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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mrx | ||||||
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タイトル | Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/C82A | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/Inhibitor / Disulfides / Toxin / antitoxin / RNA BINDING PROTEIN-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å | ||||||
データ登録者 | Caro, J.A. / Smith, J. / Wand, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Conformational entropy and protein affinity 著者: Caro, J.A. / Wand, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mrx.cif.gz | 262.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mrx.ent.gz | 212.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mrx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/7mrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/7mrx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2za4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14478.056 Da / 分子数: 3 / 変異: A43C, S80C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 10288.608 Da / 分子数: 3 / 変異: C41A, C83A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11540 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 50mM NaPO4, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 25% MPD PH範囲: 6-9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K Ambient temp details: Collection under stream of liquid nitrogen Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月1日 / 詳細: Osmic VariMax mirror optics | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 33166 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 34.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 2.09 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 158662 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2za4 解像度: 2.29→29.83 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.56 Å2 / Biso mean: 44.103 Å2 / Biso min: 21.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.29→29.83 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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