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万見
- PDB-7mym: Crystal structure of Escherichia coli dihydrofolate reductase in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mym
タイトルCrystal structure of Escherichia coli dihydrofolate reductase in complex with TRIMETHOPRIM and NADPH
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dihydrofolate reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / TRIMETHOPRIM / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Erlandsen, H. / Wright, D. / Krucinska, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1 R01AI111957 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structure-guided functional studies of plasmid-encoded dihydrofolate reductases reveal a common mechanism of trimethoprim resistance in Gram-negative pathogens.
著者: Krucinska, J. / Lombardo, M.N. / Erlandsen, H. / Estrada, A. / Si, D. / Viswanathan, K. / Wright, D.L.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
C: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,89415
ポリマ－54,0583
非ポリマー3,83612
水23413
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4206
ポリマ－18,0191
非ポリマー1,4015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3245
ポリマ－18,0191
非ポリマー1,3054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1494
ポリマ－18,0191
非ポリマー1,1303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.470, 113.397, 216.578
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ACB

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18019.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: folA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABQ5, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 5種, 25分子

#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TOP / TRIMETHOPRIM / トリメトプリム


分子量: 290.318 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.92 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% to 20% PEG4000 or 8000, 0.2M ammonium sulfate and 2mM DTT.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月21日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→56.76 Å / Num. obs: 15680 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 45.81 Å2 / CC1/2: 0.94 / Rmerge(I) obs: 0.289 / Rpim(I) all: 0.127 / Rrim(I) all: 0.318 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 3.04→3.25 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 16148 / CC1/2: 0.345 / Rpim(I) all: 0.416 / Rrim(I) all: 0.966 / % possible all: 98.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MrBUMP位相決定
REFMAC7.1.001精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PSY

4psy


解像度: 3.04→56.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / SU B: 23.603 / SU ML: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2823 734 4.7 %RANDOM
Rwork0.2149 ---
obs0.2181 14913 97.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.68 Å2 / Biso mean: 51.221 Å2 / Biso min: 20.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.55 Å20 Å2-0 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.04→56.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3768 0 249 13 4030
Biso mean--58.07 30.55 -
残基数----474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0134234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.6455809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1241.5828718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5735491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00922.398221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.64815640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5111526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02972
LS精密化 シェル解像度: 3.04→3.119 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 62 -
Rwork0.306 1126 -
all-1188 -
obs--98.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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