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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mxn | ||||||
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タイトル | PRMT5(M420T mutant):MEP50 complexed with inhibitor PF-06939999 | ||||||
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![]() | transferase/Transcription / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / : / methylosome / protein-arginine N-methyltransferase activity / methyl-CpG binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McTigue, M. / Deng, Y.L. / Liu, W. / Brooun, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: SAM-Competitive PRMT5 Inhibitor PF-06939999 Demonstrates Antitumor Activity in Splicing Dysregulated NSCLC with Decreased Liability of Drug Resistance. 著者: Jensen-Pergakes, K. / Tatlock, J. / Maegley, K.A. / McAlpine, I.J. / McTigue, M. / Xie, T. / Dillon, C.P. / Wang, Y. / Yamazaki, S. / Spiegel, N. / Shi, M. / Nemeth, A. / Miller, N. / ...著者: Jensen-Pergakes, K. / Tatlock, J. / Maegley, K.A. / McAlpine, I.J. / McTigue, M. / Xie, T. / Dillon, C.P. / Wang, Y. / Yamazaki, S. / Spiegel, N. / Shi, M. / Nemeth, A. / Miller, N. / Hendrickson, E. / Lam, H. / Sherrill, J. / Chung, C.Y. / McMillan, E.A. / Bryant, S.K. / Palde, P. / Braganza, J. / Brooun, A. / Deng, Y.L. / Goshtasbi, V. / Kephart, S.E. / Kumpf, R.A. / Liu, W. / Patman, R.L. / Rui, E. / Scales, S. / Tran-Dube, M. / Wang, F. / Wythes, M. / Paul, T.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 157.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72736.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase |
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 39520.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9BQA1 |
#3: 化合物 | ChemComp-ZR1 / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 % |
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結晶化![]() | 温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Crystallization of full-length human PRMT5/MEP50 complexed with cofactor site inhibitors was performed at 13 degrees Celsius by hanging-drop vapor-diffusion methods. 2.5 ul of a solution of 5: ...詳細: Crystallization of full-length human PRMT5/MEP50 complexed with cofactor site inhibitors was performed at 13 degrees Celsius by hanging-drop vapor-diffusion methods. 2.5 ul of a solution of 5:1 molar ratio of inhibitor compound to PRMT5/MEP50 complex (13 mg/mL) was mixed with 2.5 ul of reservoir solution containing 13-15% (w/v) PEG3350, 0.1M MES, pH 6.5-7.5, 0.25M NaCl, and 20% (v/v) ethylene glycol. Microseeding from initial crystals produced crystals suitable for data collection. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.55→109.19 Å / Num. obs: 41147 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.68 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 5958 / Rpim(I) all: 0.194 / Rrim(I) all: 0.514 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7MX7 解像度: 2.55→109.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.833 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.807 / SU R Cruickshank DPI: 0.502 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.505 / SU Rfree Blow DPI: 0.298 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.302
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原子変位パラメータ | Biso mean: 78.34 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.46 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→109.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.56 Å
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