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- PDB-7mj6: HLA-A*02:01 bound to Neuroblastoma Derived IGFBPL1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mj6
タイトルHLA-A*02:01 bound to Neuroblastoma Derived IGFBPL1 peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Insulin-like growth factor-binding protein-like 1 peptide
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / NEUROBLASTOMA TUMOR ANTIGEN / IGFBPL1 / HUMAN MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I / MHC-I / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to tumor cell / insulin-like growth factor binding / regulation of signal transduction / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions ...cellular response to tumor cell / insulin-like growth factor binding / regulation of signal transduction / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / regulation of cell growth / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / early endosome membrane / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / protein refolding / collagen-containing extracellular matrix / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor binding protein-related protein (IGFBP-rP), MAC25 / Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. ...Insulin-like growth factor binding protein-related protein (IGFBP-rP), MAC25 / Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen / Insulin-like growth factor-binding protein-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Toor, J.S. / Tripathi, S.M. / Truong, H.V. / Yarmarkovich, M. / Maris, J.M. / Sgourakis, N.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI143997 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM125034 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Cross-HLA targeting of intracellular oncoproteins with peptide-centric CARs.
著者: Yarmarkovich, M. / Marshall, Q.F. / Warrington, J.M. / Premaratne, R. / Farrel, A. / Groff, D. / Li, W. / di Marco, M. / Runbeck, E. / Truong, H. / Toor, J.S. / Tripathi, S. / Nguyen, S. / ...著者: Yarmarkovich, M. / Marshall, Q.F. / Warrington, J.M. / Premaratne, R. / Farrel, A. / Groff, D. / Li, W. / di Marco, M. / Runbeck, E. / Truong, H. / Toor, J.S. / Tripathi, S. / Nguyen, S. / Shen, H. / Noel, T. / Church, N.L. / Weiner, A. / Kendsersky, N. / Martinez, D. / Weisberg, R. / Christie, M. / Eisenlohr, L. / Bosse, K.R. / Dimitrov, D.S. / Stevanovic, S. / Sgourakis, N.G. / Kiefel, B.R. / Maris, J.M.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Insulin-like growth factor-binding protein-like 1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2266
ポリマ－44,9503
非ポリマー2763
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.410, 78.980, 60.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 32082.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A*02:01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q861F7
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Insulin-like growth factor-binding protein-like 1 peptide / IGFBP-related protein 10 / Insulin-like growth factor-binding-related protein 4 / IGFBP-rP4


分子量: 988.306 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 14-22 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Neuroblastoma-Derived / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WX77
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1M Sodium Citrate Dibasic, 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11584 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11584 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→64.25 Å / Num. obs: 37547 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2616 / CC1/2: 0.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C07

