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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mj1
タイトルLarB, a carboxylase/hydrolase involved in synthesis of the cofactor for lactate racemase, in complex with NAD
要素Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
キーワードLYASE (CARBON-CARBON) / Carboxylase / Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase / 'de novo' IMP biosynthetic process / transferase activity / hydrolase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.402 Å
データ登録者Chatterjee, S. / Rankin, J.A. / Lagishetty, S. / Hu, J. / Hausinger, R.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1807073 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128959 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: The LarB carboxylase/hydrolase forms a transient cysteinyl-pyridine intermediate during nickel-pincer nucleotide cofactor biosynthesis.
著者: Rankin, J.A. / Chatterjee, S. / Tariq, Z. / Lagishetty, S. / Desguin, B. / Hu, J. / Hausinger, R.P.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
C: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
D: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
E: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
F: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
B: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,48712
ポリマ－159,0616
非ポリマー1,4266
水00
1
A: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
B: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

A: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
B: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

A: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
B: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

A: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
B: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,17912
ポリマ－212,0828
非ポリマー974
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area19720 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area56930 Å2
手法PISA
2
C: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
D: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

C: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
D: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

C: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
D: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

C: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
D: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,93020
ポリマ－212,0828
非ポリマー2,84812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area25530 Å2
ΔGint-282 kcal/mol
Surface area56280 Å2
手法PISA
3
E: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
F: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

E: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
F: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

E: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
F: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子

E: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
F: Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,84116
ポリマ－212,0828
非ポリマー2,7598
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area26580 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area55780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.445, 120.445, 213.589
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

-
要素

#1: タンパク質
Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase / P2CMN synthase / Lactate racemase accessory protein LarB / Lactate racemase activation protein LarB ...P2CMN synthase / Lactate racemase accessory protein LarB / Lactate racemase activation protein LarB / Lactate racemase maturation protein LarB / Lactate racemization operon protein LarB / Nickel-pincer cofactor biosynthesis protein LarB / Nicotinic acid adenine dinucleotide carboxylase/hydrolase / NaAD carboxylase/hydrolase


分子量: 26510.227 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
株: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / 遺伝子: larB, lp_0105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: F9UST0, pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM magnesium formate, 20% w/v PEG 3350, 2 mM nitrilotriacetic acid neutralized to a pH of ~7.5 with sodium hydroxide, and 0.7 mM zinc sulfate, 10 mM EDTA, 10 mM NAD+ (disodium salt)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.305 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.305 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→41.762 Å / Num. obs: 20627 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3.4→3.67 Å / Num. unique obs: 3997 / CC1/2: 0.674

