PDB-7n09: Structural basis for branched substrate selectivity in a ketoredu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n09

タイトル

Structural basis for branched substrate selectivity in a ketoreductase from Ascaris suum

要素

3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ketoreductase

機能・相同性

機能・相同性情報

estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / estrogen metabolic process / androgen metabolic process / fatty acid metabolic process / nucleotide binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Ascaris suum (かいちゅう)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Dong, H. / Chang, M.C.Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for Branched Substrate Selectivity in a Ketoreductase from Ascaris suum
著者: Dong, H. / Chang, M.C.Y.

履歴

登録	2021年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2021年8月11日	ID: 6U5I
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n09.cif.gz	120.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n09.ent.gz	89.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7n09_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n09_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7n09_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	7n09_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e6wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ybv-1 4xgn-2 4dqx-d 4pn3-2 1zo8-1 5unl-d 2bgm-1 1uay-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2

B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2

ヘテロ分子

60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2

B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2

ヘテロ分子

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2

B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.542, 54.942, 89.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 131.039, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-548- HOH
2	1	A-587- HOH
3	1	B-550- HOH

#1: タンパク質	3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2 分子量: 29365.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F1L0H2
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.23 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 35% PEG550 MME, 144 mM potassium sodium tartrate, 100 mM MES, pH6.5 2 M sodium malonate, pH 6.5 PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.3.1	1	0.73
シンクロトロン	ALS	8.3.1	2	2.5

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.73	1
2	2.5	1

反射

解像度: 1.75→67.33 Å / Num. obs: 84379 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 31.22 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

解像度: 1.75→1.81 Å / Num. unique obs: 4507 / CC_1/2: 0.196

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
BALBES		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1e6w

1e6w

解像度: 2→67.33 Å / SU ML: 0.2299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.8638 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	2821	4.54 %
R_work	0.177	59347	-
obs	0.1789	62168	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→67.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3798	0	88	375	4261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0159	3952
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1045	5360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.57	624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	688
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.4025	1400

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.3117	144	0.2933	2992	X-RAY DIFFRACTION	97.91
2.03-2.07	0.3853	148	0.281	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.11	0.3059	143	0.2472	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.11-2.15	0.3028	149	0.238	2894	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.15-2.2	0.2339	142	0.2231	3019	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.2-2.25	0.2397	101	0.2172	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.31	0.2327	113	0.2113	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.31-2.37	0.2521	110	0.2075	3054	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.37-2.44	0.2556	117	0.202	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.52	0.2692	121	0.1892	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.52-2.61	0.2651	154	0.1981	2986	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.61-2.71	0.1949	136	0.2049	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.84	0.225	181	0.1902	2897	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.84-2.99	0.2798	155	0.1937	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.17	0.2432	152	0.1894	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.17-3.42	0.1939	113	0.1776	2947	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.42-3.76	0.1978	183	0.1563	2917	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.76-4.31	0.194	143	0.1455	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.31-5.43	0.1807	188	0.1288	2926	X-RAY DIFFRACTION	99.87
5.43-67.33	0.1681	128	0.1385	2979	X-RAY DIFFRACTION	99.68

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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