PDB-7n0y: Rigidity of loop 1 contributes to equipotency of globular and rib...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n0y

タイトル

Rigidity of loop 1 contributes to equipotency of globular and ribbon isomers of alpha-conotoxin AusIA

要素

Acetylcholine-binding protein
Globular alpha-conotoxin AusIA

キーワード

CHOLINE-BINDING PROTEIN/ANTAGONIST / Alpha-conotoxin / Complex / ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN / CHOLINE-BINDING PROTEIN-ANTAGONIST complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / synapse / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

Conus australis (ナガイモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Ho, T.N.T. / Abraham, N. / Lewis, R.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Rigidity of loop 1 contributes to equipotency of globular and ribbon isomers of alpha-conotoxin AusIA.
著者: Ho, T.N.T. / Abraham, N. / Lewis, R.J.

履歴

登録	2021年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n0y.cif.gz	420.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n0y.ent.gz	351.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n0y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n0y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n0wC 5t90S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wto-d 1uv6-1 5bp0-1 7n0w-d 3wip-2 1uv6-2 5j5h-1 1i9b-d 4zr6-d 4alx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

G: Globular alpha-conotoxin AusIA

118 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.295, 73.295, 347.743
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP 分子量: 23262.818 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58154
#2: タンパク質・ペプチド	Globular alpha-conotoxin AusIA 分子量: 1772.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus australis (ナガイモ) / 参照: UniProt: P0DL39
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化	温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M calcium acetate hydrate, 18% PEG400, 0.1M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95365 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95365 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.579→46.93 Å / Num. obs: 35545 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20 % / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 20.8
反射シェル	解像度: 2.58→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4231 / R_sym value: 0.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5T90

5t90

解像度: 2.58→46.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 27.93 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.246 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2532	2004	5.7 %	RANDOM
R_work	0.20406	-	-	-
obs	0.20691	33455	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.665 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.67 Å²	0.83 Å²	0 Å²
2-	-	1.67 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→46.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8225	0	0	21	8246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.017	8415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.019	7698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.848	1.847	11488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.147	2.661	17750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.992	5	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.652	22.072	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.327	15	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.156	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.395	4.938	4111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.394	4.937	4110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.782	7.404	5123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.781	7.405	5124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.575	5.154	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.571	5.154	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.048	7.636	6365
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.406	56.489	8909
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.402	56.474	8908

LS精密化シェル

解像度: 2.58→2.646 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	140	-
R_work	0.295	2425	-
obs	-	-	98.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8229	0.4145	-0.8273	2.7858	-0.7657	3.7424	0.216	-0.3624	-0.1163	0.092	-0.2563	-0.2825	0.2484	0.4898	0.0403	0.1591	0.1478	-0.0074	0.3417	0.058	0.0359	50.33	-29.934	39.048
2	2.1239	-0.1753	0.5569	3.4104	-0.0428	4.0307	-0.0223	-0.1568	0.1642	-0.0446	-0.0872	0.2298	-0.3359	-0.8334	0.1095	0.1084	0.1854	-0.0127	0.4193	-0.0369	0.0313	11.687	-12.656	32.486
3	2.8496	-0.5757	0.4354	3.7825	0.0814	2.8109	0.0739	0.1393	0.1286	-0.3712	-0.2401	-0.3284	-0.0754	0.4266	0.1662	0.2118	0.1604	0.0861	0.2715	0.1073	0.0609	52.19	-15.126	17.114
4	4.1465	0.6828	-0.2574	1.2427	0.0149	2.5534	-0.0479	0.1939	0.4919	-0.2412	-0.135	0.0857	-0.3678	-0.1378	0.1828	0.3097	0.2132	-0.0372	0.1954	0.017	0.0771	28.299	-4.868	12.737
5	2.8424	-0.5991	0.097	2.382	0.7926	3.5059	0.0148	-0.2394	-0.1088	0.309	0.0084	0.0582	0.2957	-0.2903	-0.0232	0.1371	0.0263	0.0035	0.2257	0.0412	0.0107	25.506	-28.308	48.816
6	7.2205	-0.7179	-2.3066	1.8607	0.4796	11.0362	-0.088	-0.177	0.5092	0.1776	0.1741	-0.0192	-0.5389	-0.1746	-0.0861	0.1586	0.0094	0.0241	0.4001	0.003	0.1881	5.788	-19.739	43.864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 205
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 205
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 204
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	6	G	2 - 15

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関連情報:EMDBヘッダ

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