5c07


解像度: 1.95→64.25 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1961 1929 5.14 %
Rwork0.1576 --
obs0.1596 37531 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→64.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3144 0 18 253 3415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7854593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3652007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99880.24461430.21812504X-RAY DIFFRACTION99
1.9988-2.05280.21471460.19982529X-RAY DIFFRACTION99
2.0528-2.11320.22411240.19132523X-RAY DIFFRACTION99
2.1132-2.18140.2111540.1822525X-RAY DIFFRACTION99
2.1814-2.25940.22651490.18172524X-RAY DIFFRACTION99
2.2594-2.34990.23641380.17652538X-RAY DIFFRACTION99
2.3499-2.45680.22341190.17432554X-RAY DIFFRACTION99
2.4568-2.58640.20271420.16492515X-RAY DIFFRACTION99
2.5864-2.74840.20231500.16152526X-RAY DIFFRACTION99
2.7484-2.96060.21261270.15792558X-RAY DIFFRACTION99
2.9606-3.25850.21121200.14792580X-RAY DIFFRACTION100
3.2585-3.730.17411330.13892556X-RAY DIFFRACTION99
3.73-4.69920.14811570.12172540X-RAY DIFFRACTION99
4.6992-64.250.20091270.15992630X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3379-0.0530.03911.91330.03921.51540.07640.1131-0.0293-0.2903-0.0234-0.0140.04040.0392-0.05220.19740.0136-0.010.12730.0170.1105114.129-61.293119.435
22.20470.7244-0.00012.63170.70871.8720.0773-0.1713-0.1540.0256-0.02610.04370.069-0.1074-0.0320.17690.0037-0.0430.13690.01330.1427108.479-63.321130.853
31.5652-0.47160.37252.58410.95931.69210.1093-0.1621-0.07560.0288-0.20480.40.1328-0.33330.10160.2082-0.04440.00230.21140.01960.174100.866-62.671129.98
43.0074-1.37772.26381.9256-1.92134.41390.2641-0.0782-0.1611-0.1892-0.17510.04840.52040.4185-0.01490.29720.06790.02060.23850.02020.1516127.007-88.884131.993
51.277-0.56921.53011.7753-1.86455.03170.0198-0.2558-0.02320.107-0.0818-0.0412-0.03980.03160.01550.18260.0186-0.00090.19630.01540.1353126.914-85.894140.293
62.5513-0.21813.01191.9541-1.42776.45270.4744-0.0557-0.4091-0.17640.02970.07280.94940.0696-0.33130.3140.0161-0.01720.2480.04310.1904126.217-95.731141.651
72.7829-3.1261-4.67453.97045.21297.8676-0.0159-0.1980.61990.1672-0.03990.3455-0.5558-0.63350.08060.40850.0895-0.15480.4782-0.1420.4065125.191-58.587139.818
83.71640.35110.81761.99762.64134.4112-0.2211-0.2340.0518-0.02910.1737-0.2616-0.1265-0.23420.03160.28140.0207-0.05080.18720.01450.1758132.855-74.458132.84
92.6699-2.2321-1.75394.51172.41742.39550.0310.1078-0.0972-0.0415-0.164-0.06570.0921-0.11840.13430.2246-0.0003-0.03560.1765-0.01110.2084134.546-77.865126.076
106.8844-6.6749-5.50456.83264.8644.94210.37210.24540.9749-0.3835-0.0004-0.9311-0.4843-0.0285-0.35750.2171-0.00470.03460.2365-0.02290.3801133.984-62.6129.091
113.8144-2.60233.87454.2068-1.9655.7354-0.11721.3991.0869-0.3911-0.052-0.6548-0.61030.67980.09780.3087-0.05610.07150.30050.06480.4773140.422-67.088121.053
126.7139-4.8165-2.40674.32882.32211.6389-0.3044-0.0028-0.35040.2172-0.00790.10790.16160.02730.33730.192-0.0089-0.00430.1370.00850.182125.647-68.731127.566
139.6752-0.83851.20652.34752.0972.28030.3343-0.362-0.28650.65820.427-1.08470.38181.2614-0.60820.35650.0503-0.03690.4754-0.07390.6947149.314-79.696126.643
140.17550.12930.2532.09610.5480.4656-0.0764-0.49140.7615-0.14730.5469-1.1298-0.36960.4925-0.42930.2641-0.0067-0.08420.274-0.15130.5203137.842-62.421134.215
156.20330.8347-0.57981.97-0.16296.0637-0.1244-0.8161-0.1480.5108-0.1614-0.32160.49810.38760.27280.25880.078-0.06550.3154-0.00280.331140.417-76.472134.226
164.17341.0541.69256.80220.50053.65360.1205-0.14570.1652-0.3319-0.29860.57620.2097-0.170.12620.1723-0.01840.00230.23130.0070.1952103.496-58.738121.707
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:84 )A2 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 85:118 )A85 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 119:174 )A119 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 175:197 )A175 - 197
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 198:250 )A198 - 250
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 251:276 )A251 - 276
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 2:6 )B2 - 6
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 7:12 )B7 - 12
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 13:31 )B13 - 31
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 32:42 )B32 - 42
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 43:52 )B43 - 52
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 53:72 )B53 - 72
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 73:78 )B73 - 78
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 79:91 )B79 - 91
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 92:100 )B92 - 100
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 1:9 )C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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