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- PDB-7mwi: Crystal structure of human BAZ2A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mwi
タイトルCrystal structure of human BAZ2A
要素Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MBD / TAM / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / NoRC negatively regulates rRNA expression ...NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / NoRC negatively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif ...Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, K. / Dong, A. / Li, Y. / Loppnau, P. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the TAM domain of BAZ2A in binding to DNA or RNA independent of methylation status.
著者: Chen, S. / Zhou, M. / Dong, A. / Loppnau, P. / Wang, M. / Min, J. / Liu, K.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,97612
ポリマ－13,9761
非ポリマー011
水1,22568
1
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A

A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,95224
ポリマ－27,9522
非ポリマー022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)47.860, 47.860, 238.861
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / Transcription termination factor I-interacting protein 5 / TTF-I-interacting protein 5 / Tip5 / hWALp3


分子量: 13975.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2A, KIAA0314, TIP5 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF9
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.0M Sodium Formate, 0.1M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979237 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979237 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47.77 Å / Num. obs: 17590 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 34.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.75-1.7820.91.149510.9390.2581.194100
9.09-47.7712.10.02518510.0070.02698.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.17データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000data processing
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C2I

3c2i


解像度: 1.8→41.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.654 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2127 805 5 %RANDOM
Rwork0.1842 ---
obs0.1857 15299 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.8 Å2 / Biso mean: 33.576 Å2 / Biso min: 17.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20.28 Å2-0 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3----1.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→41.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数907 0 11 68 986
Biso mean--34.47 39.47 -
残基数----109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.019942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9331.9371275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86832035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0385112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01521.22449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.69115164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2441514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211059
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02245
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 65 -
Rwork0.224 1094 -
all-1159 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.31120.72220.628212.01169.16337.0198-0.16860.1327-0.21560.1454-0.00030.36450.06140.01790.16890.2510.01360.15370.2407-0.00240.330518.37914.1881.985
22.1962-0.33730.32961.2574-0.59595.41850.0347-0.122-0.173-0.20190.0599-0.08050.3660.2179-0.09450.0840.01840.00380.0258-0.00160.02649.15321.46918.599
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A541 - 547
2X-RAY DIFFRACTION2A548 - 649

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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