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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mgp | ||||||
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Title | CmcA from Type II Cut MCP | ||||||
![]() | BMC domain-containing protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / microcompartment / MCP / shell protein / choline utilization | ||||||
Function / homology | ethanolamine catabolic process / bacterial microcompartment / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / BMC domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ochoa, J.M. / Escoto, X. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural characterization of hexameric shell proteins from two types of choline-utilization bacterial microcompartments Authors: Ochoa, J.M. / Mijares, O. / Acosta, A.A. / Escoto, X. / Leon-Rivera, N. / Marshall, J.D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 31.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 408.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 408.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 5.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 6.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7mmxC ![]() 7mn4C ![]() 7mpvC ![]() 7mpwC ![]() 7mpxC ![]() 4qivS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
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1 | ![]()
| x 6||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 10310.915 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K25A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.84 Å3/Da / Density % sol: 33.3 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 2.5 M Sodium chloride, 0.1 M Imidazole/ Hydrochloric acid pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 18, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→59.63 Å / Num. obs: 9272 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.833 % / Biso Wilson estimate: 24.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 19.49 / Num. measured all: 91175 / Scaling rejects: 47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4QIV Resolution: 1.65→59.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.104
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Displacement parameters | Biso max: 58.12 Å2 / Biso mean: 30.05 Å2 / Biso min: 16.36 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→59.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 47
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 18.6661 Å / Origin y: 11.7056 Å / Origin z: 13.5125 Å
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Refinement TLS group | Selection details: { A|* } |