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Yorodumi- PDB-7mj1: LarB, a carboxylase/hydrolase involved in synthesis of the cofact... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7mj1 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | LarB, a carboxylase/hydrolase involved in synthesis of the cofactor for lactate racemase, in complex with NAD | |||||||||
Components | Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase | |||||||||
Keywords | LYASE (CARBON-CARBON) / Carboxylase / Hydrolase | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationpyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase / 'de novo' IMP biosynthetic process / transferase activity / hydrolase activity / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Lactobacillus plantarum (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.402 Å | |||||||||
Authors | Chatterjee, S. / Rankin, J.A. / Lagishetty, S. / Hu, J. / Hausinger, R.P. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2021Title: The LarB carboxylase/hydrolase forms a transient cysteinyl-pyridine intermediate during nickel-pincer nucleotide cofactor biosynthesis. Authors: Rankin, J.A. / Chatterjee, S. / Tariq, Z. / Lagishetty, S. / Desguin, B. / Hu, J. / Hausinger, R.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 7mj1.cif.gz | 449.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7mj1.ent.gz | 370.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7mj1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7mj1_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7mj1_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 7mj1_validation.xml.gz | 49.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 7mj1_validation.cif.gz | 63.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/7mj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/7mj1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7mj0C ![]() 7mj2C ![]() 1d7aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 26510.227 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus plantarum (bacteria) / Strain: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / Gene: larB, lp_0105 / Production host: ![]() References: UniProt: F9UST0, pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-NAD / | #4: Chemical | ChemComp-NAI / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.49 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM magnesium formate, 20% w/v PEG 3350, 2 mM nitrilotriacetic acid neutralized to a pH of ~7.5 with sodium hydroxide, and 0.7 mM zinc sulfate, 10 mM EDTA, 10 mM NAD+ (disodium salt) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.305 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 6, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.305 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.4→41.762 Å / Num. obs: 20627 / % possible obs: 93.8 % / Redundancy: 4.5 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 7.6 |
| Reflection shell | Resolution: 3.4→3.67 Å / Num. unique obs: 3997 / CC1/2: 0.674 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1D7A Resolution: 3.402→41.762 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.02 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 306.51 Å2 / Biso mean: 110.678 Å2 / Biso min: 36.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.402→41.762 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi



Lactobacillus plantarum (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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