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- PDB-7mpx: CmcC E36G mutant from Type II Cut MCP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mpx
タイトルCmcC E36G mutant from Type II Cut MCP
要素BMC domain-containing protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / microcompartment / MCP / shell protein / Cut MCP / choline utilization
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine catabolic process / bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能
CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / BMC domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ochoa, J.M. / Acosta, A.A. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of hexameric shell proteins from two types of choline-utilization bacterial microcompartments
著者: Ochoa, J.M. / Mijares, O. / Acosta, A.A. / Escoto, X. / Leon-Rivera, N. / Marshall, J.D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BMC domain-containing protein
B: BMC domain-containing protein
C: BMC domain-containing protein
D: BMC domain-containing protein
E: BMC domain-containing protein
F: BMC domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1587
ポリマ－62,0636
非ポリマー951
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, CmcB E35G elutes as a hexamer. The elution profile is consistent with a predicted molecular mass of approximately 62 KDa
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.570, 61.000, 66.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 77 or (resid 78...
21(chain B and (resid 3 through 64 or (resid 65...
31(chain C and (resid 3 through 64 or (resid 65...
41(chain D and (resid 3 through 77 or (resid 78...
51(chain E and (resid 3 through 64 or (resid 65...
61(chain F and (resid 3 through 64 or (resid 65...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUALAALA(chain A and (resid 3 through 77 or (resid 78...AA3 - 7710 - 84
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 3 through 77 or (resid 78...AA7885
13ARGARGASNASN(chain A and (resid 3 through 77 or (resid 78...AA2 - 819 - 88
14ARGARGASNASN(chain A and (resid 3 through 77 or (resid 78...AA2 - 819 - 88
15ARGARGASNASN(chain A and (resid 3 through 77 or (resid 78...AA2 - 819 - 88
16ARGARGASNASN(chain A and (resid 3 through 77 or (resid 78...AA2 - 819 - 88
17ARGARGASNASN(chain A and (resid 3 through 77 or (resid 78...AA2 - 819 - 88
18ARGARGASNASN(chain A and (resid 3 through 77 or (resid 78...AA2 - 819 - 88
21GLUGLUALAALA(chain B and (resid 3 through 64 or (resid 65...BB3 - 6410 - 71
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 3 through 64 or (resid 65...BB6572
23GLUGLUASPASP(chain B and (resid 3 through 64 or (resid 65...BB3 - 8210 - 89
24GLUGLUASPASP(chain B and (resid 3 through 64 or (resid 65...BB3 - 8210 - 89
25GLUGLUASPASP(chain B and (resid 3 through 64 or (resid 65...BB3 - 8210 - 89
26GLUGLUASPASP(chain B and (resid 3 through 64 or (resid 65...BB3 - 8210 - 89
31GLUGLUALAALA(chain C and (resid 3 through 64 or (resid 65...CC3 - 6410 - 71
32ARGARGARGARG(chain C and (resid 3 through 64 or (resid 65...CC6572
33ARGARGASPASP(chain C and (resid 3 through 64 or (resid 65...CC2 - 829 - 89
41GLUGLUALAALA(chain D and (resid 3 through 77 or (resid 78...DD3 - 7710 - 84
42ARGARGARGARG(chain D and (resid 3 through 77 or (resid 78...DD7885
43ARGARGASPASP(chain D and (resid 3 through 77 or (resid 78...DD2 - 829 - 89
44ARGARGASPASP(chain D and (resid 3 through 77 or (resid 78...DD2 - 829 - 89
45ARGARGASPASP(chain D and (resid 3 through 77 or (resid 78...DD2 - 829 - 89
46ARGARGASPASP(chain D and (resid 3 through 77 or (resid 78...DD2 - 829 - 89
47ARGARGASPASP(chain D and (resid 3 through 77 or (resid 78...DD2 - 829 - 89
48ARGARGASPASP(chain D and (resid 3 through 77 or (resid 78...DD2 - 829 - 89
49ARGARGASPASP(chain D and (resid 3 through 77 or (resid 78...DD2 - 829 - 89
51GLUGLUALAALA(chain E and (resid 3 through 64 or (resid 65...EE3 - 6410 - 71
52ARGARGARGARG(chain E and (resid 3 through 64 or (resid 65...EE6572
53GLUGLUASPASP(chain E and (resid 3 through 64 or (resid 65...EE3 - 8210 - 89
54GLUGLUASPASP(chain E and (resid 3 through 64 or (resid 65...EE3 - 8210 - 89
55GLUGLUASPASP(chain E and (resid 3 through 64 or (resid 65...EE3 - 8210 - 89
61GLUGLUALAALA(chain F and (resid 3 through 64 or (resid 65...FF3 - 6410 - 71
62ARGARGARGARG(chain F and (resid 3 through 64 or (resid 65...FF6572
63ARGARGASNASN(chain F and (resid 3 through 64 or (resid 65...FF2 - 819 - 88

