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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mql | ||||||
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Title | AAC(3)-IIIa in complex with CoA and neomycin | ||||||
![]() | Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III | ||||||
![]() | TRANSFERASE / antibiotic resistance / aminoglycoside / acetyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() 2-deoxystreptamine metabolic process / antibiotic metabolic process / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / acetyl-CoA catabolic process / coenzyme A binding / cellular response to antibiotic / protein homodimerization activity / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zielinski, M. / Berghuis, A.M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural elucidation of substrate-bound aminoglycoside acetyltransferase (3)-IIIa. Authors: Zielinski, M. / Blanchet, J. / Hailemariam, S. / Berghuis, A.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 378.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 58.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 84 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7mqkC ![]() 7mqmC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 29947.943 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P29808, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase #2: Chemical | ChemComp-COA / #3: Chemical | ChemComp-RIO / #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M potassium formate, 21% (w/v) PEG 3350, 2% (v/v) 1,3-propanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: LIQUID ANODE / Type: BRUKER METALJET / Wavelength: 1.3418 Å |
Detector | Type: Bruker PHOTON II / Detector: PIXEL / Date: Jan 30, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.3418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→31.05 Å / Num. obs: 157232 / % possible obs: 99.81 % / Redundancy: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 20.85 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 15589 / CC1/2: 0.604 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→31.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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