PDB-7mpw: CmcB from Type II Cut MCP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mpw

タイトル

CmcB from Type II Cut MCP

要素

BMC domain-containing protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / microcompartment / MCP / shell protein / Cut MCP / choline utilization

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine catabolic process / bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 3.001 Å

データ登録者

Ochoa, J.M. / Marshall, J.D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of hexameric shell proteins from two types of choline-utilization bacterial microcompartments
著者: Ochoa, J.M. / Mijares, O. / Acosta, A.A. / Escoto, X. / Leon-Rivera, N. / Marshall, J.D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2021年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mpw.cif.gz	181.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mpw.ent.gz	144.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mpw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mpw_validation.pdf.gz	461 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mpw_full_validation.pdf.gz	462.4 KB	表示
XML形式データ	7mpw_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	7mpw_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mgpC 7mmxC 7mn4C 7mpvC 7mpxC 4qivS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4axj-1 7mmx-2 7mpv-2 4rbv-2 5l38-2 4qie-2 7mpv-1 7mpx-d 4p7t-d 4qig-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (7) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: BMC domain-containing protein

B: BMC domain-containing protein

C: BMC domain-containing protein

D: BMC domain-containing protein

E: BMC domain-containing protein

F: BMC domain-containing protein

63.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, CmcB elutes as a hexamer. The elution profile is consistent with a predicted molecular mass of approximately 62 KDa

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.230, 52.400, 61.160
Angle α, β, γ (deg.)	107.420, 96.580, 101.960
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	BMC domain-containing protein / Propanediol utilization protein PduA / Propanediol utilization protein pduA/pduJ / Putative ...Propanediol utilization protein PduA / Propanediol utilization protein pduA/pduJ / Putative Propanediol utilization protein pduA/pduJ 分子量: 10610.086 Da / 分子数: 6 / 変異: K25D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pduA_2 / プラスミド: pET-24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8G9V6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

BMC domain-containing protein / Propanediol utilization protein PduA / Propanediol utilization protein pduA/pduJ / Putative ...

分子量: 10610.086 Da / 分子数: 6 / 変異: K25D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pduA_2 / プラスミド: pET-24a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8G9V6

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 1.0 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→57.3 Å / Num. obs: 8055 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.86 % / B_iso Wilson estimate: 69.01 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 0.882 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 31090 / Scaling rejects: 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3-3.08	3.683	0.602	2.32	2162	649	587	0.849	0.702	90.4
3.08-3.16	3.894	0.532	2.83	2196	579	564	0.874	0.617	97.4
3.16-3.25	3.917	0.395	3.74	2252	596	575	0.925	0.457	96.5
3.25-3.35	3.892	0.314	4.59	2117	562	544	0.958	0.364	96.8
3.35-3.46	3.902	0.238	6.01	1986	527	509	0.97	0.276	96.6
3.46-3.59	3.89	0.17	8.04	2116	552	544	0.984	0.197	98.6
3.59-3.72	3.893	0.145	9.15	1892	504	486	0.99	0.168	96.4
3.72-3.87	3.899	0.149	9.05	1809	475	464	0.989	0.173	97.7
3.87-4.05	3.893	0.118	11.33	1857	490	477	0.99	0.137	97.3
4.05-4.24	3.878	0.072	15.25	1625	424	419	0.998	0.084	98.8
4.24-4.47	3.878	0.062	19.26	1656	440	427	0.997	0.071	97
4.47-4.74	3.866	0.058	20.82	1531	407	396	0.997	0.068	97.3
4.74-5.07	3.892	0.063	19.49	1409	365	362	0.996	0.073	99.2
5.07-5.48	3.81	0.062	18.95	1303	348	342	0.996	0.072	98.3
5.48-6	3.862	0.094	13.48	1286	337	333	0.993	0.109	98.8
6-6.71	3.866	0.066	18.18	1125	296	291	0.996	0.077	98.3
6.71-7.75	3.831	0.045	24.38	996	263	260	0.998	0.052	98.9
7.75-9.49	3.728	0.027	35.95	809	220	217	0.999	0.032	98.6
9.49-13.42	3.822	0.029	37.59	646	171	169	1	0.034	98.8
13.42-57.3	3.562	0.027	37.03	317	91	89	0.999	0.032	97.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2 Å	42.86 Å
Translation	2 Å	42.86 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER		精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: 4QIV

4qiv

解像度: 3.001→57.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.476

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2567	806	10.01 %	RANDOM
R_work	0.2213	-	-	-
obs	0.2248	8055	97.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.03 Å² / B_iso mean: 70.1 Å² / B_iso min: 23.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.2045 Å²	-14.1954 Å²	6.2587 Å²
2-	-	-1.3455 Å²	-2.3848 Å²
3-	-	-	14.55 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.001→57.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3320	0	0	7	3327
B_iso mean	-	-	-	34.93	-
残基数	-	-	-	-	485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1113	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	589	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3331	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	484	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance	12	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	2575	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3331	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	4534	HARMONIC	2	0.99
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.87
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				16.21

LS精密化シェル

解像度: 3.001→3.03 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2535	21	10.4 %
R_work	0.3246	181	-
obs	-	-	84.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7622	-2.662	1.5694	5.265	-2.3078	10.5411	0.0747	0.2237	-0.0556	-0.3174	-0.1486	-0.2396	0.0841	0.268	0.0739	-0.0728	0.0858	-0.0728	-0.0424	-0.1255	-0.1958	4.7642	-24.7269	7.6328
2	3.2455	-3.9046	1.0767	5.9299	-0.4757	9.7595	0.024	-0.0964	-0.2634	-0.1963	-0.0771	-0.1191	-0.4435	-0.4562	0.0531	-0.0525	0.1125	-0.0613	-0.053	-0.1196	-0.1641	-8.2983	-11.189	17.9082
3	1.6064	-1.9737	1.6061	5.4533	-0.7209	7.6389	-0.1733	-0.2039	-0.1837	0.2552	0.086	0.1583	-0.7101	-0.8654	0.0873	0.0106	0.1986	0.0533	0.0549	-0.1046	-0.2069	-6.9569	-9.5899	39.219
4	8.4487	-4.4494	1.5553	5.3832	0.6494	6.4581	-0.4932	-0.5025	0.2822	0.3539	0.5938	-0.032	-0.0069	-0.2341	-0.1006	-0.0085	0.1274	0.0253	-0.0468	-0.0178	-0.2823	8.9455	-21.4555	50.6318
5	3.1197	-4.6113	-0.0388	5.0294	1.9065	10.8395	-0.1085	-0.2722	0.3617	0.2311	0.1493	0.2443	0.7145	0.9298	-0.0408	-0.0401	0.1081	-0.0055	-0.0123	0.0243	-0.2176	19.446	-37.6922	40.8733
6	4.1817	-2.2937	0.1093	2.1026	-0.4151	8.8577	-0.0009	0.1199	-0.2296	0.115	0.0176	0.1807	0.7073	0.5594	-0.0167	0.0106	0.1028	0.0224	-0.0536	-0.1252	-0.1611	17.3223	-39.8452	18.7708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	3 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	3 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	3 - 81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	3 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	3 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	4 - 84

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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