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- PDB-7mmg: Crystal structure of HCV NS3/4A D168A protease in complex with NR02-58 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mmg
タイトルCrystal structure of HCV NS3/4A D168A protease in complex with NR02-58
要素NS3/4A protease
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / NS3/4a Protease / Hepatitis C virus / Drug Resistance / Protease inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / Chem-ZK7 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepacivirus C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zephyr, J. / Schiffer, C.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI085051 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F31 GM131635 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Deciphering the Molecular Mechanism of HCV Protease Inhibitor Fluorination as a General Approach to Avoid Drug Resistance.
著者: Zephyr, J. / Nageswara Rao, D. / Vo, S.V. / Henes, M. / Kosovrasti, K. / Matthew, A.N. / Hedger, A.K. / Timm, J. / Chan, E.T. / Ali, A. / Kurt Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2021年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3/4A protease
B: NS3/4A protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3847
ポリマ－42,4362
非ポリマー1,9485
水1,964109
1
A: NS3/4A protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2804
ポリマ－21,2181
非ポリマー1,0613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NS3/4A protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1043
ポリマ－21,2181
非ポリマー8862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.854, 50.987, 77.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.836, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 NS3/4A protease


分子量: 21218.074 Da / 分子数: 2 / 変異: D168A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8DG50, hepacivirin
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 化合物 ChemComp-ZK7 / 1-(trifluoromethyl)cyclobutyl {(2R,4S,6S,12Z,13aS,14aR,16aS)-2-[(7-methoxy-3-methylquinoxalin-2-yl)oxy]-14a-[(1-methylcyclopropane-1-sulfonyl)carbamoyl]-5,16-dioxo-1,2,3,5,6,7,8,9,10,11,13a,14,14a,15,16,16a-hexadecahydrocyclopropa[e]pyrrolo[1,2-a][1,4]diazacyclopentadecin-6-yl}carbamate


分子量: 820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H47F3N6O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 4% w/v ammonium sulfate, 20-26% PEG3350, cryoprotectant = same + 15% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→42.51 Å / Num. obs: 22738 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 14.59 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 2275 / CC1/2: 0.936

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHASER位相決定
HKL-3000703xデータスケーリング
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5VOJ

5voj


解像度: 1.95→42.51 Å / SU ML: 0.2115 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.9377
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 1141 5.02 %
Rwork0.199 21594 -
obs0.2015 22735 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2589 0 121 109 2819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01252796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39523856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0689465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0109490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3502436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.040.27411450.19472689X-RAY DIFFRACTION99.89
2.04-2.150.25231450.19352682X-RAY DIFFRACTION99.86
2.15-2.280.2281310.19182663X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.460.26611460.19472692X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.70.26821450.20932693X-RAY DIFFRACTION100
2.7-3.10.25071370.20532702X-RAY DIFFRACTION99.96
3.1-3.90.22921470.19452694X-RAY DIFFRACTION100
3.9-42.510.24691450.20192779X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.98492294309 Å / Origin y: 7.5828190431 Å / Origin z: 13.0787572388 Å
111213212223313233
T0.0682247692786 Å20.0137948078515 Å20.00109869036258 Å2-0.0770182505957 Å2-0.00200755759846 Å2--0.27524887605 Å2
L0.107348151864 °20.0126577992723 °20.282890305722 °2-0.0408364792825 °2-0.0613597968771 °2--2.27874693019 °2
S0.0147264877621 Å °0.0223525403669 Å °0.0102023732259 Å °-0.000973327095304 Å °-0.013178952102 Å °-0.0102042480298 Å °0.0392934353815 Å °0.0727557669193 Å °-0.000800902420886 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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