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- PDB-7mqk: AAC(3)-IIIa in complex with CoA and sisomicin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mqk
タイトルAAC(3)-IIIa in complex with CoA and sisomicin
要素Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
キーワードTRANSFERASE / antibiotic resistance / aminoglycoside / acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-deoxystreptamine metabolic process / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / antibiotic metabolic process / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / acetyl-CoA catabolic process / coenzyme A binding / cellular response to antibiotic / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chem-SIS / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zielinski, M. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2022
タイトル: Structural elucidation of substrate-bound aminoglycoside acetyltransferase (3)-IIIa.
著者: Zielinski, M. / Blanchet, J. / Hailemariam, S. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
C: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
D: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,74413
ポリマ－119,7924
非ポリマー4,9529
水23,9961332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.175, 90.927, 100.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-571-

HOH

21D-628-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III / ACC(3)-III / Aminocyclitol 3-N-acetyltransferase type III / Gentamicin-(3)-N-acetyl-transferase


分子量: 29947.943 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aacC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P29808, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SIS / (1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside / Sisomicin / シソマイシン


分子量: 447.526 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C19H37N5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M potassium formate, 20% (w/v) PEG 3350, 6%(v/v) 1,3-propanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.3418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→32.544 Å / Num. obs: 156548 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 23.4 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 20.85
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 15495 / CC1/2: 0.607 / % possible all: 99.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.1_3469: ???)精密化
PROTEUM PLUS2018.7-2データ削減
PROTEUM PLUS2018.7-2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HT0

