PDB-7mq7: Tetragonal Maltose Binding Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mq7

タイトル

Tetragonal Maltose Binding Protein

要素

Maltodextrin-binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Maltose Binding Protein

機能・相同性

beta-maltose / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Thaker, A. / Sirajudeen, L. / Simmons, C.R. / Nannenga, B.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2021
タイトル: Structure-guided identification of a peptide for bio-enabled gold nanoparticle synthesis.
著者: Thaker, A. / Sirajudeen, L. / Simmons, C.R. / Nannenga, B.L.

履歴

登録	2021年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mq7.cif.gz	175.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mq7.ent.gz	136.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mq7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mq7_validation.pdf.gz	836.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mq7_full_validation.pdf.gz	838.1 KB	表示
XML形式データ	7mq7_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	7mq7_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mq7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mq6C 1anfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hst-3 4wjv-7 3seu-d 4zze-1 5mm3-2 1jvy-d 1anf-d 7mq6-d 6qug-4 1a7l-3 2wez-d 6qug-3 5qcx-1 6l0z-d 6jt4-d 6qug-10 4mbp-d 5tol-d 3hst-1 1n3w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Maltodextrin-binding protein

ヘテロ分子

41.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.070, 69.070, 211.803
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質

Maltodextrin-binding protein

分子量: 41084.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: malE, GF950_09430 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A778V697

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-maltose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.08724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→32.001 Å / Num. obs: 35971 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.08 Å² / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.95→2.01 Å / Num. unique obs: 3070 / CC_1/2: 0.948

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1anf

1anf

解像度: 1.95→32.001 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2347	1690	4.7 %
R_work	0.1951	34281	-
obs	0.197	35971	93.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.36 Å² / B_iso mean: 40.7854 Å² / B_iso min: 26.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→32.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2891	0	40	362	3293
B_iso mean	-	-	64.85	49.12	-
残基数	-	-	-	-	373

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.95-2.0074	0.2895	147	0.2559	2923	98
2.0074-2.0722	0.2992	145	0.2418	2941	98
2.0722-2.1462	0.232	142	0.213	2980	99
2.1462-2.2321	0.2372	148	0.1946	2975	99
2.2321-2.3337	0.2685	146	0.196	2967	99
2.3337-2.4567	0.2456	149	0.1881	3000	99
2.4567-2.6105	0.2538	146	0.1932	2965	99
2.6105-2.812	0.2542	150	0.1936	3019	99
2.812-3.0947	0.2677	149	0.2003	3022	99
3.0947-3.5421	0.2016	141	0.1899	2862	93
3.5421-4.4607	0.2072	114	0.1723	2314	74
4.4607-32.001	0.2166	113	0.197	2313	70

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 22.6173 Å / Origin y: 63.1743 Å / Origin z: 0.4661 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3216 Å²	-0.0583 Å²	0.011 Å²	-	0.3252 Å²	-0.021 Å²	-	-	0.3307 Å²
L	0.249 °²	-0.2415 °²	-0.0763 °²	-	0.5502 °²	0.3885 °²	-	-	1.1451 °²
S	0.013 Å °	-0.032 Å °	0.0193 Å °	-0.0158 Å °	-0.0268 Å °	0.0048 Å °	0.135 Å °	-0.0357 Å °	-0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 373
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	374 - 375
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 417
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	3 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 2

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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