PDB-7n03: Crystal structure of MTH1 in complex with compound 31

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n03

タイトル

Crystal structure of MTH1 in complex with compound 31

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / Inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.13 Å

データ登録者

Eron, S.J.

引用

ジャーナル: Curr Res Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Development of an AchillesTAG degradation system and its application to control CAR-T activity
著者: Veits, G.K. / Henderson, C.S. / Vogelaar, A. / Eron, S.J. / Lee, L. / Hart, A. / Deibler, R.W. / Baddour, J. / Elam, W.A. / Agafonov, R.V. / Freda, J. / Chaturvedi, P. / Ladd, B. / Carlson, M. ...

履歴

登録	2021年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n03.cif.gz	87.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n03.ent.gz	62.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n03	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n13C 5anvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f20-2 6jvj-2 6glg-d 5ngt-d 6jvq-1 5ant-2 6jvg-2 6jvp-2 6jvo-2 3zr1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.806, 66.068, 36.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- SO4

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 18115.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ZRP / 4-anilino-6-(hexylamino)-N-methylquinoline-3-carboxamide 分子量: 376.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₈N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: Plates
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3 詳細: 29.5% (w/v) PEG 6k, 200 mM lithium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 3.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.13→44.34 Å / Num. obs: 54483 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.13→1.17 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4727 / CC_1/2: 0.604 / R_pim(I) all: 0.68 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ANV

5anv

解像度: 1.13→44.338 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.356 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1831	2693	4.948 %
R_work	0.1514	51735	-
all	0.153	-	-
obs	-	54428	98.865 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.354 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.357 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.131 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.488 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.13→44.338 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1254	0	38	178	1470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.017	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.049	1.646	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.668	1.612	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.893	5	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.459	22.593	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.915	15	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.377	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	356
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.232	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.319	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.778	1.532	660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.777	1.535	661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.371	2.305	835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.369	2.306	836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.634	1.977	767
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.565	1.965	760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.942	2.807	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.765	2.779	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.473	18.967	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.425	18.414	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	9.099	3	2736

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.13-1.159	0.285	179	0.264	3232	0.265	4005	0.801	0.815	85.1685	0.244
1.159-1.191	0.241	180	0.227	3703	0.227	3907	0.863	0.871	99.3857	0.201
1.191-1.226	0.239	194	0.22	3620	0.221	3816	0.89	0.89	99.9476	0.192
1.226-1.263	0.22	179	0.195	3516	0.196	3696	0.917	0.916	99.9729	0.167
1.263-1.305	0.23	167	0.178	3428	0.181	3595	0.921	0.933	100	0.149
1.305-1.35	0.219	199	0.166	3286	0.169	3485	0.932	0.941	100	0.136
1.35-1.401	0.196	171	0.155	3186	0.157	3358	0.942	0.952	99.9702	0.126
1.401-1.459	0.176	152	0.132	3096	0.134	3248	0.955	0.965	100	0.109
1.459-1.523	0.151	130	0.122	2984	0.123	3114	0.971	0.974	100	0.104
1.523-1.598	0.157	141	0.116	2825	0.118	2966	0.968	0.977	100	0.1
1.598-1.684	0.156	163	0.117	2676	0.119	2839	0.968	0.976	100	0.103
1.684-1.786	0.159	131	0.124	2572	0.125	2703	0.968	0.974	100	0.111
1.786-1.909	0.143	128	0.127	2398	0.128	2527	0.975	0.977	99.9604	0.119
1.909-2.062	0.171	110	0.128	2271	0.13	2381	0.965	0.975	100	0.124
2.062-2.258	0.165	113	0.13	2063	0.132	2177	0.969	0.976	99.9541	0.131
2.258-2.524	0.174	88	0.145	1913	0.147	2002	0.961	0.967	99.9501	0.151
2.524-2.912	0.175	77	0.15	1702	0.151	1779	0.967	0.971	100	0.158
2.912-3.563	0.196	86	0.158	1434	0.16	1520	0.957	0.965	100	0.181
3.563-5.023	0.156	54	0.146	1161	0.147	1215	0.975	0.977	100	0.176
5.023-44.338	0.245	51	0.229	668	0.23	719	0.941	0.958	100	0.278

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関連情報:EMDBヘッダ

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