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- PDB-7mj1: LarB, a carboxylase/hydrolase involved in synthesis of the cofact... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mj1 | |||||||||
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Title | LarB, a carboxylase/hydrolase involved in synthesis of the cofactor for lactate racemase, in complex with NAD | |||||||||
![]() | Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase | |||||||||
![]() | LYASE (CARBON-CARBON) / Carboxylase / Hydrolase | |||||||||
Function / homology | ![]() pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase / 'de novo' IMP biosynthetic process / transferase activity / hydrolase activity / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chatterjee, S. / Rankin, J.A. / Lagishetty, S. / Hu, J. / Hausinger, R.P. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The LarB carboxylase/hydrolase forms a transient cysteinyl-pyridine intermediate during nickel-pincer nucleotide cofactor biosynthesis. Authors: Rankin, J.A. / Chatterjee, S. / Tariq, Z. / Lagishetty, S. / Desguin, B. / Hu, J. / Hausinger, R.P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 370.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 49.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 63.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7mj0C ![]() 7mj2C ![]() 1d7aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 26510.227 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: F9UST0, pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-NAD / | #4: Chemical | ChemComp-NAI / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM magnesium formate, 20% w/v PEG 3350, 2 mM nitrilotriacetic acid neutralized to a pH of ~7.5 with sodium hydroxide, and 0.7 mM zinc sulfate, 10 mM EDTA, 10 mM NAD+ (disodium salt) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 6, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.305 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.4→41.762 Å / Num. obs: 20627 / % possible obs: 93.8 % / Redundancy: 4.5 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.4→3.67 Å / Num. unique obs: 3997 / CC1/2: 0.674 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1D7A Resolution: 3.402→41.762 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 306.51 Å2 / Biso mean: 110.678 Å2 / Biso min: 36.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.402→41.762 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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