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- PDB-7mpy: Crystal structure of cytosolic HPPK-DHPS from A.thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mpy
タイトルCrystal structure of cytosolic HPPK-DHPS from A.thaliana
要素Folate synthesis bifunctional protein
キーワードTRANSFERASE / Folate biosynthesis / herbicide target / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / dihydropteroate synthase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / response to oxidative stress / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / Dihydropteroate synthase signature 1. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain ...7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / Dihydropteroate synthase signature 1. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Folate synthesis bifunctional protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vadlamani, G. / Bond, C.S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP190101048 オーストラリア
引用ジャーナル: Plant Commun. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis thaliana HPPK/DHPS, a bifunctional enzyme and target of the herbicide asulam.
著者: Vadlamani, G. / Sukhoverkov, K.V. / Haywood, J. / Breese, K.J. / Fisher, M.F. / Stubbs, K.A. / Bond, C.S. / Mylne, J.S.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Folate synthesis bifunctional protein
B: Folate synthesis bifunctional protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5072
ポリマ－112,5072
非ポリマー00
水2,972165
1
A: Folate synthesis bifunctional protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2531
ポリマ－56,2531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Folate synthesis bifunctional protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2531
ポリマ－56,2531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.680, 240.150, 148.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Folate synthesis bifunctional protein


分子量: 56253.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CytHPPK/DHPS, At1g69190, F23O10.22, F4N2.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1ENB6, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase, dihydropteroate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals of 13-20 mg/ml HPPK-DHPS (purified in 20 mM HEPES pH 8.0, 125 mM sodium chloride, 2 mM dithiothreitol of buffer) were obtained in 30-40% PEG 3350 and 0.2M NaF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→93.46 Å / Num. obs: 51863 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 51.66 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Num. unique obs: 3518 / CC1/2: 0.23 / Rpim(I) all: 0.377 / Rrim(I) all: 0.746 / % possible all: 77.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BMB

2bmb


解像度: 2.3→93.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 29.942 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.268 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2998 3249 6.268 %
Rwork0.238 48587 -
all0.242 --
obs-51836 96.734 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 67.247 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.057 Å20 Å20 Å2
2---5.568 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→93.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6679 0 0 165 6844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0156739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61.6339162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2231.58415521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3555844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.98921.416353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.782151273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6881558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21388
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1990.26416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.23227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.23306
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.160.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1320.26
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.5091770.5022754X-RAY DIFFRACTION75.5218
2.424-2.4950.4712220.4543310X-RAY DIFFRACTION94.7679
2.571-2.6560.3872360.3773263X-RAY DIFFRACTION100
2.656-2.7490.3532170.3483146X-RAY DIFFRACTION100
2.749-2.8530.332040.3263101X-RAY DIFFRACTION100
2.853-2.9690.3171960.2762949X-RAY DIFFRACTION100
2.969-3.1010.3131860.2412824X-RAY DIFFRACTION100
3.101-3.2520.2881830.2352737X-RAY DIFFRACTION100
3.252-3.4280.2951700.22598X-RAY DIFFRACTION100
3.428-3.6360.3061630.1982455X-RAY DIFFRACTION99.9237
3.636-3.8860.2831550.1872317X-RAY DIFFRACTION99.5971
3.886-4.1970.2551420.1662157X-RAY DIFFRACTION99.9565
4.197-4.5970.2251320.1511996X-RAY DIFFRACTION100
4.597-5.1390.2251220.1611826X-RAY DIFFRACTION99.8974
5.139-5.9320.2451060.1941610X-RAY DIFFRACTION100
5.932-7.2610.262920.1921381X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1051-0.01760.04390.452-0.41120.77390.0102-0.0152-0.0039-0.0491-0.0403-0.0359-0.05740.14790.03020.0382-0.0287-0.0120.04060.00890.056811.979920.664216.1828
20.0631-0.01160.01560.76660.54521.1118-0.02330.0341-0.02860.0741-0.04290.1148-0.1306-0.15960.06620.06210.0320.03530.05870.00020.0732-15.09434.679-18.2161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA10 - 479
2X-RAY DIFFRACTION2ALLB11 - 479

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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