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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mqw | ||||||
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タイトル | Histidine triad protein | ||||||
要素 | HIT family protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Histidine triad protein | ||||||
機能・相同性 | Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like superfamily / catalytic activity / HIT family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Ghosh, S. / Goldgur, Y. / Shuman, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Unpublished タイトル: Histidine triad protein 著者: Ghosh, S. / Goldgur, Y. / Shuman, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mqw.cif.gz | 154.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mqw.ent.gz | 99.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mqw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mqw_validation.pdf.gz | 437.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mqw_full_validation.pdf.gz | 438.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7mqw_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mqw_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3p0tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15634.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: hit_2, ERS451418_05688 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D6J0U7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 15.6 mg/mL (1mM) protein + 5 mM ATP in 0.2 M ammonium sulfate, 30% w/v PEG4000 Temp details: ambient |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 47498 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 18.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 41.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 2314 / CC1/2: 0.861 / Rpim(I) all: 0.281 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3P0T 解像度: 1.55→48.6 Å / SU ML: 0.1719 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.1012 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→48.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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