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- PDB-7mrx: Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mrx
タイトルCryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/C82A
要素
  • Barstar
  • Ribonuclease
キーワードRNA BINDING PROTEIN/Inhibitor / Disulfides / Toxin / antitoxin / RNA BINDING PROTEIN-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Barstar (barnase inhibitor) / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar-like superfamily / : / Barnase / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / ribonuclease / Ribonuclease/ribotoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease / Barstar
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Caro, J.A. / Smith, J. / Wand, A.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Conformational entropy and protein affinity
著者: Caro, J.A. / Wand, A.J.
履歴
登録2021年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease
B: Barstar
C: Ribonuclease
D: Barstar
E: Ribonuclease
F: Barstar


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3006
ポリマ-74,3006
非ポリマー00
6,503361
1
A: Ribonuclease
B: Barstar


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Final purification step was size-exclusion chromatography (S75) by gel filtration reporting an elution volume corresponding to the heterodimer, with no evidence of monomer.
  • 24.8 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7672
ポリマ-24,7672
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ribonuclease
D: Barstar


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7672
ポリマ-24,7672
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Ribonuclease
F: Barstar


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7672
ポリマ-24,7672
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.317, 87.860, 162.492
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease / Barnase / RNase Ba


分子量: 14478.056 Da / 分子数: 3 / 変異: A43C, S80C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 Barstar / Ribonuclease inhibitor


分子量: 10288.608 Da / 分子数: 3 / 変異: C41A, C83A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11540
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50mM NaPO4, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 25% MPD
PH範囲: 6-9

