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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mo6 | ||||||
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タイトル | Guanosine Monophosphate Synthase from Aspergillus fumigatus Af293 | ||||||
![]() | GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() GMP synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nguyen, S. / Bruning, J.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the antifungal drug target guanosine monophosphate synthase from Aspergillus fumigatus. 著者: Nguyen, S. / Jovcevski, B. / Pukala, T.L. / Bruning, J.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 409.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 334.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ywcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59607.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 % |
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結晶化![]() | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21% PEG 3350, 0.05 M Bis-Tris pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→44.94 Å / Num. obs: 47553 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 311610 / Scaling rejects: 354 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2YWC 解像度: 2.3→39.94 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.94 Å2 / Biso mean: 59.3144 Å2 / Biso min: 29.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→39.94 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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