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D7A

1d7a


解像度: 3.402→41.762 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 983 4.78 %
Rwork0.2432 19568 -
obs0.2444 20551 92.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 306.51 Å2 / Biso mean: 110.678 Å2 / Biso min: 36.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.402→41.762 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8226 0 92 0 8318
Biso mean--116.7 --
残基数----1217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87711666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3562747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061491
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.4023-3.58160.34191410.3176251885
3.5816-3.80580.35211440.3134281495
3.8058-4.09950.30441370.2691273292
4.0995-4.51160.26371360.2324285495
4.5116-5.16340.23291680.2039284895
5.1634-6.50130.26931320.2715286093
6.5013-41.7620.23611250.2142294290
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.12230.22783.34159.9775-0.99719.01590.714-1.67521.2239-0.6115-0.77551.0710.06772.5649-0.24721.27060.02040.7240.7665-0.41171.442445.8762-22.55422.9188
23.428-4.4698-1.14138.81154.47063.3346-1.74141.6189-1.5536-2.44330.9618-0.12272.26171.970.80552.0267-0.09030.54991.6224-0.40341.132244.3443-23.3193-2.2565
33.11051.0511-1.94362.0938-0.31091.2809-0.97611.2117-1.2152-1.795-0.1444-0.10930.9679-0.81570.36082.9957-0.76961.42491.5726-0.79771.389144.0691-18.7903-11.9789
44.683-0.5429-2.33731.6241-0.07951.6544-1.09970.989-1.5161-1.8045-0.8439-0.73030.9335-0.89610.34242.6177-0.6040.88131.54840.09540.279438.4711-14.7414-3.8248
53.0352-1.2193-4.61371.38451.89418.9927-0.7481.786-0.4622-1.504-0.44041.11840.6086-1.811.07710.8641-0.0291-0.16871.1593-0.23050.772732.2673-11.8197.1338
63.3542-0.3588-0.53472.43930.05877.5901-0.06530.00920.4639-0.995-0.00171.0287-0.7962-0.35610.1540.44970.0704-0.0960.637-0.06760.629529.606-3.24815.2863
78.49610.3549-0.82359.9931-0.53169.669-0.19520.48670.76870.5433-0.007-0.6187-0.0387-0.08090.19610.28620.1239-0.12160.5521-0.02050.545740.8697-7.762817.6491
86.9601-0.8586-0.30735.11552.44015.5421-0.65211.5396-0.40740.1574-0.27831.3790.0535-0.6304-0.96050.99240.5676-1.24091.4561-0.26171.7901-4.0532-31.433322.6098
94.8261-0.1001-1.82963.39782.08521.95970.90061.89010.6146-3.3611-0.383-0.46341.7625-0.6722-0.32651.92080.5796-0.47911.5972-0.22720.74323.5972-37.049916.8506
106.3565-0.24743.56356.81542.74378.1220.31830.53990.2095-1.2005-0.7522-0.6275-0.09010.40040.42550.55080.10630.14460.62440.1490.528219.4715-37.612133.9514
115.08192.9368-2.14162.7676-1.47986.9691-0.1481-0.5163-0.36140.3067-0.1550.09810.195-0.52430.2070.29770.06230.03510.73870.0840.51710.9017-42.42540.0297
123.1729-2.8659-1.75872.692.38418.32171.205-1.4103-0.911-0.80591.1366-0.20480.887-0.15881.13141.5349-0.3238-1.23151.90841.06970.581220.5345-40.371167.002
133.2079-0.06611.32683.424-0.88880.75880.4545-1.51620.56851.6172-0.5442-1.62580.2261-1.3653-0.08491.1588-0.680.06391.61760.01141.478320.7287-34.487367.8462
141.78390.4733-1.67181.995-0.29161.57590.0708-2.2337-0.22711.3698-0.2928-0.21390.20810.38690.0861.9015-0.95930.2373.2154-0.1456-0.147511.5818-35.980173.9399
156.19094.26053.8945.59490.96143.58861.78940.47220.30240.745-1.21250.3335-1.35670.7457-0.86490.9614-0.24120.32861.833-0.71851.09857.3339-24.645357.9035
169.16187.8833.87126.76743.35051.64010.28081.03761.0630.32560.25480.73680.14360.9849-0.290.6936-0.12570.06612.1735-0.22051.254.1872-34.336861.1106
171.5427-2.26162.76973.5727-3.46776.12980.5957-0.8596-0.72450.48370.09630.2699-1.0063-0.2335-0.06610.4372-0.2420.15631.1683-0.67291.2122-1.0375-29.046756.4327
182.6324-0.03051.45342.66382.08752.44140.1039-1.63791.2938-0.6658-0.64241.9351-0.3089-0.73760.5740.59470.1403-0.03630.6123-0.44321.3094-5.4038-30.352649.5757
197.42270.9303-1.07625.07350.59637.9853-0.1452-0.1105-0.21120.2921-0.3197-0.14760.44210.65810.39860.26420.0366-0.01180.5573-0.09890.69123.0499-39.03847.9627
208.9856-3.6639-0.55723.77383.12583.64340.02821.7384-0.09110.1060.2757-0.68920.8007-0.5753-0.19691.7448-0.0170.22331.21570.04230.999266.3311-28.55376.9213
213.64683.5481-5.7143.4105-5.51738.975-0.91040.495-1.059-3.37530.2258-0.19461.95030.02740.43251.56490.1760.52760.76250.01611.064361.4901-28.635370.9749
228.2852-4.0795-4.91444.11153.39888.55690.71050.9912-0.0042-1.2762-0.9520.00420.4293-0.55830.48271.26970.08390.05710.7868-0.04720.681449.9246-25.266871.1655
238.79451.5371.37792.6933-2.85067.78320.11250.1016-0.0306-0.7282-0.77241.18621.5212-2.11010.64511.1808-0.32770.2241.2004-0.30370.79538.4409-19.796782.6393
242.6539-0.2622-0.16849.4040.14948.538-0.897-0.59510.1282-0.89430.3287-1.37640.8768-0.22210.57240.739-0.17170.22430.7295-0.16210.88346.4442-16.197490.236
258.06765.106-0.68556.69982.85054.46961.0340.3601-1.57941.7857-0.0793-1.60491.5583-0.0082-0.95121.65280.314-0.22621.5285-0.76651.708940.019322.0466112.8802
265.75922.0328-0.37018.95660.64323.1968-0.1002-1.65340.2414.60180.2637-0.96430.11771.3836-0.13351.80310.3514-0.29811.8554-0.51271.119237.01217.9288121.4259
