PDB-7n21: NMR structure of AnIB-OH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n21

タイトル

NMR structure of AnIB-OH

要素

Alpha-conotoxin AnIB

キーワード

TOXIN (毒素) / alpha-conotoxin / CC-C-C framework / alpha4/7 pattern / sulfotyrosine

機能・相同性

Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity /

toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin AnIB

機能・相同性情報

生物種

Conus anemone (アネモネイモ)

手法

溶液NMR /

simulated annealing / na

Model details

AnIB, tyrosine sulfated, C-terminal acid

データ登録者

Conibear, A.C. / Rosengren, K.J. / Lee, H.S.

資金援助

オーストラリア, 2件

組織	認可番号	国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)	616535	オーストラリア
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)	613982	オーストラリア

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2021
タイトル: Posttranslational modifications of alpha-conotoxins: sulfotyrosine and C-terminal amidation stabilise structures and increase acetylcholine receptor binding.
著者: Ho, T.N.T. / Lee, H.S. / Swaminathan, S. / Goodwin, L. / Rai, N. / Ushay, B. / Lewis, R.J. / Rosengren, K.J. / Conibear, A.C.

履歴

登録	2021年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n21.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n21.ent.gz	51.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/7n21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/7n21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n0tC 7n1zC 7n20C 7n22C 7n23C 7n24C 7n25C 7n26C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7n20-d 7n1z-d 1akg-d 1y58-d 6ota-d 2mg6-d 1e76-d 6vhj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30917NMR structure of AnIB-OH

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-conotoxin AnIB

1.79 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	20 structures of lowest energy, no significant violations and best MolProbity score
代表モデル	モデル #1	lowest energy and best molprobity score

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin AnIB 分子量: 1794.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase peptide synthesis / 由来: (合成) Conus anemone (アネモネイモ) / 参照: UniProt: P0C1V7
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	1H-15N HSQC
1	4	1	isotropic	1	1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 1.0 mg/mL Alpha-conotoxin AnIB-OH, 90% H2O/10% D2O
詳細: 90% H2O, 10% D2O, 10 uM 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate sodium salt (DSS), pH 3.0
Label: CX0015 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.0 mg/mL	Alpha-conotoxin AnIB-OH	natural abundance	1
10 uM	DSS	natural abundance	1

試料状態

詳細: 90% H2O, 10% D2O, 10 uM 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate sodium salt (DSS), pH 3.0
イオン強度: 5 mM / Label: aqueous / pH: 3.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS		Brunger A. T. et.al.	精密化
CYANA	3.98.13	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA		Keller and Wuthrich	chemical shift assignment

精密化

手法	ソフトェア番号	詳細
simulated annealing	2	torsion angle simulated annealing, ensemble contains 20 structures with the best MolProbity scores, minimum energies and no violations
na	1	minimised in a water shell

代表構造

選択基準: lowest energy and best molprobity score

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: 20 structures of lowest energy, no significant violations and best MolProbity score
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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