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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mmx | ||||||
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Title | CutN from Type I Cut MCP | ||||||
![]() | Propanediol utilization protein PduA | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / microcompartment / MCP / shell protein / Cut MCP / choline utilization | ||||||
Function / homology | bacterial microcompartment / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Propanediol utilization protein PduA![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ochoa, J.M. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural characterization of hexameric shell proteins from two types of choline-utilization bacterial microcompartments Authors: Ochoa, J.M. / Mijares, O. / Acosta, A.A. / Escoto, X. / Leon-Rivera, N. / Marshall, J.D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 152.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 479.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7mgpC ![]() 7mn4C ![]() 7mpvC ![]() 7mpwC ![]() 7mpxC ![]() 4axjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 10259.764 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: BMC domain, residues 1-92 / Mutation: K27D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: HMPREF1654_00408 / Plasmid: plasmid / Details (production host): pET-24a(+) / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.26 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 11, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→92.2 Å / Num. obs: 38026 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 6.574 % / Biso Wilson estimate: 30.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 14.97 / Num. measured all: 249994 / Scaling rejects: 189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4AXJ Resolution: 1.9→92.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.165 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.142
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Displacement parameters | Biso max: 77.9 Å2 / Biso mean: 33.41 Å2 / Biso min: 20.57 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→92.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.92 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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