5ht0


解像度: 1.6→32.544 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2042 1635 1.05 %
Rwork0.1795 --
obs0.1797 156347 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7967 0 322 1332 9621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09512007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5266701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.64710.30021370.314612804X-RAY DIFFRACTION100
1.6471-1.70020.31561330.273512730X-RAY DIFFRACTION100
1.7002-1.7610.29061380.242212807X-RAY DIFFRACTION100
1.761-1.83150.2541360.201812791X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.91480.21031320.17812847X-RAY DIFFRACTION100
1.9148-2.01580.20861350.17112811X-RAY DIFFRACTION100
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2.1421-2.30740.19231370.165912825X-RAY DIFFRACTION100
2.3074-2.53950.22211380.166212877X-RAY DIFFRACTION100
2.5395-2.90680.20151370.165712955X-RAY DIFFRACTION100
2.9068-3.66150.16321360.151913040X-RAY DIFFRACTION100
3.6615-32.5440.15331420.147613423X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73890.43980.69371.07580.5352.235-0.0131-0.22860.03030.4014-0.01170.10330.2273-0.210.11520.40980.09330.08930.1361-0.03420.029117.67637.09467.693
20.724-0.0419-0.28681.31890.59731.117-0.0893-0.114-0.03280.35120.05280.00460.19140.12730.03370.1450.0361-0.00290.09-0.01010.070821.54737.6957.739
31.2354-0.26680.8510.4082-0.33493.54440.06730.1442-0.0317-0.3784-0.02680.0793-0.1636-0.0712-0.03570.19370.0236-0.02440.0683-0.01390.091314.91746.83230.056
40.5710.0908-0.0841.94340.6651.2019-0.0355-0.0037-0.05540.1290.0485-0.06330.08920.10570.00090.04280.0074-0.00030.0665-0.01070.056923.55134.49244.588
50.4916-0.0275-0.04753.9586-0.21771.56190.03470.01630.0593-0.131-0.0362-0.1277-0.15720.07920.0150.0867-0.00760.0290.0944-0.03080.072221.03434.8527.716
60.0505-0.0537-0.19370.23540.1151.1140.0244-0.0808-0.20270.5503-0.05920.39730.3918-0.33230.09150.3313-0.09250.16340.130.02030.196111.79422.45747.852
70.1426-0.0320.14421.00170.68020.7468-0.0994-0.0378-0.06790.21140.01970.2350.3097-0.09780.08370.2065-0.00870.04960.10130.00160.147717.70918.53747.265
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91.29-0.1207-0.51970.963-0.11112.84070.0207-0.20170.06550.4695-0.0430.13620.1735-0.0595-0.0070.173-0.03610.03830.0763-0.0230.082215.916-0.73621.168
100.5779-0.09120.21181.21380.28150.6216-0.0243-0.00170.016-0.06450.015-0.0347-0.05060.03970.01520.0183-0.00920.01360.0665-0.00640.067822.77211.6845.832
110.46280.15120.11494.0866-0.4121.68580.0011-0.0437-0.01450.2421-0.0235-0.16210.17170.05960.03210.058-0.0085-0.01030.0814-0.02420.057621.55611.67722.972
120.7866-0.2187-0.36920.78140.30341.6899-0.02010.02390.1072-0.2324-0.03620.2218-0.1799-0.16390.08080.13380.0139-0.06380.0785-0.01120.150112.88625.4023.325
130.7384-0.44130.66140.640.2831.81870.05720.13960.0401-0.3082-0.0745-0.07120.04060.21690.00010.2910.0120.03970.10660.01040.057852.18928.258-22.166
140.316-0.0414-0.04871.0717-0.46831.3376-0.04130.0063-0.0107-0.0103-0.017-0.0109-0.0177-0.02390.02080.00560.00610.01880.05590.01610.060648.74332.0470.771
150.8104-0.31520.110.7805-0.30471.0074-0.0588-0.0049-0.0943-0.0342-0.01180.03880.18740.0070.06640.0598-0.00810.0310.0580.00970.087847.30818.7161.085
160.6602-1.319-0.15154.35440.40421.4881-0.0966-0.072-0.11080.2250.05090.21010.053-0.00360.05690.09250.00270.03090.08840.03730.081148.3923.95817.744
170.29750.0378-0.08320.37290.06720.43710.00740.0278-0.0411-0.13490.0013-0.21690.08810.29790.05670.13630.05020.07310.14680.03060.156461.83815.204-3.012
180.8054-0.8430.70622.1824-1.94433.0608-0.0462-0.0085-0.0998-0.2488-0.0628-0.20050.35590.20820.05040.14810.05460.06760.0910.00470.123857.78410.356-2.639
190.27280.0148-0.34010.22730.2181.0386-0.0247-0.14450.01610.2359-0.0154-0.03430.04110.1423-0.04790.4037-0.0336-0.05670.10870.01210.01654.40618.07270.357
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210.45990.07520.81991.7973-0.94712.2291-0.0239-0.08440.04590.4422-0.04040.1367-0.2438-0.15390.04730.143-0.010.01490.06920.00230.065146.41218.62760.619
220.8498-0.2793-0.68380.25350.1742.452-0.06940.1270.0027-0.2395-0.035-0.01450.2972-0.08440.07970.1681-0.03370.00880.08870.02140.072150.3278.48832.73
230.77030.01280.13061.7043-0.71721.6925-0.06820.06660.05290.01890.03650.0911-0.1242-0.10510.01880.0417-0.0099-0.01730.07430.01690.074844.87519.87246.839
241.29710.12970.25861.241-1.33792.1578-0.0155-0.03960.07080.1518-0.0715-0.046-0.19070.12040.08110.1164-0.0369-0.04360.06540.01450.092353.30628.79749.542
251.15862.233-0.5234.6027-0.74180.9016-0.09330.07390.0496-0.11790.0798-0.0087-0.02480.0290.03030.115-0.0288-0.03310.13560.060.102653.08226.38831.481
262.83432.50150.64345.28741.03651.3364-0.0145-0.01680.0623-0.0543-0.10020.27190.0789-0.31840.08920.1354-0.0642-0.02010.18510.03520.082743.95617.09130.014
270.37710.17390.13240.18350.18940.2011-0.061-0.04060.03930.2627-0.0487-0.34960.00830.39270.03970.2051-0.0625-0.12610.1720.05870.16363.94529.64850.587
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 6:20 )A6 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 21:64 )A21 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 65:100 )A65 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 101:181 )A101 - 181
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 182:210 )A182 - 210
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 211:241 )A211 - 241
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 242:265 )A242 - 265
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 6:64 )B6 - 64
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 65:100 )B65 - 100
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 101:181 )B101 - 181
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 182:210 )B182 - 210
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 211:266 )B211 - 266
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 6:20 )C6 - 20
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 21:125 )C21 - 125
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 126:181 )C126 - 181
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 182:210 )C182 - 210
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 211:241 )C211 - 241
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 242:265 )C242 - 265
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 6:20 )D6 - 20
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 21:43 )D21 - 43
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 44:64 )D44 - 64
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 65:100 )D65 - 100
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 101:150 )D101 - 150
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 151:181 )D151 - 181
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 182:198 )D182 - 198
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 199:210 )D199 - 210
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN D AND RESID 211:241 )D211 - 241
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN D AND RESID 242:266 )D242 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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