PDB-7mxz: Sy-CrtE apo structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mxz

タイトル

Sy-CrtE apo structure

要素

Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Prenyl transferase / Isopentenyl pyrophosphate / Dimethylallyl pyrophosphate / cyanobacteria / terpenoids

機能・相同性

機能・相同性情報

prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Molecular characterization of cyanobacterial short-chain prenyltransferases and discovery of a novel GGPP phosphatase.
著者: Satta, A. / Esquirol, L. / Ebert, B.E. / Newman, J. / Peat, T.S. / Plan, M. / Schenk, G. / Vickers, C.E.

履歴

登録	2021年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mxz.cif.gz	143.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mxz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mxz_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mxz_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	7mxz_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	7mxz_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/7mxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/7mxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7my0C 7my1C 7my6C 7my7C 3kroS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

AAA: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

BBB: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

67.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.497, 73.650, 132.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.675, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-600- HOH
2	1	BBB-710- HOH
3	1	BBB-776- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 7 - 304 / Label seq-ID: 7 - 304

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Geranylgeranyl pyrophosphate synthase 分子量: 33476.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: crtE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72683
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Droplets were 200 nL protein at 10 mg/mL plus 200 nL reservoir, 0.2 M MgCl2 and 20 %(w/v) PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→43.84 Å / Num. obs: 98723 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.47→1.49 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.805 / Num. unique obs: 4443 / CC_1/2: 0.885 / R_pim(I) all: 0.334 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3kro

3kro

解像度: 1.47→39.763 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.22 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1847	4987	5.056 %
R_work	0.1604	93648	-
all	0.162	-	-
obs	-	98635	98.148 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.078 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.868 Å²	0 Å²	0.121 Å²
2-	-	-1.377 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.505 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→39.763 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4313	0	5	558	4876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.844	1.638	6321
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.623	1.575	10349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.537	5	623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.191	22.793	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.342	15	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.638	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	635
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	998
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	4110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.101	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.136	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.718	1.606	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.716	1.604	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.512	2.394	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.512	2.396	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.079	2.016	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.078	2.017	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.741	2.867	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.74	2.867	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.736	32.123	20611
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.658	31.574	20090
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.084	0.05	9221

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08363	0.05006
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08363	0.05006

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.47-1.504	0.26	364	0.243	6511	X-RAY DIFFRACTION	92.3191
1.504-1.545	0.224	365	0.213	6666	X-RAY DIFFRACTION	97.7886
1.545-1.59	0.213	364	0.195	6454	X-RAY DIFFRACTION	97.7491
1.59-1.639	0.195	363	0.182	6309	X-RAY DIFFRACTION	97.8586
1.639-1.693	0.193	325	0.175	6166	X-RAY DIFFRACTION	98.438
1.693-1.752	0.218	300	0.173	6011	X-RAY DIFFRACTION	98.241
1.752-1.818	0.204	297	0.17	5827	X-RAY DIFFRACTION	98.822
1.818-1.892	0.201	311	0.162	5502	X-RAY DIFFRACTION	98.6257
1.892-1.977	0.214	254	0.165	5436	X-RAY DIFFRACTION	99.2153
1.977-2.073	0.185	262	0.153	5159	X-RAY DIFFRACTION	99.1405
2.073-2.185	0.159	255	0.147	4911	X-RAY DIFFRACTION	99.308
2.185-2.318	0.152	270	0.139	4572	X-RAY DIFFRACTION	99.3638
2.318-2.478	0.174	197	0.138	4418	X-RAY DIFFRACTION	99.4398
2.478-2.676	0.174	239	0.141	4058	X-RAY DIFFRACTION	99.4676
2.676-2.931	0.179	188	0.151	3740	X-RAY DIFFRACTION	99.3173
2.931-3.277	0.184	189	0.158	3357	X-RAY DIFFRACTION	98.8019
3.277-3.784	0.168	166	0.158	2961	X-RAY DIFFRACTION	98.3024
3.784-4.633	0.148	122	0.139	2526	X-RAY DIFFRACTION	98.4021
4.633-6.548	0.212	105	0.181	1965	X-RAY DIFFRACTION	98.0578
6.548-39.763	0.227	51	0.188	1099	X-RAY DIFFRACTION	96.6387

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