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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n09 | |||||||||
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タイトル | Structural basis for branched substrate selectivity in a ketoreductase from Ascaris suum | |||||||||
![]() | 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ketoreductase | |||||||||
機能・相同性 | short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dong, H. / Chang, M.C.Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Branched Substrate Selectivity in a Ketoreductase from Ascaris suum 著者: Dong, H. / Chang, M.C.Y. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1e6wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29365.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.23 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 35% PEG550 MME, 144 mM potassium sodium tartrate, 100 mM MES, pH6.5 2 M sodium malonate, pH 6.5 PH範囲: 6.5 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.75→67.33 Å / Num. obs: 84379 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 31.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.5 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Num. unique obs: 4507 / CC1/2: 0.196 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1e6w 解像度: 2→67.33 Å / SU ML: 0.2299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.8638 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→67.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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