275.11221.78972.86832.81424.10038.0024-0.22140.3303-0.23781.7018-0.68850.98170.1002-1.88980.82810.89280.18570.22971.3716-0.19870.879129.61412.1603104.4962
288.0956-4.2813-0.85612.67460.95727.03580.2557-0.97240.4114-1.0745-0.2169-0.7615-1.1032-1.23860.09370.92350.1931-0.00010.84-0.17560.787639.4325.261598.7902
290.1485-0.44680.46042.1112-1.63561.41460.86540.11730.3845-0.72840.0173-0.4038-0.85880.4718-1.02531.32110.05850.30411.1711-0.67391.399631.5174-3.862343.6647
306.2953-0.4491-1.1864.8228-2.15237.8652-0.3417-1.93541.77772.0196-0.85410.7731-1.8894-0.8359-0.41670.73130.57150.35451.0722-0.95711.709832.4096-8.158547.8771
314.03653.73720.00869.29321.29863.54440.111-1.53031.13491.51290.04191.441-0.2872-0.40510.39931.32790.2665-0.12971.5219-0.03970.338736.3724-12.402151.6434
322.58960.4876-3.11038.06753.1285.8674-0.9092-0.10590.33570.72660.03321.6540.6440.04480.93970.7878-0.01310.27540.38020.09630.818333.1722-23.378135.8922
338.89520.5963-2.14367.41853.29415.4855-0.1471-1.3659-1.25511.3941-0.3148-0.19180.58780.54980.47330.6180.0850.05860.68450.25740.721842.3227-21.87436.83
342.73030.2364-3.38446.34024.51387.8326-0.9884-0.8807-2.88031.27060.6065-1.63650.85641.2310.38810.7559-0.13540.53150.70680.03022.072346.6942-33.483827.8662
359.11366.39017.44855.96846.8877.92480.0097-0.5521-1.86861.14510.4688-1.3476-0.65750.4175-0.0970.5890.04970.03670.32180.18310.740344.9505-21.886128.7628
366.1062-1.6566-2.31134.0479-2.75146.27361.0088-0.2680.0645-1.2081-0.9797-1.13670.50410.9552-0.14080.7910.11030.25650.39920.13060.703948.8058-19.898125.9657
372.9721-2.1581.02115.5085-6.94362.00290.2403-1.2149-0.45870.5427-0.24010.51940.7372-0.51050.11880.5352-0.02560.06230.6955-0.03650.518153.6185-11.548324.479
388.04931.17811.63076.93250.97796.37940.1374-0.3751-0.5867-0.2382-0.3030.08760.0779-0.75160.12760.523-0.06520.05090.3978-0.08940.488438.0045-14.714427.2061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 46 through 60 )A46 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 84 )A61 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 94 )A85 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 95 through 107 )A95 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 108 through 141 )A108 - 141
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 142 through 190 )A142 - 190
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 191 through 246 )A191 - 246
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 46 through 75 )C46 - 75
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 76 through 107 )C76 - 107
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 108 through 190 )C108 - 190
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 191 through 246 )C191 - 246
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 46 through 66 )D46 - 66
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 67 through 82 )D67 - 82
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 83 through 107 )D83 - 107
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 108 through 125 )D108 - 125
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 126 through 141 )D126 - 141
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 142 through 156 )D142 - 156
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 157 through 188 )D157 - 188
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 189 through 246 )D189 - 246
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 36 through 58 )E36 - 58
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 59 through 82 )E59 - 82
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 83 through 125 )E83 - 125
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 126 through 177 )E126 - 177
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 178 through 246 )E178 - 246
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 44 through 60 )F44 - 60
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 61 through 106 )F61 - 106
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 107 through 190 )F107 - 190
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 191 through 246 )F191 - 246
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 44 through 66 )B44 - 66
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'B' and (resid 67 through 87 )B67 - 87
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'B' and (resid 88 through 107 )B88 - 107
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'B' and (resid 108 through 125 )B108 - 125
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'B' and (resid 126 through 156 )B126 - 156
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'B' and (resid 157 through 168 )B157 - 168
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'B' and (resid 169 through 180 )B169 - 180
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'B' and (resid 181 through 207 )B181 - 207
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'B' and (resid 208 through 220 )B208 - 220
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'B' and (resid 221 through 246 )B221 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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