 )DF45 - 5244 - 51
1414chain 'D' and (resid 53 through 62 )DF53 - 6252 - 61
1515chain 'D' and (resid 63 through 78 )DF63 - 7862 - 77
1616chain 'D' and (resid 79 through 93 )DF79 - 9378 - 92
1717chain 'D' and (resid 94 through 103 )DF94 - 10393 - 102
1818chain 'D' and (resid 104 through 113 )DF104 - 113103 - 112
1919chain 'D' and (resid 114 through 123 )DF114 - 123113 - 122
2020chain 'D' and (resid 124 through 132 )DF124 - 132123 - 131
2121chain 'D' and (resid 139 through 164 )DF139 - 164132 - 157
2222chain 'D' and (resid 165 through 173 )DF165 - 173158 - 166
2323chain 'D' and (resid 174 through 190 )DF174 - 190167 - 180
2424chain 'D' and (resid 191 through 200 )DF191 - 200181 - 190
2525chain 'D' and (resid 201 through 206 )DF201 - 206191 - 196
2626chain 'F' and (resid 3 through 123 )FJ3 - 1231 - 121
2727chain 'F' and (resid 124 through 243 )FJ124 - 243122 - 241

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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