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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7moh
タイトルCrystal Structure of Arabidopsis thaliana Plant and Fungi Atypical Dual Specificity Phosphatase 1(AtPFA-DSP1 ) Cys150Ser in complex with 5-diphosphoinositol 1,3,4,6-tetrakisphosphate (5PP-InsP4) and phosphate in conformation B (Pi(B))
要素Tyrosine-protein phosphatase DSP1
キーワードHYDROLASE / inositol / inositol pyrophosphate / TRANSFERASE / cell-signaling / phosphatase / substrate recognition / reaction mechanism / intermediate / phosphate / metaphosphate / molecular dynamic simulation / self-activation / catalytic water
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like, plant and fungi / Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like / Tyrosine phosphatase family / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Protein-tyrosine phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-U6J / Inositol diphosphatase DSP1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, H. / Shears, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIAES080046-29 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A structural expose of noncanonical molecular reactivity within the protein tyrosine phosphatase WPD loop.
著者: Wang, H. / Perera, L. / Jork, N. / Zong, G. / Riley, A.M. / Potter, B.V.L. / Jessen, H.J. / Shears, S.B.
履歴
登録2021年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase DSP1
B: Tyrosine-protein phosphatase DSP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7015
ポリマ－39,2862
非ポリマー1,4153
水4,720262
1
A: Tyrosine-protein phosphatase DSP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3032
ポリマ－19,6431
非ポリマー6601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein phosphatase DSP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3983
ポリマ－19,6431
非ポリマー7552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.129, 124.129, 124.129
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-672-

HOH

21A-717-

HOH

31B-739-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase DSP1 / Protein PLANT AND FUNGI ATYPICAL DUAL-SPECIFICITY PHOSPHATASE 1 / AtPFA-DSP1 / Tyrosine-protein ...Protein PLANT AND FUNGI ATYPICAL DUAL-SPECIFICITY PHOSPHATASE 1 / AtPFA-DSP1 / Tyrosine-protein phosphatase At1g05000


分子量: 19642.770 Da / 分子数: 2 / 変異: C150S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DSP1, PTP135, At1g05000, T7A14.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZVN4, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-U6J / (1r,2R,3S,4r,5R,6S)-4-hydroxy-2,3,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate / D-myo-イノシト-ル1,3,4,6-テトラりん酸5-二りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.4 M NaCl, 100 mM HEPES pH 7.2, 50 mM beta-mercaptoethanol at 298K (3 ul of 5.5 mg/ml protein plus 1 ul of well buffer in the crystallization drop). The formed crystal was soaked in 30% ...詳細: 0.4 M NaCl, 100 mM HEPES pH 7.2, 50 mM beta-mercaptoethanol at 298K (3 ul of 5.5 mg/ml protein plus 1 ul of well buffer in the crystallization drop). The formed crystal was soaked in 30% PEG400, 13mM MgCl2, 33mM NaF, 50 mM beta-mercaptoethanol, 66 mM HEPES, pH 7.2, and 5 mM 5PP-InsP4 for 4 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 50058 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 40.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2453 / Rrim(I) all: 0.858 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→37.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.325 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1481 2524 5.1 %RANDOM
Rwork0.1169 ---
obs0.1185 47394 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.09 Å2 / Biso mean: 27.99 Å2 / Biso min: 9.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→37.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2497 0 77 262 2836
Biso mean--54.44 50.56 -
残基数----308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132699
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7161.6823669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3921.5895750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9735320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.97120.884147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.34215468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9471522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02608
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.54635169
LS精密化 シェル解像度: 1.904→1.953 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 185 -
Rwork0.17 3417 -
all-3602 -
obs--97.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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