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要素

#1: タンパク質
BMC domain-containing protein / Propanediol utilization protein PduA / Putative propanediol utilization protein: polyhedral bodies ...Propanediol utilization protein PduA / Putative propanediol utilization protein: polyhedral bodies pduJ or pduA


分子量: 10343.847 Da / 分子数: 6 / 変異: K25A, E35G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pduA_3, pduA / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8G9V7
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.88 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M SPG buffer pH 6.0, 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→57.73 Å / Num. obs: 26358 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.108 % / Biso Wilson estimate: 47.538 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 6.83 / Num. measured all: 134627 / Scaling rejects: 2718
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.154.9681.430.879539201519200.731.59795.3
2.15-2.215.2581.1891.1510216195919430.81.32299.2
2.21-2.274.6560.6412.136067187013030.9080.73369.7
2.27-2.345.1660.8921.589288181917980.8340.99798.8
2.34-2.425.0410.5652.278999181217850.9590.63198.5
2.42-2.54.8170.4612.728242176417110.9630.51997
2.5-2.65.3860.3423.738870166616470.9850.37998.9
2.6-2.715.4540.2944.318819162816170.9860.32699.3
2.71-2.835.3790.2345.098467158715740.9910.2699.2
2.83-2.965.3380.1836.427841148014690.9920.20399.3
2.96-3.125.1320.1666.697118140813870.9950.18598.5
3.12-3.314.8690.1188.896446135313240.9950.13297.9
3.31-3.545.3460.09311.836730126612590.9940.10499.4
3.54-3.835.1320.07713.385732116911170.9960.08695.6
3.83-4.195.0640.06515.065393109910650.9980.07396.9
4.19-4.694.7920.05417.3845679779530.9980.0697.5
4.69-5.415.0060.05417.6542608738510.9980.06197.5
5.41-6.635.0990.0617.6438097557470.9970.06798.9
6.63-9.374.7190.04321.3726575875630.9980.04895.9
9.37-57.734.8220.04223.2915673353250.9990.04797

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å42.86 Å
Translation2 Å42.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1000255588

解像度: 2.1→57.73 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 43.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2832 2584 9.98 %RANDOM
Rwork0.2372 23297 --
obs0.2419 25881 94.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.8 Å2 / Biso mean: 61.6176 Å2 / Biso min: 43.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→57.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3304 0 5 47 3356
Biso mean--97.92 58.24 -
残基数----482
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2025X-RAY DIFFRACTION5.286TORSIONAL
12B2025X-RAY DIFFRACTION5.286TORSIONAL
13C2025X-RAY DIFFRACTION5.286TORSIONAL
14D2025X-RAY DIFFRACTION5.286TORSIONAL
15E2025X-RAY DIFFRACTION5.286TORSIONAL
16F2025X-RAY DIFFRACTION5.286TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.140.55511350.5211204133991
2.14-2.180.47271490.44961338148798
2.18-2.230.45421420.40761290143296
2.23-2.280.4658820.455876084256
2.28-2.340.4021500.36941342149299
2.34-2.40.43421480.34471339148798
2.4-2.470.39231460.31751302144896
2.47-2.550.4021460.30791310145696
2.55-2.640.32811460.27321304145098
2.64-2.750.32441530.25981373152699
2.75-2.870.33191460.25571320146699
2.87-3.020.27711480.24091384153298
3.02-3.210.31331450.25931299144496
3.21-3.460.23691470.20851337148498
3.46-3.810.3021440.20921304144896
3.81-4.360.23371520.17621366151898
4.36-5.490.20881510.18381353150497
5.5-57.730.21441540.19191372152697
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.757 Å / Origin y: -16.4238 Å / Origin z: 17.318 Å
111213212223313233
T0.4935 Å20.0312 Å2-0.0021 Å2-0.4779 Å20.1098 Å2--0.4998 Å2
L0.8298 °20.0495 °20.0878 °2-0.0375 °20.0794 °2--0.5039 °2
S0.0078 Å °-0.0641 Å °-0.0882 Å °0.0084 Å °-0.0077 Å °0.0041 Å °0.1073 Å °-0.0603 Å °-0.0036 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 81
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 82
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 82
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 82
5X-RAY DIFFRACTION1allE3 - 82
6X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 81
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 51
8X-RAY DIFFRACTION1allH1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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