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万見
- PDB-7mia: Maize rayado fino virus protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mia
タイトルMaize rayado fino virus protease
要素RNA replication protein
キーワードVIRAL PROTEIN / HYDROLASE / Protease / Deubiquitinase / PRO Replicase Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / viral capsid / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ ...mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / viral capsid / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C21 / Tymovirus endopeptidase domain / Salyut domain / Tymovirus endopeptidase / Salyut domain / Peptidase family C21 domain profile. / Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain ...Peptidase C21 / Tymovirus endopeptidase domain / Salyut domain / Tymovirus endopeptidase / Salyut domain / Peptidase family C21 domain profile. / Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Viral coat protein subunit / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Maize rayado fino virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Patel, A. / Mark, B.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: The endopeptidase of the maize-affecting Marafivirus type member maize rayado fino virus doubles as a deubiquitinase.
著者: Patel, A. / McBride, J.A.M. / Mark, B.L.
履歴
登録2021年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA replication protein
B: RNA replication protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8752
ポリマ－32,8752
非ポリマー00
水3,045169
1
A: RNA replication protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4371
ポリマ－16,4371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA replication protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4371
ポリマ－16,4371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.197, 73.255, 54.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 RNA replication protein


分子量: 16437.484 Da / 分子数: 2 / 断片: Peptidase C21 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Maize rayado fino virus (ウイルス)
遺伝子: ORF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91TW9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM BIS-TRIS Propane (pH 7.5), 200 mM sodium acetate and 20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30.9 Å / Num. obs: 27471 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 22.91 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.03
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 2663 / CC1/2: 0.74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A5U

4a5u


解像度: 1.9→30.9 Å / SU ML: 0.2559 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.3163
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 2366 8.9 %
Rwork0.2026 24233 -
obs0.2058 26599 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2175 0 0 169 2344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00652221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83453034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.65411322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.35941370.33161434X-RAY DIFFRACTION99.75
1.94-1.980.27781420.261420X-RAY DIFFRACTION99.87
1.98-2.030.26791370.21671427X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.080.271420.23591426X-RAY DIFFRACTION99.75
2.08-2.130.28841420.21611403X-RAY DIFFRACTION99.94
2.13-2.20.2781330.21241426X-RAY DIFFRACTION99.87
2.2-2.270.28761420.22841439X-RAY DIFFRACTION99.94
2.27-2.350.30711390.21941429X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.440.2251370.20771428X-RAY DIFFRACTION99.94
2.44-2.550.28531340.21441425X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.690.24791440.21081441X-RAY DIFFRACTION99.94
2.69-2.860.27531390.2231429X-RAY DIFFRACTION99.87
2.86-3.080.24751410.21451429X-RAY DIFFRACTION99.68
3.08-3.390.2381410.22671429X-RAY DIFFRACTION99.37
3.39-3.880.20561380.18181427X-RAY DIFFRACTION98.86
3.88-4.880.1971390.15041410X-RAY DIFFRACTION98.04
4.88-30.90.1721390.17041411X-RAY DIFFRACTION95.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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