PDB-7my7: Se-CrtE N-term His-tag structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7my7

タイトル

Se-CrtE N-term His-tag structure

要素

Farnesyl-diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Prenyl transferase / Isopentenyl pyrophosphate / Dimethylallyl pyrophosphate / cyanobacteria / terpenoids

機能・相同性

機能・相同性情報

(2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / isoprenoid biosynthetic process / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Molecular characterization of cyanobacterial short-chain prenyltransferases and discovery of a novel GGPP phosphatase.
著者: Satta, A. / Esquirol, L. / Ebert, B.E. / Newman, J. / Peat, T.S. / Plan, M. / Schenk, G. / Vickers, C.E.

履歴

登録	2021年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7my7.cif.gz	207.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7my7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7my7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7my7_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7my7_full_validation.pdf.gz	492 KB	表示
XML形式データ	7my7_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	7my7_validation.cif.gz	47.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7my7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7my7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mxzC 7my0C 7my1C 7my6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (7)

登録構造単位

AAA: Farnesyl-diphosphate synthase

BBB: Farnesyl-diphosphate synthase

CCC: Farnesyl-diphosphate synthase

DDD: Farnesyl-diphosphate synthase

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Farnesyl-diphosphate synthase

BBB: Farnesyl-diphosphate synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
69.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Farnesyl-diphosphate synthase

DDD: Farnesyl-diphosphate synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.512, 56.443, 144.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.377, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	ALA	ALA	AAA	A	9 - 298	30 - 319
2	1	1	PHE	PHE	ALA	ALA	BBB	B	9 - 298	30 - 319
3	2	2	ASP	ASP	GLN	GLN	AAA	A	10 - 225	31 - 246
4	2	2	ASP	ASP	GLN	GLN	CCC	C	10 - 225	31 - 246
5	3	3	LYS	LYS	THR	THR	AAA	A	12 - 297	33 - 318
6	3	3	LYS	LYS	THR	THR	DDD	D	12 - 297	33 - 318
7	4	4	ASP	ASP	GLN	GLN	BBB	B	10 - 225	31 - 246
8	4	4	ASP	ASP	GLN	GLN	CCC	C	10 - 225	31 - 246
9	5	5	LYS	LYS	THR	THR	BBB	B	12 - 297	33 - 318
10	5	5	LYS	LYS	THR	THR	DDD	D	12 - 297	33 - 318
11	6	6	LYS	LYS	GLN	GLN	CCC	C	12 - 225	33 - 246
12	6	6	LYS	LYS	GLN	GLN	DDD	D	12 - 225	33 - 246

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Farnesyl-diphosphate synthase 分子量: 34710.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805) (バクテリア) 株: PCC 7942 / FACHB-805 / 遺伝子: Synpcc7942_0776 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q31Q61, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 200 nL of protein at 10 mg/mL was added to 200 nL of reservoir containing 22.6% (w/v) polyacrylic acid 2100, 1.0% ethylammonium nitrate and 10% (v/v) DL-malate-MES-tris buffer at pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→48.65 Å / Num. obs: 51379 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.36→2.43 Å / R_merge(I) obs: 1.578 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4201 / CC_1/2: 0.553 / R_pim(I) all: 0.659 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7MY6

7my6

解像度: 2.36→48.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 9.309 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.234 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2469	2566	4.994 %
R_work	0.2184	48811	-
all	0.22	-	-
obs	-	51377	99.525 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	0 Å²	2.614 Å²
2-	-	-1.411 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.969 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→48.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7489	0	0	75	7564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	7623
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7211
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.371	1.633	10403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.347	1.572	16522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.05	5	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.596	22.351	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.348	15	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.042	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	5959
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	3807
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3296
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.386	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.339	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.065	7.029	4089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.055	7.029	4088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.273	10.515	5099
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.272	10.516	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.485	7.36	3534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.48	7.36	3534
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.257	10.88	5304
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.258	10.88	5304
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.708	132.464	32400
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.712	132.514	32372
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.082	0.05	8679
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.064	0.05	6449
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.088	0.05	7746
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.065	0.05	6358
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.08	0.05	7716
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.061	0.05	6097

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08193	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08193	0.05008
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06376	0.05008
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06376	0.05008
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08768	0.05008
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08768	0.05008
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06485	0.05008
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06485	0.05008
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08006	0.05008
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08006	0.05008
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06105	0.05008
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06105	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.36-2.417	0.337	150	0.325	3382	X-RAY DIFFRACTION	94.0612
2.417-2.483	0.344	187	0.313	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.483-2.555	0.349	171	0.3	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.555-2.634	0.297	161	0.281	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.634-2.72	0.279	154	0.259	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.815	0.301	182	0.244	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.815-2.922	0.263	147	0.23	2994	X-RAY DIFFRACTION	99.9364
2.922-3.041	0.269	142	0.213	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.041-3.176	0.24	146	0.207	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.176-3.331	0.247	150	0.206	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.331-3.511	0.249	149	0.215	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
3.511-3.724	0.24	133	0.2	2408	X-RAY DIFFRACTION	100
3.724-3.981	0.218	113	0.183	2258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.981-4.3	0.187	133	0.17	2073	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.71	0.199	104	0.151	1956	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-5.265	0.192	99	0.18	1744	X-RAY DIFFRACTION	100
5.265-6.078	0.318	79	0.236	1574	X-RAY DIFFRACTION	100
6.078-7.44	0.329	82	0.284	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
7.44-10.508	0.207	52	0.221	1052	X-RAY DIFFRACTION	99.8192
10.508-48.65	0.232	32	0.263	595	X-RAY DIFFRACTION	97.2093

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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