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万見
- PDB-7mge: Structure of C9orf72:SMCR8:WDR41 in complex with ARF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mge
タイトルStructure of C9orf72:SMCR8:WDR41 in complex with ARF1
要素
  • (Guanine nucleotide exchange ...) x 2
  • ADP-ribosylation factor 1
  • WD repeat-containing protein 41
キーワードTRANSPORT PROTEIN / complex / autophagy / ALS / GAP / small GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Atg1/ULK1 kinase complex / regulation of receptor internalization / Glycosphingolipid transport / late endosome to lysosome transport / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Intra-Golgi traffic / regulation of TORC1 signaling / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane ...mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Atg1/ULK1 kinase complex / regulation of receptor internalization / Glycosphingolipid transport / late endosome to lysosome transport / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Intra-Golgi traffic / regulation of TORC1 signaling / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / regulation of autophagosome assembly / negative regulation of autophagosome assembly / regulation of actin filament organization / guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of immune response / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / axon extension / Flemming body / negative regulation of exocytosis / positive regulation of autophagosome maturation / long-term synaptic depression / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Lysosome Vesicle Biogenesis / main axon / negative regulation of macroautophagy / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein kinase inhibitor activity / cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / positive regulation of macroautophagy / intracellular copper ion homeostasis / positive regulation of TOR signaling / autophagosome / COPI-mediated anterograde transport / axonal growth cone / stress granule assembly / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / sarcomere / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / positive regulation of GTPase activity / negative regulation of protein phosphorylation / regulation of autophagy / cell projection / intracellular protein transport / negative regulation of protein kinase activity / P-body / cellular response to virus / small GTPase binding / autophagy / cytoplasmic stress granule / endocytosis / regulation of protein localization / presynapse / postsynapse / perikaryon / nuclear membrane / postsynaptic density / lysosome / endosome / neuron projection / protein domain specific binding / lysosomal membrane / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / GTPase activity / dendrite / chromatin / GTP binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
WD repeat-containing protein 41 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / ADP-ribosylation factor 1-5 / small GTPase Arf family profile. ...WD repeat-containing protein 41 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / ADP-ribosylation factor 1-5 / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor 1 / Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / WD repeat-containing protein 41
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Su, M.-Y. / Hurley, J.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH2010086 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the ARF GAP activity and specificity of the C9orf72 complex.
著者: Ming-Yuan Su / Simon A Fromm / Jonathan Remis / Daniel B Toso / James H Hurley /
要旨: Mutation of C9ORF72 is the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontal temporal degeneration (FTD), which is attributed to both a gain and loss of function. C9orf72 ...Mutation of C9ORF72 is the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontal temporal degeneration (FTD), which is attributed to both a gain and loss of function. C9orf72 forms a complex with SMCR8 and WDR41, which was reported to have GTPase activating protein activity toward ARF proteins, RAB8A, and RAB11A. We determined the cryo-EM structure of ARF1-GDP-BeF bound to C9orf72:SMCR8:WDR41. The SMCR8 and C9orf72 domains form the binding pocket for ARF1. One face of the C9orf72 domain holds ARF1 in place, while the SMCR8 positions the catalytic finger Arg147 in the ARF1 active site. Mutations in interfacial residues of ARF1 and C9orf72 reduced or eliminated GAP activity. RAB8A GAP required ~10-fold higher concentrations of the C9orf72 complex than for ARF1. These data support a specific function for the C9orf72 complex as an ARF GAP. The structure also provides a model for the active forms of the longin domain GAPs of FLCN and NPRL2 that regulate the Rag GTPases of the mTORC1 pathway.
履歴
登録2021年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23827
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 41
B: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8
C: Guanine nucleotide exchange C9orf72
E: ADP-ribosylation factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,8527
ポリマ－230,3194
非ポリマー5343
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, superose 6 column
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area8900 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area70660 Å2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 41


分子量: 51783.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR41, MSTP048 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnTi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HAD4
#4: タンパク質 ADP-ribosylation factor 1


分子量: 18994.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARF1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnTi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84077

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Guanine nucleotide exchange ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 / Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 8 protein


分子量: 105149.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMCR8 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnTi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TEV9
#3: タンパク質 Guanine nucleotide exchange C9orf72


分子量: 54391.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C9orf72 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnTi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96LT7

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非ポリマー , 3種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of C9orf72:SMCR8:WDR41 with ARF1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: concentration range of 0.16-0.2 mg/ml
試料支持グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 796219 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039164
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65412511
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.1991365
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441520
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041611

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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