[日本語] English
万見
- PDB-7mhw: Crystal structure of the protease inhibitor U-Omp19 from Brucella... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mhw
タイトルCrystal structure of the protease inhibitor U-Omp19 from Brucella abortus fused to Maltose-binding protein
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Outer membrane lipoprotein omp19
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Protease inhibitor / MBP-fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase inhibitor activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex ...endopeptidase inhibitor activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane lipoprotein, Omp19, bacterial / Alkaline proteinase inhibitor/ Outer membrane lipoprotein Omp19 / Protease inhibitor Inh / Protease inhibitor, beta-barrel domain / Lipocalin - #10 / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein ...Outer membrane lipoprotein, Omp19, bacterial / Alkaline proteinase inhibitor/ Outer membrane lipoprotein Omp19 / Protease inhibitor Inh / Protease inhibitor, beta-barrel domain / Lipocalin - #10 / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Outer membrane lipoprotein omp19
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Darriba, M.L. / Klinke, S. / Otero, L.H. / Cerutti, M.L. / Cassataro, J. / Pasquevich, K.A.
資金援助 アルゼンチン, 米国, 4件
組織認可番号国
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT-2017-1849 アルゼンチン
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT-2014-1250 アルゼンチン
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1060394 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1119024 米国
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: A disordered region retains the full protease inhibitor activity and the capacity to induce CD8 + T cells in vivo of the oral vaccine adjuvant U-Omp19.
著者: Laura Darriba, M. / Castro, C.P. / Coria, L.M. / Bruno, L. / Laura Cerutti, M. / Otero, L.H. / Chemes, L.B. / Rasia, R.M. / Klinke, S. / Cassataro, J. / Pasquevich, K.A.
履歴
登録2021年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Outer membrane lipoprotein omp19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4078
ポリマ－51,7341
非ポリマー6727
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area21190 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)141.670, 141.670, 132.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

SO4

21A-202-

SO4

31A-334-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Outer membrane lipoprotein omp19


分子量: 51734.242 Da / 分子数: 1 / 変異: D(-233)A,K(-232)A,K(-76)A,E44A,K47A,D48A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, omp19, BAB1_1930 / プラスミド: pMAL-c2 / 株: 2308
詳細 (発現宿主): Maltose-binding protein fusion, cytoplasmic expression
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q2YLR6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細All six substitutions are in the MBP. No mutations are in the OMP19 portion of the construct.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: Bipyramids
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月18日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BIMORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→48.33 Å / Num. obs: 22227 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 67.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2675 / CC1/2: 0.55 / Rpim(I) all: 0.575 / Rrim(I) all: 1.928 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LLS

1lls


解像度: 2.55→48.33 Å / SU ML: 0.3624 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 27.4339
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 1048 5 %
Rwork0.2066 39802 -
obs0.2083 22203 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3575 0 35 37 3647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00343689
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63895019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0398543
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5159496
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.61 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3607 80 -
Rwork0.3347 1316 -
obs--99.86 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る