[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7mh5: Crystal structure of R. sphaeroides Photosynthetic Reaction Cente... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mh5 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of R. sphaeroides Photosynthetic Reaction Center variant; Y(M210)3-iodotyrosine | |||||||||
![]() | (Reaction center protein ...) x 3 | |||||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / photosynthetic / membrane protein / noncanonical amino acid / iodotyrosine | |||||||||
Function / homology | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mathews, I. / Weaver, J. / Boxer, S.G. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Photosynthetic reaction center variants made via genetic code expansion show Tyr at M210 tunes the initial electron transfer mechanism. Authors: Weaver, J.B. / Lin, C.Y. / Faries, K.M. / Mathews, I.I. / Russi, S. / Holten, D. / Kirmaier, C. / Boxer, S.G. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 350.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 298.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 37.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 50.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Reaction center protein ... , 3 types, 3 molecules HLM
#1: Protein | Mass: 28923.246 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 31477.584 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 34781.527 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: TYI in parentheses is used to denote 3,5-diiodotyrosine Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 8 types, 200 molecules ![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SPO.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SPO.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-LDA / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-BCL / #8: Chemical | ChemComp-FE / | #9: Chemical | ChemComp-SPO / | #10: Chemical | ChemComp-CDL / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.66 Å3/Da / Density % sol: 78.25 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1 M potassium phosphate, 3.5% 1,2,3-heptanetriol, and 0.1% LDAO precipitant solution; 1.4-1.5 M potassium phosphate reservoir solution, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 250 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 11, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.85→38.95 Å / Num. obs: 50807 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.711 % / Biso Wilson estimate: 72.806 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 12.18 / Num. measured all: 340963 / Scaling rejects: 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Model from the Photosynthetic Reaction Center variant with Chlorotyrosine at M210 Resolution: 2.85→38.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.205 / WRfactor Rwork: 0.1802 / FOM work R set: 0.8754 / SU B: 17.596 / SU ML: 0.181 / SU R Cruickshank DPI: 0.3211 / SU Rfree: 0.2305 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.231 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 138.1 Å2 / Biso mean: 68.929 Å2 / Biso min: 31.54 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.85→38.95 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.85→2.924 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|