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- PDB-7mpa: Structure and topology of DWORF in bicelles by oriented solid-sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mpa
タイトルStructure and topology of DWORF in bicelles by oriented solid-state NMR
要素Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase regulator DWORF
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Regulin / miniprotein / sarcoplasmic reticulum / oriented solid state NMR spectroscopy / chemical shift anisotropy / dipolar coupling / separated local field
機能・相同性Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase regulator DWORF / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase regulator DWORF / regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / sarcoplasmic reticulum membrane / enzyme activator activity / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase regulator DWORF
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Reddy, U.V. / Weber, D.K. / Veglia, G.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL143816 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM64742 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: A kink in DWORF helical structure controls the activation of the sarcoplasmic reticulum Ca 2+ -ATPase.
著者: Reddy, U.V. / Weber, D.K. / Wang, S. / Larsen, E.K. / Gopinath, T. / De Simone, A. / Robia, S. / Veglia, G.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase regulator DWORF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9091
ポリマ－3,9091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 5000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase regulator DWORF / SERCA regulator DWORF / Dwarf open reading frame / DWORF / Small transmembrane regulator of ion transport 1


分子量: 3908.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STRIT1, DWORF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DN84

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験Sample state: anisotropic / タイプ: 2D 1H-15N SE-SAMPI4

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試料調製

詳細タイプ: bicelle
内容: 2.5 mM [U-15N] Dwarf Open Reading Frame (DWORF), 20 mM HEPES, 20 mM potassium chloride, 5 mM magnesium chloride, 5 mM ethylene glycol-bis(b-aminoethyl ether)-N,N,N',N'-tetraacetic acid (EGTA) ...内容: 2.5 mM [U-15N] Dwarf Open Reading Frame (DWORF), 20 mM HEPES, 20 mM potassium chloride, 5 mM magnesium chloride, 5 mM ethylene glycol-bis(b-aminoethyl ether)-N,N,N',N'-tetraacetic acid (EGTA), 0.02 % sodium azide, 2.5 % glycerol, 5 mM DTT, 267 mM 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DMPC), 67 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-glycero-3-phosphocholine (POPC), 74 mM 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DHPC), 6 mM 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-diethylenetriaminepentaacetic acid (14:0 PE-DTPA), 5 mM ytterbium chloride, 100% H20
Label: DWORF in bicelles / 溶媒系: 100% H20
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.5 mMDwarf Open Reading Frame (DWORF)[U-15N]1
20 mMHEPESnatural abundance1
20 mMpotassium chloridenatural abundance1
5 mMmagnesium chloridenatural abundance1
5 mMethylene glycol-bis(b-aminoethyl ether)-N,N,N',N'-tetraacetic acid (EGTA)natural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
2.5 %glycerolnatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
267 mM1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DMPC)natural abundance1
67 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-glycero-3-phosphocholine (POPC)natural abundance1
74 mM1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DHPC)natural abundance1
6 mM1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-diethylenetriaminepentaacetic acid (14:0 PE-DTPA)natural abundance1
5 mMytterbium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 30 mM / Label: DWORF in bicelles / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli and Markleypeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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