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- PDB-7mn4: CmcB E35G mutant from Type II Cut MCP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mn4
タイトルCmcB E35G mutant from Type II Cut MCP
要素BMC domain-containing protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / microcompartment / MCP / shell protein / Cut MCP / choline utilization
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine catabolic process / bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能
CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC
類似検索 - ドメイン・相同性
BMC domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ochoa, J.M. / Mijares, O. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of hexameric shell proteins from two types of choline-utilization bacterial microcompartments
著者: Ochoa, J.M. / Mijares, O. / Acosta, A.A. / Escoto, X. / Leon-Rivera, N. / Marshall, J.D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
履歴
登録2021年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BMC domain-containing protein
B: BMC domain-containing protein
C: BMC domain-containing protein
D: BMC domain-containing protein
E: BMC domain-containing protein
F: BMC domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9646
ポリマ－62,9646
非ポリマー00
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, CmcB E35G elutes as a hexamer. The elution profile is consistent with a predicted molecular mass of approximately 62 KDa
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10930 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.390, 62.720, 67.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...
21(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...
31(chain C and (resid 3 through 42 or resid 44...
41(chain D and ((resid 3 through 4 and (name N...
51(chain E and ((resid 3 through 4 and (name N...
61(chain F and ((resid 3 through 4 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPALAALA(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...AA3 - 410 - 11
12ASPASPILEILE(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...AA3 - 9210 - 99
13ASPASPILEILE(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...AA3 - 9210 - 99
14ASPASPILEILE(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...AA3 - 9210 - 99
15ASPASPILEILE(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...AA3 - 9210 - 99
21ASPASPALAALA(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...BB3 - 410 - 11
22ASPASPILEILE(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...BB3 - 9210 - 99
23ASPASPILEILE(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...BB3 - 9210 - 99
24ASPASPILEILE(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...BB3 - 9210 - 99
25ASPASPILEILE(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...BB3 - 9210 - 99
31ASPASPVALVAL(chain C and (resid 3 through 42 or resid 44...CC3 - 4210 - 49
32ALAALAPROPRO(chain C and (resid 3 through 42 or resid 44...CC44 - 7951 - 86
33ASPASPILEILE(chain C and (resid 3 through 42 or resid 44...CC82 - 8389 - 90
34LYSLYSILEILE(chain C and (resid 3 through 42 or resid 44...CC85 - 9292 - 99
41ASPASPALAALA(chain D and ((resid 3 through 4 and (name N...DD3 - 410 - 11
42ASPASPTHRTHR(chain D and ((resid 3 through 4 and (name N...DD3 - 9310 - 100
43ASPASPTHRTHR(chain D and ((resid 3 through 4 and (name N...DD3 - 9310 - 100
44ASPASPTHRTHR(chain D and ((resid 3 through 4 and (name N...DD3 - 9310 - 100
45ASPASPTHRTHR(chain D and ((resid 3 through 4 and (name N...DD3 - 9310 - 100
51ASPASPALAALA(chain E and ((resid 3 through 4 and (name N...EE3 - 410 - 11
52ASPASPILEILE(chain E and ((resid 3 through 4 and (name N...EE3 - 9210 - 99
53ASPASPILEILE(chain E and ((resid 3 through 4 and (name N...EE3 - 9210 - 99
54ASPASPILEILE(chain E and ((resid 3 through 4 and (name N...EE3 - 9210 - 99
55ASPASPILEILE(chain E and ((resid 3 through 4 and (name N...EE3 - 9210 - 99
61ASPASPALAALA(chain F and ((resid 3 through 4 and (name N...FF3 - 410 - 11
62ASPASPILEILE(chain F and ((resid 3 through 4 and (name N...FF3 - 9210 - 99
63ASPASPILEILE(chain F and ((resid 3 through 4 and (name N...FF3 - 9210 - 99
64ASPASPILEILE(chain F and ((resid 3 through 4 and (name N...FF3 - 9210 - 99
65ASPASPILEILE(chain F and ((resid 3 through 4 and (name N...FF3 - 9210 - 99

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要素

#1: タンパク質
BMC domain-containing protein / Propanediol utilization protein PduA / Propanediol utilization protein pduA/pduJ / Putative ...Propanediol utilization protein PduA / Propanediol utilization protein pduA/pduJ / Putative Propanediol utilization protein pduA/pduJ


