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- PDB-7mo6: Guanosine Monophosphate Synthase from Aspergillus fumigatus Af293 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mo6
タイトルGuanosine Monophosphate Synthase from Aspergillus fumigatus Af293
要素GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]
キーワードLIGASE / Guanosine monophosphate synthase / purine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


GMP synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / GMP synthase (glutamine-hydrolysing) / pyrophosphatase activity / glutamine metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
GMP synthase / GMP synthase, C-terminal / GMP synthetase ATP pyrophosphatase domain / GMP synthase C terminal domain / GMP synthetase ATP pyrophosphatase (GMPS ATP-PPase) domain profile. / GMP synthase, glutamine amidotransferase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I ...GMP synthase / GMP synthase, C-terminal / GMP synthetase ATP pyrophosphatase domain / GMP synthase C terminal domain / GMP synthetase ATP pyrophosphatase (GMPS ATP-PPase) domain profile. / GMP synthase, glutamine amidotransferase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nguyen, S. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the antifungal drug target guanosine monophosphate synthase from Aspergillus fumigatus.
著者: Nguyen, S. / Jovcevski, B. / Pukala, T.L. / Bruning, J.B.
履歴
登録2021年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]
B: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2142
ポリマ－119,2142
非ポリマー00
水6,575365
1
A: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]

B: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2142
ポリマ－119,2142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area3380 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area41980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.297, 159.761, 76.173
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] / GMP synthetase / Glutamine amidotransferase


分子量: 59607.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A229XUE6, GMP synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21% PEG 3350, 0.05 M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.94 Å / Num. obs: 47553 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 311610 / Scaling rejects: 354
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.385.92.4532757846840.3531.092.6920.9100
8.91-44.946.60.06756368540.9930.0290.0732399.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.16 Å44.94 Å
Translation5.16 Å44.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
Aimless0.6.3データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDS20190315データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YWC

2ywc


解像度: 2.3→39.94 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2773 1998 4.24 %
Rwork0.2303 45119 -
obs0.2323 47117 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.94 Å2 / Biso mean: 59.3144 Å2 / Biso min: 29.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→39.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7844 0 0 365 8209
Biso mean---55.37 -
残基数----1053
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.35750.47671380.3934310895
2.3575-2.42130.45511370.3651314398
2.4213-2.49250.41981460.3439324199
2.4925-2.57290.32591430.30513198100
2.5729-2.66490.33221460.29093272100
2.6649-2.77160.34431450.27533271100
2.7716-2.89770.32411370.26353232100
2.8977-3.05040.27571460.26923259100
3.0504-3.24140.35681410.24853196100
3.2414-3.49150.28791470.2394326399
3.4915-3.84270.29911370.216324299
3.8427-4.39810.24361450.1945321098
4.3981-5.53880.19191430.1848320198
5.5388-39.940.22021470.1802328399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1688-0.0869-0.05182.7264-0.62881.3485-0.20160.1685-0.027-0.41720.2310.00430.0003-0.0788-0.05430.7091-0.1175-0.08330.46820.02590.36087.8711.1021-15.8437
20.6320.05190.71620.4966-0.0580.88710.06530.06110.0143-0.0112-0.047-0.1020.23650.08320.00570.49980.0148-0.05990.39810.0340.450326.5383-3.56579.6271
34.34610.9975-0.06453.5591-0.47191.77210.08790.0553-0.14210.29860.0091-0.00920.3954-0.2483-0.08250.7337-0.1213-0.06230.45140.03140.299722.032718.56324.4497
41.6082-1.03050.06452.36860.47961.74760.0766-0.0234-0.01860.0867-0.030.07960.10130.0663-0.04460.4798-0.0289-0.03960.3230.01450.31116.3999-38.399214.3948
50.37950.0184-0.50290.2949-0.62851.1078-0.0371-0.03590.09720.11830.15860.0593-0.4782-0.1491-0.12790.74910.0719-0.01780.4498-0.02710.4911-4.1421-23.674739.7823
62.74330.13530.62373.2876-1.32580.9354-0.06770.0890.07150.1189-0.0315-0.2495-0.12860.2550.10860.64090.041-0.01090.46-0.03470.30012.1993-46.605554.3534
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 192 )A5 - 192
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 193 through 432 )A193 - 432
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 433 through 540 )A433 - 540
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 201 )B3 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 202 through 432 )B202 - 432
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 433 through 540 )B433 - 540

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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