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
Ambient temp details: Collection under stream of liquid nitrogen
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月1日 / 詳細: Osmic VariMax mirror optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 33166 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 34.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 2.09 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 158662
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.29-2.333.30.24315981.128199.3
2.33-2.374.20.24216251.223199.8
2.37-2.424.80.22116471.284199.8
2.42-2.475.20.22416251.2141100
2.47-2.525.20.19716541.314199.9
2.52-2.585.10.18116121.388199.9
2.58-2.645.10.16216551.4741100
2.64-2.725.10.14716211.6011100
2.72-2.795.10.12816551.781199.9
2.79-2.8950.11516322.005199.8
2.89-2.995.10.10216432.184199.7
2.99-3.1150.08816392.432199.9
3.11-3.254.90.0816742.578199.7
3.25-3.424.80.06716472.684199.8
3.42-3.634.70.05916652.867199.6
3.63-3.924.60.05316782.899199.6
3.92-4.314.50.04816552.945199.7
4.31-4.934.40.04416982.879199.6
4.93-6.214.50.04517242.739199.7
6.21-5050.04218192.957198.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å29.83 Å
Translation3 Å29.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2za4
解像度: 2.29→29.83 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 1676 5.08 %
Rwork0.1828 31300 -
obs0.1852 32976 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.56 Å2 / Biso mean: 44.103 Å2 / Biso min: 21.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4741 0 0 361 5102
Biso mean---38.36 -
残基数----591
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.29-2.360.29681530.22512421257495
2.36-2.430.31171460.220725712717100
2.43-2.520.30081520.230126012753100
2.52-2.620.27771330.22962566269999
2.62-2.740.29821480.2252574272299
2.74-2.880.29421510.22942563271499
2.88-3.060.30631280.20472594272299
3.06-3.30.24791430.20972608275199
3.3-3.630.20481330.1882638277199
3.63-4.160.20241210.15332660278199
4.16-5.230.15771370.139126662803100
5.23-29.830.17671310.155128382969100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3007-0.12610.75773.5566-1.06132.8590.12-0.1185-0.37260.13510.0285-0.19630.4060.2142-0.13110.3424-0.0112-0.08680.37460.07870.2764-14.3136-48.917230.869
23.0792-0.70860.46192.426-0.81952.92290.0232-0.1493-0.61770.14180.00260.24610.4076-0.1846-0.2820.366-0.0821-0.0860.3560.09980.4259-22.1744-49.606526.3578
34.7517-0.5765-0.07822.024-0.5762.70560.24180.198-0.0129-0.2930.28040.8842-0.0572-0.4038-0.40.3018-0.0363-0.08290.32420.0960.4222-31.6817-43.09918.9047
43.57930.54730.12642.1008-0.69964.48220.2997-0.04450.36790.01560.26080.4677-0.3798-0.5572-0.28820.27440.0905-0.01030.39830.08830.3858-32.102-33.322221.0839
53.06251.00960.4621.8449-1.6624.00660.0918-0.7245-0.23610.53760.28790.4196-0.3303-0.2682-0.33140.31020.04320.05770.42180.12670.2848-30.9284-39.324628.7352
62.1135-0.42550.45241.5813-0.88462.21820.14930.2789-0.3503-0.3537-0.0010.06780.48580.209-0.12120.3350.0739-0.02230.316-0.01220.291-16.6951-42.955213.5675
72.8531-0.12310.30352.1683-1.13773.08080.27810.4044-0.3885-0.5132-0.2889-0.14410.58060.2628-0.05120.47930.1304-0.07740.3229-0.00750.2743-10.9095-47.784314.5513
82.5644-0.76540.67022.7659-0.90942.37730.0921-0.12810.25890.23960.053-0.17950.00670.0627-0.08570.2806-0.0093-0.06250.29410.02960.2292-18.6447-37.887124.8013
91.8367-0.24760.532.6403-1.02221.99070.2408-0.0704-0.1074-0.1482-0.1466-0.08360.29360.6969-0.01990.34980.1133-0.07590.36320.05080.3227-8.8836-48.535620.8904
102.5077-0.00760.54782.6356-1.45063.47120.16940.0990.07330.1122-0.1615-0.37090.22480.12510.11520.318-0.0299-0.11150.34070.02190.2987-8.1714-38.595120.7699
117.21470.9665-1.21510.2474-0.15550.31760.09010.03850.5131-0.35460.00980.2448-0.1627-0.2252-0.05840.3283-0.04180.02050.42180.07620.3107-21.1787-20.83892
122.49710.4412-0.07842.1897-0.4492.73720.10680.0010.0070.33270.0792-0.0948-0.14290.1052-0.16510.30030.0132-0.04270.30150.03450.2364-17.5518-28.277611.5651
133.1660.5610.10112.3831-0.51332.7913-0.06450.54120.0616-0.23560.2793-0.0649-0.2256-0.099-0.16420.3528-0.0158-0.01810.33480.05130.2679-20.4496-26.75470.7314
144.21.5254-0.26213.2735-0.73642.48430.00380.3241-0.53450.11850.2913-0.26120.91650.083-0.20770.3660.0472-0.06160.33230.00530.2701-20.6875-35.71161.5843
153.06451.056-0.49632.9659-0.79483.60080.1617-0.0947-0.3225-0.03810.04990.05580.2739-0.2216-0.27480.3514-0.0089-0.03670.44090.07750.3202-28.8264-32.89131.4114
163.2069-0.26530.67112.69920.12482.91690.1211-0.34770.29750.15680.0419-0.39070.16070.4294-0.08020.30110.0137-0.03010.3892-0.09620.291214.7343-4.763542.427
173.47211.1240.35593.6507-0.0462.0190.0660.1143-0.06360.06550.076-0.30180.44010.3173-0.20490.38080.0611-0.05060.3513-0.04430.310115.156-12.285937.5034
181.81340.42370.28556.5738-0.71952.56890.32210.4618-0.691-0.45520.05020.04810.8971-0.1183-0.34590.40690.063-0.12820.3834-0.04350.41968.3395-20.810429.2972
192.93340.01850.88093.19110.08673.04310.2799-0.077-0.6528-0.21190.0520.12950.9333-0.1327-0.26880.4382-0.0427-0.13250.2740.00360.37143.6582-18.371733.8237
202.64980.05820.55683.19950.05442.8934-0.11-0.0105-0.0225-0.30670.066-0.01450.08040.0986-0.04150.2704-0.0031-0.01820.2868-0.02310.21728.571-4.001329.1947
212.93170.04910.8762.67780.22522.6507-0.19130.33810.3308-0.05140.0579-0.1471-0.2549-0.01490.03110.3107-0.0101-0.03690.2789-0.04470.25210.29711.249532.224