分子量: 10494.015 Da / 分子数: 6 / 変異: K25A, E35G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pduA_2 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8G9V6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.24 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium choloride, 0.1 M Sodium HEPES pH 7.5, 30% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→58.39 Å / Num. obs: 44058 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.29 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 9.05 / Num. measured all: 233088 / Scaling rejects: 79
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.845.0630.5392.0715563340330740.950.59790.3
1.84-1.895.3880.4642.6116719321531030.9610.51296.5
1.89-1.955.380.4022.9916797323231220.9750.44496.6
1.95-2.015.3020.3123.6315948311430080.9830.34496.6
2.01-2.075.0160.2434.5414199293928310.9830.2796.3
2.07-2.155.5140.2185.315754294028570.9890.2497.2
2.15-2.235.4860.1856.3914862278327090.9910.20397.3
2.23-2.325.4050.1816.7114238271026340.9890.19997.2
2.32-2.425.2740.1527.413397260825400.9940.16897.4
2.42-2.545.050.116911803243523370.9940.12996
2.54-2.685.5140.10810.512699234923030.9950.11998
2.68-2.845.4240.111.3411883223821910.9960.1197.9
2.84-3.045.3310.08713.3111089211820800.9950.09698.2
3.04-3.285.0180.07715.239238195118410.9950.08694.4
3.28-3.595.420.06118.659588179617690.9980.06798.5
3.59-4.025.3410.05620.618802168416480.9980.06297.9
4.02-4.645.0520.04622.557027143213910.9980.05297.1
4.64-5.685.1530.04521.636075124111790.9980.0595
5.68-8.035.1880.04821.3647949509240.9980.05497.3
8.03-58.395.0540.03925.3226135655170.9990.04491.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å42.86 Å
Translation2 Å42.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1000255588

解像度: 1.8→58.39 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 4380 10 %
Rwork0.2002 39441 -
obs0.2041 43821 96.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.99 Å2 / Biso mean: 31.7658 Å2 / Biso min: 19.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→58.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3808 0 0 188 3996
Biso mean---37.95 -
残基数----541
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2197X-RAY DIFFRACTION6.83TORSIONAL
12B2197X-RAY DIFFRACTION6.83TORSIONAL
13C2197X-RAY DIFFRACTION6.83TORSIONAL
14D2197X-RAY DIFFRACTION6.83TORSIONAL
15E2197X-RAY DIFFRACTION6.83TORSIONAL
16F2197X-RAY DIFFRACTION6.83TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.820.40221280.36821147127583
1.82-1.840.32271400.32731280142096
1.84-1.860.34151440.30081284142896
1.86-1.880.32811470.29061340148796
1.88-1.910.33361440.261283142796
1.91-1.930.29861420.25971289143196
1.93-1.960.31171470.26411331147896
1.96-1.990.32981410.23871287142896
1.99-2.020.25241430.23411283142696
2.02-2.060.27641500.22841345149595
2.06-2.090.26691460.22151304145096
2.09-2.130.28321450.20641296144197
2.13-2.170.26931480.21031329147796
2.17-2.210.25061440.20571285142998
2.22-2.260.23141500.19231347149797
2.26-2.320.23931490.20061351150097
2.32-2.370.30071450.21331315146098
2.37-2.440.24651450.19761324146997
2.44-2.510.2441450.18661295144094
2.51-2.590.25461500.19811343149398
2.59-2.680.21411470.19381315146299
2.68-2.790.24771510.19511368151998
2.79-2.920.23031480.22151330147898
2.92-3.070.26631520.19531368152098
3.07-3.260.24551400.21921253139394
3.26-3.520.20011500.19341362151299
3.52-3.870.22351500.18291351150199
3.87-4.430.18011520.16051362151498
4.43-5.580.21721450.15461324146995
5.58-58.390.21941520.1931350150295
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.7666 Å / Origin y: -14.8311 Å / Origin z: 21.6779 Å
111213212223313233
T0.2503 Å2-0.0515 Å20.0162 Å2-0.218 Å2-0.0629 Å2--0.2518 Å2
L0.7634 °2-0.0468 °20.1141 °2-0.0245 °2-0.0446 °2--0.539 °2
S0.0185 Å °0.0301 Å °-0.0132 Å °-0.0016 Å °-0.0102 Å °0.0003 Å °0.0061 Å °0.0344 Å °-0.0103 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 92
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 92
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 92
4X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 93
5X-RAY DIFFRACTION1allE3 - 92
6X-RAY DIFFRACTION1allF3 - 92
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 198

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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