PDB-7mjf: Crystal structure of Candidatus Liberibacter solanacearum dihydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mjf

タイトル

Crystal structure of Candidatus Liberibacter solanacearum dihydrodipicolinate synthase with pyruvate and succinic semi-aldehyde bound in active site

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

キーワード

LYASE / dihydrodipicolinate / Liberibacter

機能・相同性

機能・相同性情報

(R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candidatus Liberibacter solanacearum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gilkes, J. / Frampton, R.A. / Board, A.J. / Sheen, C.R. / Smith, G.R. / Dobson, R.C.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Candidatus Liberibacter solanacearum dihydrodipicolinate synthase with pyruvate and succinic semi-aldehyde bound in active site
著者: Gilkes, J. / Frampton, R.A. / Board, A.J. / Sheen, C.R. / Smith, G.R. / Dobson, R.C.J.

履歴

登録	2021年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mjf.cif.gz	701.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mjf.ent.gz	587.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mjf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mjf_validation.pdf.gz	504.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mjf_full_validation.pdf.gz	527.6 KB	表示
XML形式データ	7mjf_validation.xml.gz	73.9 KB	表示
CIF形式データ	7mjf_validation.cif.gz	102.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/7mjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/7mjf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7loyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7mjf-2 2vc6-d 3i7s-d 7mjf-3 5t25-d 1dhp-2 3puo-d 3l21-3 3pue-d 3l21-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

193 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.101, 132.881, 155.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase 分子量: 31867.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Liberibacter solanacearum (バクテリア) 遺伝子: dapA, DJ66_0589 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F4VK59, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-E8U / (4R)-4-oxidanyl-2-oxidanylidene-heptanedioic acid / HTPA synthase 分子量: 190.151 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₇H₁₀O₆ / 詳細: Succinic acid in 2 stereochemistry conformations / 参照: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#3: 化合物	ChemComp-ZGM / (4S)-4-hydroxy-2-oxoheptanedioic acid / HTPA synthase 分子量: 190.151 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₇H₁₀O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 897 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG3000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953723 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953723 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.925→45.812 Å / Num. obs: 195500 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 8.32
反射シェル	解像度: 1.93→1.99 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3549: ???)	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7LOY

7loy

解像度: 2.2→45.1 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	9815	5.02 %	RANDOM
R_work	0.156	-	-	-
obs	0.158	195500	96.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13404	0	144	897	14445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	13746
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.916	18654
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.073	9299
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	2164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3308	347	0.2623	6105	X-RAY DIFFRACTION	98
2.225-2.2512	0.291	316	0.2449	6353	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2512-2.2787	0.2925	319	0.2302	6067	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2787-2.3075	0.2926	333	0.2174	6233	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3075-2.3379	0.2765	346	0.2109	6279	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3379-2.3699	0.2635	354	0.2068	6311	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3699-2.4037	0.2737	294	0.2017	6150	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4037-2.4396	0.2631	387	0.197	6214	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4396-2.4777	0.2334	313	0.1845	6374	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4777-2.5184	0.2408	382	0.183	6338	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5184-2.5618	0.2283	346	0.1793	6180	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5618-2.6084	0.2753	284	0.1746	6491	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6084-2.6585	0.2415	312	0.1767	6328	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6585-2.7128	0.234	340	0.1751	6307	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7128-2.7718	0.2891	323	0.1859	6335	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7718-2.8362	0.2806	348	0.187	6196	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8362-2.9071	0.2122	344	0.1623	6280	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9071-2.9857	0.2689	333	0.1767	6308	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9857-3.0736	0.2271	313	0.1768	6161	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0736-3.1727	0.2526	352	0.1867	6111	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1727-3.2861	0.2216	325	0.18	5960	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2861-3.4176	0.2045	293	0.1596	6107	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4176-3.5731	0.1864	293	0.1588	6004	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5731-3.7614	0.1967	330	0.1479	6055	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7614-3.9969	0.1776	323	0.1311	6098	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9969-4.3053	0.1467	311	0.1119	5982	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3053-4.7382	0.1565	337	0.1067	6077	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7382-5.4228	0.1739	323	0.1201	6000	X-RAY DIFFRACTION	94
5.4228-6.8283	0.1785	318	0.1415	6060	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.4676 Å / Origin y: -2.3157 Å / Origin z: 42.7004 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2544 Å²	0.02 Å²	-0.0487 Å²	-	0.2663 Å²	0.0106 Å²	-	-	0.3151 Å²
L	0.1982 °²	-0.0206 °²	0.2058 °²	-	0.0843 °²	-0.073 °²	-	-	0.8215 °²
S	-0.0344 Å °	0.1057 Å °	0.0436 Å °	-0.0642 Å °	-0.029 Å °	0.0749 Å °	-0.0818 Å °	-0.0287 Å °	0.0575 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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