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- PDB-7mto: Crystal Structure of SET/I2PP2A/TAF-1Beta core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mto
タイトルCrystal Structure of SET/I2PP2A/TAF-1Beta core
要素Isoform 2 of Protein SET
キーワードONCOPROTEIN / Inhibitor of PP2A / ceramide binding / nucleosome assembly protein (NAP) domain
機能・相同性
機能・相同性情報


HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / protein phosphatase regulator activity / nucleosome disassembly / protein phosphatase inhibitor activity / lipid droplet / Condensation of Prophase Chromosomes / nucleosome assembly / histone binding / negative regulation of neuron apoptotic process / DNA replication ...HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / protein phosphatase regulator activity / nucleosome disassembly / protein phosphatase inhibitor activity / lipid droplet / Condensation of Prophase Chromosomes / nucleosome assembly / histone binding / negative regulation of neuron apoptotic process / DNA replication / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP)
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.791 Å
データ登録者Roth, B.M. / DePalma, R.M. / Ogretmen, B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5P01CA203628-06 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)5R01DE016572-15 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA214461-03 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SET/I2PP2A/TAF-1Beta core
著者: Roth, B.M. / DePalma, R.M. / Ogretmen, B.
履歴
登録2021年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Protein SET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1213
ポリマ－24,0561
非ポリマー642
水2,864159
1
A: Isoform 2 of Protein SET
ヘテロ分子

A: Isoform 2 of Protein SET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2426
ポリマ－48,1132
非ポリマー1294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area3960 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.713, 55.275, 79.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Protein SET / HLA-DR-associated protein II / Inhibitor of granzyme A-activated DNase / IGAAD / PHAPII / ...HLA-DR-associated protein II / Inhibitor of granzyme A-activated DNase / IGAAD / PHAPII / Phosphatase 2A inhibitor I2PP2A / I-2PP2A / Template-activating factor I / TAF-I


分子量: 24056.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SET / Variant: Isoform 2 / プラスミド: pET28a(+)_TEV_NdCdSET-WT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01105
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 0.1 M Imidazole, 0.2M calcium acetate, 22% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.791→50 Å / Num. obs: 22528 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.791-1.833.40.23710760.9770.1450.2790.46799
1.83-1.863.40.22711290.9710.1370.2670.48598.1
1.86-1.93.50.22711030.9640.1380.2670.53298.7
1.9-1.943.40.20111100.9780.1220.2370.56397.8
1.94-1.983.30.16910460.9860.1030.1990.58191.4
1.98-2.033.60.15311050.9910.090.1790.58298.9
2.03-2.0840.13111400.9920.0720.150.60699.4
2.08-2.134.10.11711200.9950.0640.1340.67399.7
2.13-2.24.10.10211280.9940.0560.1160.70399.8
2.2-2.273.90.09511390.9950.0530.1090.81599.7
2.27-2.353.90.07611340.9960.0430.0880.80398.9
2.35-2.443.90.07311230.9950.0420.0850.87698.9
2.44-2.553.80.06811300.9950.0390.0790.99298.7
2.55-2.693.60.05911560.9950.0360.0691.07599.2
2.69-2.863.40.05410580.9960.0330.0631.3192.1
2.86-3.0840.0511400.9970.0280.0571.54799.2
3.08-3.394.10.04611640.9970.0250.0521.77299.5
3.39-3.883.80.03911690.9970.0220.0452.06299.1
3.88-4.883.40.03311540.9980.020.0391.85196.6
4.88-503.50.03312040.9970.0190.0381.87994.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 2.0E+50 / 解像度: 1.791→38.521 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1099 4.89 %
Rwork0.189 21369 -
obs0.1915 22468 97.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.53 Å2 / Biso mean: 32.9437 Å2 / Biso min: 13.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.791→38.521 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1565 0 2 159 1726
Biso mean--23.74 39.95 -
残基数----188
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7911-1.87260.27421350.206256197
1.8726-1.97130.22121040.1857260495
1.9713-2.09480.24731240.1798268999
2.0948-2.25660.2221290.17952694100
2.2566-2.48360.21351630.1825267599
2.4836-2.84290.3061570.2003261996
2.8429-3.58140.23891390.1959274299
3.5814-38.5210.221480.1851278596
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.3988 Å / Origin y: -16.8283 Å / Origin z: -24.5914 Å
111213212223313233
T0.1728 Å2-0.0068 Å20.0098 Å2-0.1727 Å20.0007 Å2--0.1999 Å2
L0.2555 °20.0145 °20.1245 °2-0.2242 °20.1618 °2--1.5777 °2
S-0.0075 Å °-0.0136 Å °0.0698 Å °-0.0253 Å °-0.0025 Å °-0.0455 Å °-0.2414 Å °0.1693 Å °0.0187 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA22 - 225
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 221
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allB1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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