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- PDB-7n2b: A DARPin semi-rigidly fused to the 3TEL crystallization chaperone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n2b
タイトルA DARPin semi-rigidly fused to the 3TEL crystallization chaperone
要素Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,3TEL-rigid-DARPin
キーワードPROTEIN BINDING / Designed Ankyrin repeat protein / Translocation ETS Leukemia / Sterile Alpha Motif / polymer
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation ...Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor ETV6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.221 Å
データ登録者Sarath Nawarathange, S.D. / Gajjar, P. / Bunn, D. / Stewart, C. / Doukov, T. / Moody, J.D.
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2022
タイトル: Crystals of TELSAM-target protein fusions that exhibit minimal crystal contacts and lack direct inter-TELSAM contacts.
著者: Nawarathnage, S. / Soleimani, S. / Mathis, M.H. / Bezzant, B.D. / Ramirez, D.T. / Gajjar, P. / Bunn, D.R. / Stewart, C. / Smith, T. / Pedroza Romo, M.J. / Brown, S. / Doukov, T. / Moody, J.D.
履歴
登録2021年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,3TEL-rigid-DARPin
B: Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,3TEL-rigid-DARPin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6352
ポリマ－93,6352
非ポリマー00
水00
1
A: Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,3TEL-rigid-DARPin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8181
ポリマ－46,8181
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,3TEL-rigid-DARPin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8181
ポリマ－46,8181
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.962, 63.625, 166.005
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.162, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,Transcription factor ETV6,3TEL-rigid-DARPin / ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel


分子量: 46817.559 Da / 分子数: 2 / 変異: V67E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the 3TEL domain forms a helical polymer as the pH is lowered,the 3TEL domain forms a helical polymer as the pH is lowered,the 3TEL domain forms a helical polymer as the pH is lowered,the 3TEL ...詳細: the 3TEL domain forms a helical polymer as the pH is lowered,the 3TEL domain forms a helical polymer as the pH is lowered,the 3TEL domain forms a helical polymer as the pH is lowered,the 3TEL domain forms a helical polymer as the pH is lowered
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETV6, TEL, TEL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41212

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 % / 解説: Thin circular or half-moon plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 200 mM L-Proline, 100 mM HEPES, 10 % w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.221→40.16 Å / Num. obs: 13842 / % possible obs: 87.26 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 84.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07087 / Rrim(I) all: 0.08449 / Net I/σ(I): 10.98
反射 シェル解像度: 3.221→3.336 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5057 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 1491 / CC1/2: 0.906 / CC star: 0.975 / Rpim(I) all: 0.3275 / Rrim(I) all: 0.6052 / % possible all: 95.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.9モデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QAR, 4J7W

2qar

4j7w


解像度: 3.221→40.16 Å / SU ML: 0.4014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.8634
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The dataset was initially scaled into space group P212121 and phased with 1 molecule in the AU, but scaling into space group P1211 and phasing with 2 molecules in the AU gave superior refinement statistics.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 681 4.94 %
Rwork0.2264 13096 -
obs0.2273 13777 87.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.221→40.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6067 0 0 0 6067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00336206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56258483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.14072121
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.22-3.470.37591090.31662252X-RAY DIFFRACTION75.97
3.47-3.820.33951230.27492510X-RAY DIFFRACTION83.8
3.82-4.370.24381340.22372493X-RAY DIFFRACTION84.01
4.37-5.50.24081510.22992860X-RAY DIFFRACTION95.74
5.51-41.750.19131640.19372981X-RAY DIFFRACTION96.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.343110453510.8747071844482.353412656843.685569858781.126259039845.586139399480.394434583743-0.270691619816-0.1129852870080.545903512559-0.315510108311-0.01432345372670.592126477484-0.281179680064-0.0566553205020.718893871115-0.04096230743410.1086167165340.4300467147360.0145081254540.601491645224-4.44310941214-6.0537924262850.7038023555
24.63416247747-2.20469977267-3.992071401920.4501470619141.641584712941.348258041740.2147120830060.108109657594-0.356566551174-0.140888834444-0.562438226999-0.0393419058333-0.5137921393450.2978709528190.2813630653741.067757288990.0683085266355-0.06381920523450.832247622344-0.03260767620550.7521899112018.82543759353-17.062002471516.5033754056
38.26542474682-4.58505616156-2.070582464348.456926754591.939089311053.41449007877-0.471169086585-0.01008594970970.1461967249960.488763993720.334219998982-1.262814193810.2948478286140.2613483883550.134757092840.98712417674-0.02553416141280.002292989802250.5071836977420.07595599225670.69385663322436.4366811554-30.44185433766.01960821407
43.20600649914-1.63710827058-4.280803260463.993656746842.583400274189.288030724480.290374234430.2138622673670.0666526469764-0.225801638489-0.3078617163320.167972392642-0.453451687104-0.237953105791-0.02124736268750.551942870877-0.0106815741115-0.1502223541390.3891571494460.02621720937050.499555363358-27.401654364418.746589952932.3174531534
55.644229372572.392090973544.425968377870.4020022262541.430055592563.196976159940.393070795934-0.4904197252270.2828790229580.229207792551-0.613100681254-0.05044343618360.478387564914-0.163713437494-0.1517994432691.08495801129-0.08980458976060.02842225298860.736959848435-0.02641914017960.810299776159-14.021846700229.812382650266.8526969711
68.001502241063.116185310582.493910416096.384950020470.5705754712063.81353613852-0.7531039710030.110417006882-0.0533600026222-1.086338787280.552545061267-1.39837897472-0.6871674010010.1923259628860.2126991956871.13426818366-0.03229477962940.04587144096890.527017244247-0.02103254209910.73847303940513.215973018243.038405231277.1971848273
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 233 )AA1 - 2331 - 220
22chain 'A' and (resid 234 through 295 )AA234 - 295221 - 282
33chain 'A' and (resid 296 through 415 )AA296 - 415283 - 402
44chain 'B' and (resid 1 through 233 )BB1 - 2331 - 223
55chain 'B' and (resid 234 through 295 )BB234 - 295224 - 285
66chain 'B' and (resid 296 through 414 )BB296 - 414286 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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