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- PDB-7mr7: Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mr7
タイトルCrystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 bound to GXH-II-075
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードGENE REGULATION / Bromosporine / BRD4 / BRD / BET
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZN1 / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Chan, A. / Schonbrunn, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)1U54HD093540 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Bivalent BET Bromodomain Inhibitors Confer Increased Potency and Selectivity for BRDT via Protein Conformational Plasticity.
著者: Guan, X. / Cheryala, N. / Karim, R.M. / Chan, A. / Berndt, N. / Qi, J. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2021年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7606
ポリマ－30,1992
非ポリマー1,5614
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.281, 39.895, 57.456
Angle α, β, γ (deg.)100.030, 104.500, 90.180
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN1 / 4-[(4-{4-chloro-3-[(2-methylpropane-2-sulfonyl)amino]anilino}-5-methylpyrimidin-2-yl)amino]-2-fluoro-N-[1-(14-{3-[(2-{3-fluoro-4-[(piperidin-4-yl)carbamoyl]anilino}-5-methylpyrimidin-4-yl)amino]-5-[(2-methylpropane-2-sulfonyl)amino]phenyl}-14-oxo-4,7,10-trioxa-13-azatetradecanan-1-oyl)piperidin-4-yl]benzamide


分子量: 1375.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C64H82ClF2N15O11S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate,0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→54.71 Å / Num. obs: 55324 / % possible obs: 61.1 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 96130
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.15-1.211.40.905138210200.4160.9051.280.57.7
3.64-54.711.80.023457325640.9970.0230.03310.289.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2-3874_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MXF

3mxf


解像度: 1.4→39.24 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1938 2106 4.62 %
Rwork0.1765 43485 -
obs0.1773 45591 90.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 55.63 Å2 / Biso mean: 20.1716 Å2 / Biso min: 9.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→39.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2098 0 107 228 2433
Biso mean--26.57 25.51 -
残基数----251
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.430.26411460.26582903304990
1.43-1.470.24681300.2262910304092
1.47-1.510.23921310.21132963309491
1.51-1.550.25061410.20862931307292
1.55-1.60.20171230.18952998312192
1.6-1.660.2011370.18232982311993
1.66-1.730.2311400.18112972311292
1.73-1.80.20531730.17982915308892
1.8-1.90.22431580.1792933309192
1.9-2.020.1911210.17492910303191
2.02-2.170.16721400.1682857299789
2.17-2.390.1851260.17442821294788
2.39-2.740.18771460.18342797294387
2.74-3.450.20811510.18092727287886
3.45-39.240.1621430.15192866300989
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.12871.00990.31216.8129-1.88085.6211-0.162-0.0823-0.5353-0.2941-0.034-0.1180.77670.14070.25470.23190.03060.00720.1214-0.01280.1971-3.9384-9.3905-18.2839
21.5616-0.4269-0.79071.1443-0.84652.5068-0.1349-0.09420.0363-0.1162-0.2321-0.24260.00770.50010.17090.15610.00850.02590.16930.05740.15124.72379.5872-17.6508
30.9722-0.239-0.21871.18890.37631.9199-0.0141-0.094-0.08860.0971-0.08440.02730.23480.03730.12070.10380.00130.00350.11010.00670.1192-5.1525-1.6495-12.8415
42.44911.3178-0.0862.1750.44462.03990.0202-0.06350.18820.0355-0.09540.1189-0.1143-0.12650.04670.09530.0283-0.01350.1076-0.00330.12-9.83459.1144-11.4864
53.76480.09480.10746.21271.78653.27460.0374-0.0231-0.39730.3311-0.13630.1810.3783-0.31350.16570.1734-0.0548-0.00410.13960.04390.1725-17.34012.050422.7775
61.89930.2942-1.60432.7241.65874.04780.0959-0.03430.09450.092-0.33280.26250.0787-0.5040.15740.1677-0.04130.00970.2023-0.0530.207-25.773520.409924.9744
72.4981-1.4573-1.80214.65694.83515.9401-0.0060.14220.0097-0.0123-0.15920.404-0.4845-0.4465-0.04250.14030.0135-0.01840.1411-0.0140.1743-21.589618.70499.9012
82.0391-0.1440.17892.1987-1.1093.0482-0.00310.0557-0.2737-0.107-0.04820.02260.26960.10730.03660.1111-0.00320.01070.1123-0.00610.1514-9.96654.975212.0088
91.5475-0.4308-1.03431.030.51721.60130.0112-0.00020.10150.0479-0.01510.0582-0.064-0.03930.03560.1139-0.0152-0.00670.10920.00570.1212-13.647614.424519.0776
103.0844-2.8962-2.55362.68282.47663.92680.1378-0.04880.314-0.16370.0222-0.2048-0.3380.1133-0.19070.1588-0.0349-0.00560.10270.00320.1762-12.155323.483412.0039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 42 through 51 )A42 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 76 )A52 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 121 )A77 - 121
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 167 )A122 - 167
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 43 through 52 )B43 - 52
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 53 through 68 )B53 - 68
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 69 through 76 )B69 - 76
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 77 through 106 )B77 - 106
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 107 through 144 )B107 - 144
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 145 through 167 )B145 - 167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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