+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mqw | ||||||
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Title | Histidine triad protein | ||||||
Components | HIT family protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Histidine triad protein | ||||||
Function / homology | Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like superfamily / catalytic activity / HIT family protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycolicibacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55 Å | ||||||
Authors | Ghosh, S. / Goldgur, Y. / Shuman, S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Unpublished Title: Histidine triad protein Authors: Ghosh, S. / Goldgur, Y. / Shuman, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7mqw.cif.gz | 154.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7mqw.ent.gz | 99.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7mqw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7mqw_validation.pdf.gz | 437.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7mqw_full_validation.pdf.gz | 438.5 KB | Display | |
Data in XML | 7mqw_validation.xml.gz | 16 KB | Display | |
Data in CIF | 7mqw_validation.cif.gz | 23.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3p0tS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15634.880 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium smegmatis (bacteria) / Gene: hit_2, ERS451418_05688 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A0D6J0U7 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 15.6 mg/mL (1mM) protein + 5 mM ATP in 0.2 M ammonium sulfate, 30% w/v PEG4000 Temp details: ambient |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 4, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→50 Å / Num. obs: 47498 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 18.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 41.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 2314 / CC1/2: 0.861 / Rpim(I) all: 0.281 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3P0T Resolution: 1.55→48.6 Å / SU ML: 0.1719 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.1012 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→48.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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