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- PDB-7mms: Crystal Structure of the Class Ie Ribonucleotide Reductase Beta-N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mms
タイトルCrystal Structure of the Class Ie Ribonucleotide Reductase Beta-NrdI complex from Aerococcus urinae in Semiquinone Form with Cu(I) bound
要素
  • Protein NrdI
  • Ribonucleoside-diphosphate reductase
キーワードOxidoreductase/FMN Binding protein / ribonucleotide reductase / beta subunit / RNR / R2 / class Ie / metal-free / NrdI / Beta-NrdI complex / NrdF-NrdI complex / reduced / semiquinone / Oxidoreductase-FMN Binding protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein modification process / FMN binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like ...Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Flavoprotein-like superfamily / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Chem-FNR / Protein NrdI / ribonucleoside-diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Aerococcus urinae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Palowitch, G.M. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Ribonucleotide Reductase
著者: Palowitch, G.M. / Boal, A.K.
履歴
登録2021年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase
E: Protein NrdI
G: Protein NrdI
F: Protein NrdI
H: Protein NrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,26628
ポリマ－223,2308
非ポリマー3,03720
水10,881604
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase
E: Protein NrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6468
ポリマ－55,8072
非ポリマー8386
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase
F: Protein NrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7389
ポリマ－55,8072
非ポリマー9307
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
3
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase
G: Protein NrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5257
ポリマ－55,8072
非ポリマー7185
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
4
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase
H: Protein NrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3584
ポリマ－55,8072
非ポリマー5502
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.354, 104.787, 137.412
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEGFH

#1: タンパク質
Ribonucleoside-diphosphate reductase


分子量: 39320.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aerococcus urinae (strain ACS-120-V-Col10a) (バクテリア)
株: ACS-120-V-Col10a / 遺伝子: HMPREF9243_0731 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: F2I8X9, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質
Protein NrdI


分子量: 16486.471 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aerococcus urinae (バクテリア) / 遺伝子: nrdI, CYJ29_07405, DBT54_07500 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178HGH7

-
非ポリマー , 5種, 624分子

#3: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 % / Mosaicity: 0.547 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 17% (w/v) PEG 3350, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 166049 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.932 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 1109241
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.91-1.945.91.20282100.6420.5261.3140.88298.3
1.94-1.986.51.04681690.7530.4311.1330.87798.4
1.98-2.026.70.8882480.8070.3610.9520.89599.4
2.02-2.066.70.72782350.8620.2990.7870.89798.8
2.06-2.16.50.61382250.8650.2590.6670.92998.9
2.1-2.156.70.49682100.9220.2060.5380.95799
2.15-2.26.80.41982770.9390.1710.4530.9599.1
2.2-2.266.50.34382960.9550.1440.3720.96699.5
2.26-2.3370.27782790.9730.1110.2980.97299.4
2.33-2.416.90.24782660.9750.10.2670.98399.4
2.41-2.496.70.19483050.980.080.210.97799.4
2.49-2.596.50.16182800.9840.0680.1740.98199.6
2.59-2.716.80.13482880.990.0550.1450.9799.7
2.71-2.856.70.10883500.9920.0440.1170.96699.7
2.85-3.0370.08783500.9940.0350.0940.95699.8
3.03-3.276.70.07283270.9950.030.0780.97599.8
3.27-3.596.90.0683680.9960.0240.0641.008100
3.59-4.1170.05283930.9970.0210.0560.959100
4.11-5.186.70.04684360.9970.0190.050.848100
5.18-506.70.04185370.9980.0170.0440.684100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EBO

6ebo


解像度: 1.91→49.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.635 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.14
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 8195 5.1 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.2026 153398 96.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.38 Å2 / Biso mean: 23.024 Å2 / Biso min: 5.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20.13 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→49.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14368 0 185 604 15157
Biso mean--23.88 22.93 -
残基数----1773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01314969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1371.6420335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1371.57531441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.57551778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.96623.633823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.884152490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4481568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.21915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023164
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.956 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 421 -
Rwork0.285 7891 -
obs--67.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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