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万見
- PDB-7n1z: NMR structure of native PnIA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n1z
タイトルNMR structure of native PnIA
要素Alpha-conotoxin PnIA
キーワードTOXIN / alpha-conotoxin / CC-C-C framework / alpha4/7 pattern / sulfotyrosine
機能・相同性Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin PnIA
機能・相同性情報
生物種Conus pennaceus (アジロイモ)
手法溶液NMR / simulated annealing / na
Model detailsPnIA, tyrosine sulfated, C-terminal amide
データ登録者Conibear, A.C. / Rosengren, K.J. / Lee, H.S.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)616535 オーストラリア
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)613982 オーストラリア
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2021
タイトル: Posttranslational modifications of alpha-conotoxins: sulfotyrosine and C-terminal amidation stabilise structures and increase acetylcholine receptor binding.
著者: Ho, T.N.T. / Lee, H.S. / Swaminathan, S. / Goodwin, L. / Rai, N. / Ushay, B. / Lewis, R.J. / Rosengren, K.J. / Conibear, A.C.
履歴
登録2021年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32024年11月20日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-conotoxin PnIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7061
ポリマ－1,7061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area110 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area1360 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Alpha-conotoxin PnIA / Alpha-PnIA


分子量: 1705.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase peptide synthesis / 由来: (合成) Conus pennaceus (アジロイモ) / 参照: UniProt: P50984
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic11H-1H TOCSY
121isotropic11H-1H NOESY
131isotropic11H-15N HSQC
141isotropic11H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.0 mg/mL Alpha-conotoxin PnIA, 10 uM [U-99% 2H] DSS, 90% H2O/10% D2O
詳細: 90% H2O, 10% D2O, 10 uM 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate sodium salt (DSS), pH 6.0
Label: NR0004 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mg/mLAlpha-conotoxin PnIAnatural abundance1
10 uMDSS[U-99% 2H]1
試料状態詳細: 90% H2O, 10% D2O, 10 uM 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate sodium salt (DSS), pH 6.0
イオン強度: 5 mM / Label: aqueous / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
精密化
手法ソフトェア番号詳細
simulated annealing2torsion angle simulated annealing, ensemble contains 20 structures with the best MolProbity scores, minimum energies and no violations
na1minimised in a water shell
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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