220.53830.3159-0.52992.05971.59962.51870.24180.17630.0582-0.3822-0.00391.29-0.8143-0.91250.26050.48880.1527-0.0360.6272-0.05860.4612-12.7003-6.930311.9622
233.87490.8413-0.19423.69022.58524.46750.04730.18580.097-0.17520.07870.3897-0.5499-1.18450.09570.34230.092-0.04730.5586-0.02330.3304-8.3245-3.534522.1796
242.63240.1280.11843.78972.88083.67920.1822-0.7652-0.00640.2198-0.28920.05890.2515-0.707-0.17150.2952-0.0546-0.05740.4288-0.01220.1985-0.5969-11.402322.7567
253.4191-0.26240.05612.67571.44124.32860.210.94540.7573-0.9136-0.07860.2798-0.9357-0.62920.03360.67420.1621-0.0060.72450.16620.3891-7.1156-3.64387.0607
265.2621-0.7753-0.5364.54372.77055.75870.0130.02130.1111-0.74070.1922-0.41-0.6196-0.279-0.31770.3455-0.02190.00060.3975-0.01190.23912.5008-7.94312.3798
274.3071-1.09020.86074.27181.15796.3776-0.0599-0.19190.01590.19290.3165-0.4501-0.0084-0.1939-0.12670.2872-0.0653-0.02470.33730.01290.2277-1.5692-15.526211.2598
281.9153-0.0493-0.78992.1422-0.55932.2730.17950.09990.8792-0.6728-0.3446-0.9395-0.4189-0.01460.05310.39850.04650.04760.30450.08620.9996-13.7346-11.565142.42
29-0.00770.19910.17671.7810.67630.7623-0.4604-0.43291.66651.1361-0.2957-0.8741-0.3960.3664-0.72590.5695-0.1846-0.5283-0.1754-0.62321.4796-6.792-11.556758.1983
301.019-0.9444-0.02174.4864-0.18981.5856-0.1483-0.14260.74320.26250.0838-0.0745-0.02210.0020.04770.25020.0264-0.03140.2629-0.05120.5981-16.6639-22.217850.0585
311.6597-1.64450.39922.2805-1.78663.064-0.3457-1.2154-0.06731.39970.5510.82660.431-0.4494-0.09441.10470.19440.20611.24330.07930.6113-19.1089-36.187676.7005
323.3392-2.7324-0.45052.7564-0.89283.0959-0.1842-1.28470.31071.4130.18040.7319-0.2755-0.13520.11550.77680.0480.27960.7445-0.040.5179-20.6274-29.813371.154
333.1238-1.5090.49393.43930.36733.7531-0.551-0.57720.7611.18220.3040.0925-0.5832-0.14330.14360.65720.01890.02490.4349-0.17350.5472-16.5179-23.740763.9107
344.1306-0.8201-0.26641.5784-0.00381.4371-0.8476-1.49780.0511.53620.1661-0.26230.06850.1984-0.05061.17460.277-0.11721.0395-0.25320.5679-9.86-26.925674.1466
351.9954-1.4597-0.62861.9181-1.1443.3543-0.3647-1.2158-0.75721.21140.30370.69660.7164-0.1751-0.07621.03930.270.41850.84740.1380.8134-15.7287-43.682170.4244
364.7344-1.56331.3754.50270.34684.9053-0.3713-0.32330.92350.73030.5037-0.6205-0.06630.56910.09290.53520.0637-0.09160.5871-0.18770.4616-7.3001-32.884464.4507
372.3695-1.9441.04162.2280.31552.632-0.4088-0.86230.55611.33830.3338-0.2926-0.21920.61360.15360.89350.0465-0.20141.1673-0.1790.6049-4.0339-30.233272.8725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 17 )A3 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 26 )A18 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 33 )A27 - 33
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 34 through 41 )A34 - 41
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 42 through 50 )A42 - 50
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 51 through 60 )A51 - 60
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 61 through 75 )A61 - 75
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 76 through 91 )A76 - 91
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 92 through 99 )A92 - 99
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 100 through 110 )A100 - 110
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 0 through 12 )B0 - 12
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 13 through 43 )B13 - 43
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 44 through 65 )B44 - 65
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 66 through 79 )B66 - 79
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 80 through 89 )B80 - 89
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 3 through 17 )C3 - 17
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 18 through 26 )C18 - 26
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 27 through 33 )C27 - 33
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 34 through 55 )C34 - 55
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 56 through 86 )C56 - 86
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 87 through 110 )C87 - 110
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 0 through 12 )D0 - 12
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 13 through 33 )D13 - 33
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 34 through 48 )D34 - 48
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 49 through 65 )D49 - 65
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 66 through 79 )D66 - 79
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 80 through 89 )D80 - 89
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 3 through 22 )E3 - 22
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 23 through 56 )E23 - 56
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 57 through 110 )E57 - 110
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 3 through 12 )F3 - 12
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 13 through 23 )F13 - 23
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 24 through 43 )F24 - 43
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 44 through 55 )F44 - 55
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 56 through 65 )F56 - 65
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 66 through 80 )F66 - 80
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 81 through 89 )F81 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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