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万見
- PDB-7mh9: Crystal structure of R. sphaeroides Photosynthetic Reaction Cente... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mh9
タイトルCrystal structure of R. sphaeroides Photosynthetic Reaction Center variant; Y(M210)3-nitrotyrosine
要素(Reaction center protein ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosynthetic / membrane protein / noncanonical amino acid / nitrotyrosine
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily ...Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Mathews, I. / Weaver, J. / Boxer, S.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1915727 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Photosynthetic reaction center variants made via genetic code expansion show Tyr at M210 tunes the initial electron transfer mechanism.
著者: Weaver, J.B. / Lin, C.Y. / Faries, K.M. / Mathews, I.I. / Russi, S. / Holten, D. / Kirmaier, C. / Boxer, S.G.
履歴
登録2021年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Reaction center protein H chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,39820
ポリマ－94,9763
非ポリマー10,42217
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Coordinate represent a complete multimer representing the biologically significant oligomerization state
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36310 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area29060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.210, 141.210, 187.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-556-

HOH

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要素

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM

#1: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28923.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: puhA / プラスミド: pIND4-RC-M210TAG-HaloY1 / 発現宿主: Luteovulum sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): RCx / 参照: UniProt: P0C0Y7
#2: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31477.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: pufL / プラスミド: pIND4-RC-M210TAG-HaloY1 / 発現宿主: Luteovulum sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y8
#3: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34574.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: pufM / プラスミド: pIND4-RC-M210TAG-A7 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): RCx / 参照: UniProt: P0C0Y9

-
非ポリマー , 9種, 152分子

#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C55H76N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#10: 化合物 ChemComp-SPO / SPHEROIDENE / (13Z)-3,4-ジデヒドロ-1,2,7′,8′-テトラヒドロ-1-メトキシ-ψ,ψ-カロテン


分子量: 568.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H60O
#11: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1 M potassium phosphate, 3.5% 1,2,3-heptanetriol, and 0.1% LDAO precipitant solution; 1.4-1.5 M potassium phosphate reservoir solution, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.19499 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月11日
詳細: Rh coated collimating mirror, Toroidal focusing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.19499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→39.07 Å / Num. obs: 39799 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.62 % / Biso Wilson estimate: 52.089 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.347 / Rrim(I) all: 0.358 / Χ2: 0.843 / Net I/σ(I): 7.18 / Num. measured all: 661446 / Scaling rejects: 91
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.1-3.1817.051.5331.6349770291929190.7061.58100
3.18-3.2716.9691.3271.9448226284328420.7541.367100
3.27-3.3616.59512.6545670275527520.851.03299.9
3.36-3.4716.0190.7953.3342756266926690.9030.821100
3.47-3.5815.2990.7183.5939670259325930.9060.743100
3.58-3.7117.4960.6034.5544336253425340.9270.621100
3.71-3.8517.420.4845.642209242424230.9540.498100
3.85-417.2590.426.4340439234323430.9670.433100
4-4.1817.1740.3457.8538745225622560.9760.355100
4.18-4.3816.9540.3048.6236418214821480.9850.314100
4.38-4.6216.6830.2719.7834166204820480.9840.28100
4.62-4.916.1280.24310.3931805197219720.990.251100
4.9-5.2414.6630.259.7326804183118280.9860.25999.8
5.24-5.6617.3820.2729.8129706170917090.9850.28100
5.66-6.217.3340.2859.3727301157515750.9840.294100
6.2-6.9317.0560.22811.3724799145414540.9890.235100
6.93-816.5370.19812.6821134127912780.9920.20499.9
8-9.815.1430.12717.6916688110211020.9960.131100
9.8-13.8615.4070.10721.01134048708700.9980.11100
13.86-39.0715.2890.06727.2974005154840.9990.06994

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CHLROTYROSINE MODEL

解像度: 3.1→39.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.1913 / WRfactor Rwork: 0.1558 / FOM work R set: 0.852 / SU B: 21.901 / SU ML: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 0.4833 / SU Rfree: 0.2832 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.483 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2052 1990 5 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.1711 37808 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 178.45 Å2 / Biso mean: 58.559 Å2 / Biso min: 16.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å2-0 Å2
2--0.38 Å2-0 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→39.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5740 0 1355 137 7232
Biso mean--61.03 51.12 -
残基数----729
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2181.70510082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1731.61916011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.765819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.43620353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19515970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.861531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021766
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 144 -
Rwork0.275 2740 -
all-2884 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2013-0.06230.03660.32580.03940.3330.0075-0.04150.04030.02190.01960.0325-0.07530.0583-0.02710.0613-0.04540.01640.0421-0.01630.0201-47.74159.68916.195
20.1043-0.063-0.07340.42340.16380.3034-0.01860.025-0.0048-0.0604-0.04030.1145-0.0455-0.00160.05890.0622-0.0434-0.01070.0505-0.01930.0387-56.7937.073-0.692
30.12470.11260.0830.43890.19060.416-0.00210.0373-0.02340.02540.0442-0.09470.01090.0667-0.04210.0319-0.03280.01170.0535-0.02880.0304-34.92634.852-2.416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H11 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 281
3X-RAY DIFFRACTION3M2 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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