PDB-7n13: Crystal structure of MTH1 in complex with compound 32

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n13

タイトル

Crystal structure of MTH1 in complex with compound 32

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / Inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Eron, S.J.

引用

ジャーナル: Curr Res Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Development of an AchillesTAG degradation system and its application to control CAR-T activity
著者: Veits, G.K. / Henderson, C.S. / Vogelaar, A. / Eron, S.J. / Lee, L. / Hart, A. / Deibler, R.W. / Baddour, J. / Elam, W.A. / Agafonov, R.V. / Freda, J. / Chaturvedi, P. / Ladd, B. / Carlson, M. ...

履歴

登録	2021年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._citation.country / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n13.cif.gz	92.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n13.ent.gz	66.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n13.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7n13_validation.pdf.gz	905 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n13_full_validation.pdf.gz	907.7 KB	表示
XML形式データ	7n13_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	7n13_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n13	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n03C 5anvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qvo-1 6jvi-2 6jvn-1 5ngr-1 6jvm-1 3whw-1 5mze-3 5otm-1 3zr0-1 5ngs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

37.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.607, 67.835, 79.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 155 / Label seq-ID: 5 - 157

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 18115.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ZRV / 4-anilino-6-[4-(butylcarbamoyl)-3-fluorophenyl]-N-cyclopropyl-7-fluoroquinoline-3-carboxamide 分子量: 514.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₂₈F₂N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: Long needles
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 23% (w/v) PEG 6k, 200 mM lithium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→51.48 Å / Num. obs: 43865 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.59→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3200 / CC_1/2: 0.587 / R_pim(I) all: 0.918 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ANV

5anv

解像度: 1.59→51.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 2.798 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	2194	5.041 %
R_work	0.2116	41329	-
all	0.214	-	-
obs	-	43523	99.284 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.759 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.08 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.354 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.433 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→51.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2508	0	106	302	2916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2765
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.371	1.637	3764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.327	1.615	5873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.339	5	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.639	22.583	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.719	15	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.9	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.155	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.272	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.679	1.617	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.678	1.619	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.629	2.426	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.629	2.422	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.616	1.938	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.566	1.891	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.086	2.792	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.025	2.715	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.984	19.096	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.876	18.573	3038
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.131	0.05	4726

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13123	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13123	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.59-1.631	0.447	169	0.352	2985	0.357	3200	0.589	0.655	98.5625	0.336
1.631-1.676	0.322	165	0.329	2900	0.329	3104	0.777	0.77	98.7436	0.31
1.676-1.724	0.33	139	0.325	2858	0.325	3033	0.787	0.775	98.8131	0.303
1.724-1.777	0.348	145	0.301	2757	0.304	2941	0.788	0.822	98.6739	0.272
1.777-1.835	0.3	150	0.273	2699	0.274	2871	0.862	0.876	99.2337	0.238
1.835-1.9	0.273	136	0.27	2593	0.27	2761	0.873	0.86	98.841	0.235
1.9-1.971	0.322	131	0.249	2525	0.252	2677	0.85	0.896	99.2155	0.223
1.971-2.052	0.286	124	0.222	2454	0.225	2590	0.895	0.922	99.5367	0.19
2.052-2.143	0.244	97	0.204	2371	0.206	2475	0.923	0.935	99.7172	0.175
2.143-2.247	0.258	129	0.21	2213	0.213	2362	0.907	0.928	99.1533	0.187
2.247-2.368	0.241	111	0.214	2121	0.215	2258	0.93	0.926	98.8485	0.183
2.368-2.512	0.264	103	0.196	2043	0.199	2150	0.925	0.94	99.814	0.167
2.512-2.685	0.243	101	0.188	1912	0.19	2015	0.925	0.944	99.9007	0.165
2.685-2.899	0.222	105	0.184	1777	0.186	1883	0.93	0.943	99.9469	0.165
2.899-3.175	0.275	107	0.182	1645	0.187	1752	0.912	0.95	100	0.167
3.175-3.548	0.177	80	0.176	1513	0.176	1595	0.962	0.962	99.8746	0.167
3.548-4.094	0.206	78	0.158	1332	0.16	1412	0.957	0.97	99.8584	0.153
4.094-5.006	0.173	58	0.146	1155	0.147	1214	0.974	0.979	99.9176	0.143
5.006-7.046	0.281	41	0.2	924	0.203	965	0.956	0.97	100	0.19
7.046-51.482	0.195	25	0.213	552	0.212	579	0.967	0.96	99.6546	0.203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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