PDB-7mll: Solution structure of Exenatide (exendin-4) in 30-vol% trifluoroe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mll

タイトル

Solution structure of Exenatide (exendin-4) in 30-vol% trifluoroethanol using CS-Rosetta

要素

Exendin-4

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / anti-diabetic drug /

signaling receptor binding (受容体)

機能・相同性

Glucagon/GIP/secretin/VIP /

ペプチドホルモン / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones /

hormone activity /

血圧 /

toxin activity / extracellular region / Exendin-4

機能・相同性情報

生物種

Heloderma suspectum (アメリカドクトカゲ)

手法

溶液NMR /

molecular dynamics

データ登録者

Mishra, S.H. / Bhavaraju, S.

引用

ジャーナル: J Pharm Biomed Anal / 年: 2021
タイトル: Facilitated structure verification of the biopharmaceutical peptide exenatide by 2D heteronuclear NMR maps.
著者: Mishra, S.H. / Bhavaraju, S. / Schmidt, D.R. / Carrick, K.L.

履歴

登録	2021年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mll.cif.gz	62.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mll.ent.gz	51 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/7mll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/7mll	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2l9a-d 4rj1-d 2glh-d 6j0h-d 5c02-d 1y4e-d 1alz-d 5kgy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 50886

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (5) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Exendin-4

4.19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	5 / 3000	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	medoid

#1: タンパク質・ペプチド	Exendin-4 分子量: 4189.596 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residue 48-86 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Heloderma suspectum (アメリカドクトカゲ) 参照: UniProt: P26349
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC TOCSY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC TOCSY
1	5	1	isotropic	1	2D 1H-13C HMBC (carbonyl selective)
1	6	1	isotropic	1	1D 13C APT

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 13 mM 'NA-' Exenatide (exendin-4), 20 mM 'NA-' sodium phosphate, 30 % v/v [U-99% 2H] TFE, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O, 0.01 mg/mL 'NA-' DSS, 60 % H2O/30%Trifluoroethanol/10 % D2O
Label: Exenatide_30mg / 溶媒系: 60 % H2O/30%Trifluoroethanol/10 % D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
13 mM	Exenatide (exendin-4)	'NA-'	1
20 mM	sodium phosphate	'NA-'	1
30 % v/v	TFE	[U-99% 2H]	1
10 % v/v	D2O	[U-99% 2H]	1
0.01 mg/mL	DSS	'NA-'	1

試料状態

イオン強度: 20 mM / Label: Exenatide_30mg / pH: 5.35 / 圧: 1 atm / 温度: 315 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRFAM-SPARKY	Lee W, Tonelli M, Markley JL	chemical shift assignment
CS-ROSETTA	Shen, Vernon, Baker and Bax Determination of solution structures of proteins up to 40 kDa using CS-Rosetta with sparse NMR data from deuterated samples" Oliver F. Lange; Paolo Rossi; Nikolaos G. Sgourakis; Yifan Song; Hsiau-Wei Lee; James M. Aramini; Asli Ertekin; Rong Xiao; Thomas B. Acton; Gaetano T. Montelione; David Baker; Proceedings of the National Academy of Sciences 109(27) 10873-10878 (2012) doi: 10.1073/pnas.1203013109 "De novo structure generation using chemical shifts for proteins with high-sequence identity but different folds," Yang Shen; Philip N. Bryan; Yanan He; John Orban; David Baker; Ad Bax; Protein Science 19, 349-356 (2010) doi: 10.1002/pro.303 "De novo protein structure generation from incomplete chemical shift assignments," Yang Shen; Robert Vernon; David Baker; Ad Bax; J. Biomol. NMR 43, 63-78 (2009) doi: 10.1007/s10858-008-9288-5 "Consistent blind protein structure generation from NMR chemical shift data," Yang Shen; Oliver Lange; Frank Delaglio; Paolo Rossi; James M. Aramini; Gaohua Liu; Alexander Eletsky; Yibing Wu; Kiran K. Singarapu; Alexander Lemak; Alexandr Ignatchenko; Cheryl H. Arrowsmith; Thomas Szyperski; Gaetano T. Montelione; David Baker; Ad Bax; Proceedings of the National Academy of Sciences 105(12) 4685-4690 (2008) doi: 10.1073/pnas.0800256105	structure calculation
Rosetta	Firas Khatib 1, Seth Cooper, Michael D Tyka, Kefan Xu, Ilya Makedon, Zoran Popovic, David Baker, Foldit Players - Algorithm discovery by protein folding game players. Jack B. Maguire Hugh K. Haddox Devin Strickland Samer F. Halabiya Brian Coventry Jermel R. Griffin Surya V. S. R. K Pulavarti Matthew Cummins David F Thieker Eric Klavins Thomas Szyperski Frank DiMaio David Baker Brian Kuhlman - Perturbing the energy landscape for improved packing during computational protein design	精密化

精密化

手法:

molecular dynamics / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: medoid

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 3000 / 登録したコンフォーマーの数: 5

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)